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ChIP-Seq
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英拜
采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,再通过高通量测序与数据分析,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,并且可以基于多个样品进行差异比较。
技术优势:
- 检测范围广:全基因组范围的免疫沉淀与测序分析;
- 高性价比:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量;
- 微量样本:只需10 ng以上免疫沉淀后的DNA,即可进行测序分析。
一、标准信息分析
1) 去接头污染,去低质量reads和产量情况统计;
2) ChIP 测序序列与参考基因组序列的比对;
3) ChIP 测序Reads 在全基因组的分布;
4) 统计ChIP测序数据富集区域( Peak ) 的信息;
5) Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析;
6) 多个样品的差异分析;
7) UCSC Genome Browser使用说明;
二、高级信息分析
不同表达水平的基因在TSS附近区域的reads 富集程度。
三、定制化信息分析
可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
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文献和实验干货 | CUT and Tag 让 ChIP-Seq更简单高效!
CUT&Tag 技术原理及应用 CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是替换传统的 ChIP-Seq 用以研究蛋白质-基因组互作的新技术,与后者相比,它具有信噪比高、可重复性好、实验周期短(1 天实现从细胞到文库构建)、细胞投入量低等显著优势,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。 图 1. CUT&Tag 实验原理 CUT
ChIP & ChIP-Seq实验原理与成功要素及NGS测序数据分析解读
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Epigenetic Analysis: ChIP-chip and ChIP-seq
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