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    SSR/STR检测分析

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      • 提供商:

        华科鉴联基因科技(北京)有限公司

      • 服务名称:

        SSR/STR分析检测

        背景介绍
        微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位基因可以用多种方法检测,传统方法采用PAGE凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。华科鉴联基因科技基于为数百家客户提供优质的微卫星(STR/SSR检测)分析服务的经验,利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标对目的DNA片段长度进行计算,使STR分型变得自动化、高效、快捷,结果也更加精确。

        项目介绍
             1.微卫星(SSR/STR)引物开发
              1.1通过富集微卫星序列,开发出具有一定重复特征的微卫星序列,并且对序列进行多态性和特异性验证,最 终提交10对具有多态性的微卫星引物。
              1.2 二代测序,具体咨询

             2.微卫星(SSR/STR)引物筛选
        选取部分代表性样本,利用普通引物进行PCR扩增,然后利用荧光毛细管电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息。
         
             3样本批量扩增
          用带有荧光标记(FAM/HEX/TMR/ROX等)的引物,对批量样本进行PCR扩增。华科鉴联基因科技拥有高通量PCR仪平台,可以满足大量样本扩增需求。

             4.ABI测序仪检测
          带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合,用3730xl等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据(fsa文件)。
         
        图2 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱
         
             5.原始数据分析
          编制panel和bin等文件,使用正版GeneMapper 软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成PDF图谱和Excel文档(包括size、基因分型等信息),分析后的电泳图谱见图3。
               6  遗传学指标分析
               各遗传分析软件:
                1、   Cervus软件:等位基因数,观测杂合度,期望杂合度,多态信息含量等
                2、   Genepop软件:是否偏离Hardy-Weinberg平衡,判断连锁不平衡位点,评估种群间遗传分化指数
                3、  Popgene软件:基因频率,等位基因数,Nei’遗传多样性,基因流,遗传距离,遗传分化,聚类分析等
                4、   ARLEQUIN软件:AMOVA分析,种群间遗传分化等
                5、   STRUCTURE软件:种群结构模式
                6、   FSTAT软件:等位基因频率,等位基因数,等位基因丰富度,基因多样性,近交系数,种群分化等
                7、   Bottleneck软件:种群动态分析
         

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