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微卫星分析STR/SSR

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  • 2025年07月16日
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    微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,1)传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染的方法适用于前期批量引物筛选;2)利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,适合大量样本的检测。
    1.提供服务内容:
    1 按照客户要求设计实验方案,包括是否需要引物筛选,荧光标记的选择,引物的设计、合成和标记;引物组合的确定;
    2-1 按照设计的试验方案完成引物筛选;(如果已经选好跳过这一步)
    2-2 完成荧光PCR,并在3730xl测序仪上完成数据采集;(前期会进行预实验)
    3 对没有扩增出来的进行二次PCR,再次检测;
    4 对收集的数据进行处理,提取结果图谱
    5 可以去除影子带进行片段统计
    6 标准分析: 根据毛细管电泳图谱,将检测峰判读为对应的等位基因;
    高级分析:聚类分析;多样性分析;多态位点数(AP)、多态位点百分率(P)、平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)、Shannon′s信息指数(I)、遗传分化度(Gst)等。
    2目前已经进行的样本类型树木,草,花卉,昆虫,鱼类,虾类,真菌等;
    3)客户提供:
    ★ 基因组DNA:
    ●至少15μL样品,浓度为50-100ng/μL;
    ●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带,没有降解;
    ●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化;
    ●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里;
    ●DNA溶解后,肉眼看不到杂色;
    ★ 植物材料: 新鲜组织,叶片采用硅胶干燥后或干冰运输;
    ★ 动物材料: 新鲜组织,无水乙醇封存低温运输;

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    • 微卫星技术(micro satellite, MS)

      微卫星DNA又称短串联重复序列(short tandem repeats, STR) 、简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),指DNA基因组中小于10个核苷酸的简单重复序列,广泛存在于真核基因组中,多数以2~6个碱基为核心单位、串联重复排列的序列。   1974年,Skinner 在寄居蟹中发现了卫星DNA的重复序列(TAGC)n。1981 年, Miesfeld 等从人类基因文库中发现了微卫星

    • 长度多态性分型

      召开国际会议讨论STR基因座的命名。会议通过DNA的命名从5' 到3' 方向阅读,编码蛋白质的基因内的STR以蛋白质编码链为准,与蛋白质编码基因无关的STR基因座以最初公开发表的资料使用的链为依据命名,并且建议以5' 端第一个包含在重复序列中的核苷酸开始定义命名STR基因座。STR筛选应先建立基因组DNA文库,用已知的微卫星DNA作探针,筛选DNA文库,最后进行测序分析等过程。微卫星DNA的筛选,多采用M13噬菌体文库,基因组DNA先经一种或数种4碱基识别位点的内切酶切割,通过琼脂糖凝胶电泳,回收

    • 常用的几种分子标记

      RAPD利用 10 个碱基的一个或几个随机引物非定点地扩增 DNA 片段,一般一个引物可扩增 6-12 条 DNA 片段,利用凝胶电泳分开扩增的片段,从而进行基因多态性研究。 RAPD 是一种能快速进行基因多态性研究的技术,并且由于不涉及印迹杂交、放射性自显影等技术,因此简便易行。 SSR 真核生物的基因组中散布着大量的串联重复序列,其中, 2-4 个 bp 的微卫星序列 (Microsatellite 或叫简单序列重复 SSR:Simple Sequence Repeats) 具有

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