
微卫星分析STR/SSR
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- 2025年07月16日
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1.提供服务内容:
1 按照客户要求设计实验方案,包括是否需要引物筛选,荧光标记的选择,引物的设计、合成和标记;引物组合的确定;
2-1 按照设计的试验方案完成引物筛选;(如果已经选好跳过这一步)
2-2 完成荧光PCR,并在3730xl测序仪上完成数据采集;(前期会进行预实验)
3 对没有扩增出来的进行二次PCR,再次检测;
4 对收集的数据进行处理,提取结果图谱
5 可以去除影子带进行片段统计
6 标准分析: 根据毛细管电泳图谱,将检测峰判读为对应的等位基因;
高级分析:聚类分析;多样性分析;多态位点数(AP)、多态位点百分率(P)、平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)、Shannon′s信息指数(I)、遗传分化度(Gst)等。
2)目前已经进行的样本类型:树木,草,花卉,昆虫,鱼类,虾类,真菌等;
3)客户提供:
★ 基因组DNA:
●至少15μL样品,浓度为50-100ng/μL;
●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带,没有降解;
●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化;
●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到杂色;
★ 植物材料: 新鲜组织,叶片采用硅胶干燥后或干冰运输;
★ 动物材料: 新鲜组织,无水乙醇封存低温运输;
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文献和实验微卫星DNA又称短串联重复序列(short tandem repeats, STR) 、简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),指DNA基因组中小于10个核苷酸的简单重复序列,广泛存在于真核基因组中,多数以2~6个碱基为核心单位、串联重复排列的序列。 1974年,Skinner 在寄居蟹中发现了卫星DNA的重复序列(TAGC)n。1981 年, Miesfeld 等从人类基因文库中发现了微卫星
召开国际会议讨论STR基因座的命名。会议通过DNA的命名从5' 到3' 方向阅读,编码蛋白质的基因内的STR以蛋白质编码链为准,与蛋白质编码基因无关的STR基因座以最初公开发表的资料使用的链为依据命名,并且建议以5' 端第一个包含在重复序列中的核苷酸开始定义命名STR基因座。STR筛选应先建立基因组DNA文库,用已知的微卫星DNA作探针,筛选DNA文库,最后进行测序分析等过程。微卫星DNA的筛选,多采用M13噬菌体文库,基因组DNA先经一种或数种4碱基识别位点的内切酶切割,通过琼脂糖凝胶电泳,回收
RAPD利用 10 个碱基的一个或几个随机引物非定点地扩增 DNA 片段,一般一个引物可扩增 6-12 条 DNA 片段,利用凝胶电泳分开扩增的片段,从而进行基因多态性研究。 RAPD 是一种能快速进行基因多态性研究的技术,并且由于不涉及印迹杂交、放射性自显影等技术,因此简便易行。 SSR 真核生物的基因组中散布着大量的串联重复序列,其中, 2-4 个 bp 的微卫星序列 (Microsatellite 或叫简单序列重复 SSR:Simple Sequence Repeats) 具有
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