DNA 实验

主琼脂板上和覆盖于另一块琼脂板表面的硝酸纤维滤膜或尼龙膜上的细菌克隆可以被定位， 经过一段时间，已经在滤膜上生长的克隆可以被原位裂解以备杂交之用。同时，主琼脂板可置于 4℃ 保存，直到筛选的结果出来为止。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

重叠延伸法进行特异位点诱变需要四种引物（请见图 13-4)(Higuchi et al.1988, Hetal.1989)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

大引物方法最初是由 KAMMANN 等人（1989）建立的，现在的方法是经过许多研究人员包括 Sarkat 和 Sommer (1990,1992), Giebel 和 Spritz(1990)，Landt 等（1990),Marini 等（1993), Picard 等（1994),Ling 和 Robinson(1997) 等人修改后产生的基于 PCR 诱变的最简单、成本低廉的方法。本实验来源

本方法中，两条寡核苷酸引物杂交到变性重组质粒 DNA 双链的同一条链上。一条引物（诱变引物）携带一个拟引进靶 DNA 序列的突变，第二条引物携带一个能破坏质粒单一限制酶位点的突变。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

本方案和方案 4 是以变性质粒 DNA 为模板，使用两条寡核苷酸和高保真聚合酶引导 DNA 合成。本方案中，经多轮热循环全长双链质粒 DNA 将以线性形式扩增，产生一种 DNA 双链上带交错缺口的突变质粒（Hemsleyetal.1989)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

大肠杆菌的电击转化实验可以用于：更为简便快捷地进行转化。

本文介绍了由 Zoller 和 Smith 的双引物技术（1984,1987) 结合 Kunkel 的诱变体产量富集方法（1985) 构成的经典方案。本方案中使用的单链 DNA 模板含有较高的尿嘧啶残基，因为它们是从生长于 dut 和 ung 基因突变大肠菌中的 M13 噬菌体中制备的（见方案 1)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

经典的 Kunfcel 寡核苷酸指导的诱变方法利用大肠杆菌中的尿嘧啶 DNA 糖基化酶 (glycosylase) 特异地筛除去含尿嘧啶碱基的 DNA 的选择性作用（请参考寡核苷酸诱变信息栏）。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

本实验介绍关于放射自显影和从测序凝胶上读取 DNA 序列的过程。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W.拉塞尔。

DNA 序列可通过酶解或化学降解产生一系列成套的 DNA 片段，这些片段可以通过薄层变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分辨。一个典型的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳能够分辨出编码 15~400 个核苷酸长度的 DNA 序 列。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

Sheen 和 Seed(1980) 创造了一种既聪明又简单的改进方法，利用顶部和底部不同浓度的电泳缓冲液在胶中产生离子梯度，而胶本身的浓度是一定的。利用此法，从单块凝胶上可以读取的核苷酸总数可增加约 30%。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

在 DNA 测序中一个常见的问题是由于 DNA 二极结构的存在而造成电泳条带的压缩。一个简单直接的解决办法是在测序胶中加入甲酰胺以减少二极结构的形成。在 G/C 含量高于 55% 时，几乎是必须使用含有甲酰胺的凝胶。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

测序中，4 个系列的 DNA 片段在变性的条件下在一个薄的聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳分析。本方案介绍了制备均一缓冲液和丙烯酰胺浓度胶的方法。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

化学测序的重要性始终表现在：得到寡核苷酸的序列，转录调控信号功能分析（甲基化干涉分析，Carey and Smale 2000), 以及这些信号在活细胞中的鉴定（基因组印记，Church and Gilbert 1984)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

本方法成功的关键是模板 DNA 的纯度。琼脂糖、盐和蛋白质的污染都会导致 DNA 聚合酶的提前终止或暂停，而 DNA 和 RNA 降解所产生的寡核苷酸将造成引物错配。这些污染会严重导致假阳性条带或空白出现。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

热稳定 DNA 聚合酶除了在 PCR 反应中应用外，还可用来替代测序酶或 Klenow 片段进行双脱氧链终止法测序。它在高温下（70°C) 进行等温链终止反应的能力可减少测序反应中由于模板 DNA 上引物假结合位点与引物退火错配产生的问题，它还可用于富含二级结构模板的测序。本实验源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

当 Sanger 及其同事建立第一个 DNA 链终止延伸法时，只有一种合适的 DNA 聚合酶可用，即大肠杆菌 DNA 聚合酶 I Klenow 片段。它具有在模板存在时聚合 dNTP 的活性，但缺乏完整聚合酶 I 的 5'-3'外切酶活性。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

采用 Inoue 的方法（1990）制备大肠杆菌感受态细胞很好时甚至能达到 Hanahan 方法（1980）的转化效率。但在标准的实验室条件下，达到 1X108~3X108 个转化克隆/ μg 质粒 DNA 的转化效率更为常见。与 Hanahan 方法相比，这一方法的优点在于并不过分地讲究细节，但是重复性更好，而且更有预见性。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

本方案参照了 Tabor 和 Richardson(1987a,1989b,1990) 的方法，采用单链 DNA 模板进行 DNA 测序（有关单链 M13 噬菌体和质粒 DNA 制备，请参见第 3 章的方案 4、8 和第 12 章的方案 1)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

下面通过碱变性质粒 DNA 的方法应与方案 3 联合使用，因在此过程中采用测序酶催化双脱氧测序反应。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。