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- 提供商：
伯豪生物
- 服务名称：
BD Rhapsody 单细胞转录组测序
- 规格：
以报价为准
伯豪生物 BD Rhapsody平台——单细胞测序服务
BD Rhapsody 技术利用卡式芯片在磁性的寡核苷酸条形码标记微球上实现单细胞捕获和 mRNA 转录本的分子标签，然后将这些微球合并到单个管中用于 cDNA 扩增和文库构建。可满足 100~10000 个细胞的自动分选、扩增及建库。
图 BD Rhapsody 技术原理
此外，该技术使用带有寡核苷酸的高质量抗体（Ab-oligos），这条寡核苷酸带有抗体特异的条形码，细胞在经过 Ab-oligos 标记后，可在单细胞水平同时获得转录组和蛋白表达。
图 单细胞 mRNA 与蛋白同时测序
| 高 效 | 每个样本可测 100~10000 个细胞； |
| 2 天内完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增以及建库。 | |
| 灵 活 | 抗体标签技术可实现多样本混合捕获； |
| 可选择全转录组测序或目标基因测序。 | |
| 可靠 | 利用成像系统对单细胞捕获过程进行质控； |
| 单细胞捕获效率高达 80%，多细胞比例 <1%（1,000 个细胞中）。 | |
| 整合 | 可同时检测单个细胞的 mRNA 水平与蛋白水平。 |
文库结构
图 BD Rhapsody 基因表达文库示意图
建议测序深度及参数
|
指标 |
参数 |
|
测序深度 |
50,000~100,000 reads/cell |
|
测序类型 |
PE150 |
1、类型：新鲜组织，原代细胞，细胞系等。
2、来源：血液提取、磁珠富集、流式富集、组织解离等。
3、样本量及其它质控要求：
| 样本类型 | 样本质控要求 |
| 细胞悬液 | > 10* 目标细胞个数（底限 10,000 个细胞）； |
| 活率 >80%； | |
| 浓度 500-1,000 个细胞 /ul； | |
| 细胞间无粘连（成团率 <5%）； | |
| 无大于 40um 的细胞碎片或其他颗粒物； | |
| 不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。 | |
| 血液 | EDTA 抗凝的全血（不可肝素抗凝），>5ml。 |
| 组织 | 0.3cm×0.3cm（不超过 0.5cm×0.5cm）的新鲜组织，4~5 块。 |
4、保存运输：
（1）细胞悬液：建议现场制备，如要运输，建议使用伯豪生物自主研发的单细胞保护液，4°C 运输，48 小时内送达伯豪生物实验室。
（2）血液：EDTA 抗凝的全血，4°C 运输，2 小时内送达伯豪生物实验室；或提取 PBMC 后冻存，干冰运输。
（3）组织：建议使用伯豪生物自主研发的单细胞组织保护液，4°C 运输，48 小时内送达伯豪生物实验室。
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文献和实验1、A novel recombinant cccDNA-based mouse model with long term maintenance of rcccDNA and antigenemia
2、Characterization of the heterogeneity of endothelial cells in bleomycin‑induced lung fibrosis using single‑cell RNA sequencing
单细胞测序悬液老是制备失败？别担心，单细胞核测序来拯救你的样本了
样本制备能力，如下图所示的一些冻存样本的核悬液制备结果： 单细胞核测序初步质控结果 单细胞核测序UAMP降维结果 吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累，建立的标准化 、工程化 、系统化的GRP平台，为中国研究型医生提供科研服务，加快科研成果转化，其中，单细胞测序拥有10x和BD两个平台，提供单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞ATAC-seq、单细胞（RNA+ATAC）、空间转录组测序等服务。
流程如下： 基于 TCR/BCR 检测的 V(D)J 区域靠近 5' 端，故免疫组库测序所用磁珠标签序列由也单细胞最末端的 polydT 序列改为 TSO 序列，构成 read1+barcode+UMI+TSO 的标签组成，用于单细胞的捕获识别和后续 5' 端 RNA 的抓取捕获。 如图, 凝胶珠上的序列中，barcode 序列用于标记细胞，UMI 序列用于标记转录本，而 TSO (template switch oligo) 用于 5’ 端捕获。 当磁珠与细胞结合并在油包水环境中反转
[5]） 总的来说，目前已有的植物单细胞研究从不同层面对细胞图谱构建，细胞发育、细胞功能及基因网络调控等方向进行了深入探索，开启了对真实的植物细胞微观世界认知的新纪元！ 现有植物单细胞测序相关文献小结： 参考文献： 1. Zhang, Tian-Qi, et al. A Single-cell RNA Sequencing Profiles the Develop- mental Landscape of Arabidopsis Root[J]. Molecular Plant. 2019
