PCR 技术

在优化实验条件时，应该同时用含有甘油和不含甘油的凝胶分离PCR产物，并对放射性自显影的结果进行比较。利用这两种凝胶分析同一种样品的预实验结果可以在24h之内获得。一旦实验条件确定下来，特定实验所优选的凝胶类型就可以应用到该基因座的所有样品的分析中。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

可以用各种方法分离基因组 DNA, 主要决定于初始材料的种类（血液还是组织）和数量。所有制备的 DNA 都应该储存于 pH8.0 的 TE 缓冲液中并装在灭菌的 Eppendorf 管内。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

对 SSCP 解析能力和局限性的系统分析揭示灵敏度和片段长度有显著的相关性。当DNA 长度为 150~200bp 时，突变的检出率最高。本方案应用了高专一性的放射性同位素，并且包含一个纯化步骤用于去除未利用的核苷酸，从而降低了整个反应的放射能量。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

多重PCR扩增实验可以用于：（1）在同一PCR反应管内同时检出多种病原微生物，或对有多个型别的目的基因进行分型，特别是用一滴血就可检测多种病原体；（2）多重PCR很适宜于成组病原体的检测，如肝炎病毒，肠道致病性细菌，性病，无芽胞厌氧菌，战伤感染细菌及细菌战剂的同时侦检；（3）多种病原体在同一反应管内同时检出，将大大的节省时间，节省试剂，节约经费开支，为临床提供更多更准确的诊断信息。

应用经过修改的 Miller 等（1988) 的盐沉淀方法纯化 DNA，不使用酚和氯仿，比较温和，有效防止了长的染色体 DNA 的断裂。在第 9 章中讲述了另一种 DNA 纯化的方法。这种方法可以沉淀细胞核，已被成功地用于对血液样品、培养的细胞和乳腺瘤组织 DNA 的纯化。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

本实验介绍激活的热稳定 DNA 聚合酶进行反转录和 DNA 扩增。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

多元实时 PCR 时，在一个反应管中加入不同标记的成对引物，从而可以同时分析多个不同的基因。在许多反应中，用 JOE 标记看家基因对模板定量，用 FAM 标记目的基因,证明 LUX 引物非常有效。在标准的多元体系中，使用的引物浓度和加入的体积与进行一元反应时相同，如下。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

本方法运用 PlatinumQuantitativePCRSuperMix-UDG。进行实时 PCR 时，应该有一套设备可以检测每次 PCR 循环时释放的荧光信号。并且还能检測 FAM 和 JOE 激发后分别释放出的 520mn 和 550nm 的发射波。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

对于一个新的靶分子建立实时 PCR 定量分析的过程包括：①设计步骤一 PCR 引物和探针的选择；②根据特定分析的要求，选择实时 PCR 的检測方法。使用 SYBRGreen 的实时 PCR 通常被用于优化引物，且被主要用于在研究中检测 PCR 产物 TaqMari 探针和分子信号提供了更好的特异性。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

LUX 引物用 FAM(6-羧基荧光素）或 JOE(6-羧基-4'，5'-二氯-2'，7'-二甲氧基荧光素）标记。在没有特异模板的反应中，LUX 引物可以对 100 个拷贝或更少的目的基因进行定量，定量范围可以从不足 100 到 107 个拷贝。运用 FAM 和 JOE 标记的引物，提供的检测平台可以同时检测两个基因。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

在预实验中，对样品和竞争子应分别做反转录，然后，不变的这种样品反转录产物的量与竞争子反转录产物 2 的对数倍稀释的量相结合，用于 PCR，这种方法可以确定样品的最适拷贝数。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

第一部分：竞争子的设计；第二部分：竞争子RNA的合成、纯化和定量。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

已知线性范围的循环参数和 18SrRNA 引物与竞争子的比例，就可以用自己的样品去做相对定量 RT-PCR。下面配制的 PCR 反应混合物包含 9 个反应（4 个样品、4 个非反转录对照、1 个不加模板的对照）及 10% 的额外份额。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

这个方案的目的是要选择一个 18SrRNA 引物和竞争子之间的恰当比例，可以模仿目的转录本的表达量。对于大多数转录本来说，一般比例为 3:7。对于模板比较稀少的，采用2:8 或 1:9 可能更恰当。准备的 PCR 反应混合物应比 5 个反应多 10%。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

本方案利用的是总RNA，因为如果使用18SrRNA作内对照，在后续实验中就不能使用带poly(A)的RNA。并且必须用DNA酶处理RNA，以去除所有污染的基因组DNA。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

RNA 样品可以在-80°C 中保存 6 个月。总细胞 RNA 采用 StratageneRNA 提取试剂盒，按照说明书进行。另外，也可选用 PicoPureRNA 提取试剂盒，尤其是细胞较少时。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

LCM实验对（1）切片的病理分析（2）病变程度的分析（3）临床样本收集与参考等都有应用。

在进行 LCM 之前，切好的组织样品要固定、染色，必需的话还要脱水。对内脏和淋巴结组织作者采用经典的 HE 染色。一旦片子准备好，LCM 应当在 45 min 内进行。所有的试剂、试管以及其他的用于 RNA 提取的材料应当在染色前准备就绪。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

为了获得较好的结果，应当用新鲜的组织，因为在-80°C 中保存超过 24 h 的样品，其RNA 的产量和完整性将大打折扣。尽管有几个实验小组曾经报道用 LCM 技术从石蜡包埋的组织中获得了没有降解的 RNA, 但作者还是推荐使用冷冻的组织块。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

该方案可用于使用硅基 RNA 结合柱的 RNA 分离策略，例如方案 6。然而，可能不会 实现 100% 除去 DNA。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。