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- microRNA测序
- 上海
- 2026年01月04日
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- 提供商：
英拜
- 服务名称：
microRNA测序
技术优势
- 通量高：一次测序得到500万条以上的序列；
- 分辨率高：可以检测小RNA单个碱基的差异；
- 精准度高：从几个到数十万个拷贝精确计数；
- 不依赖已知信息：既能鉴定已知小RNA，又能发现新小RNA；
- 可重复性高：深度测序保证了抽样随机性，重复性非常好，无需重复实验。
基于Illumina HiSeqTM2000高通量测序技术的小RNA数字化分析，采用边合成边测序的方法，可减少二级结构造成的区域缺失。该技术可以对高质量序列进行序列长度分布的统计及样品间公共序列统计，将筛选后的高质量序列分类注释，从而获得样品中包含的各组分及表达量信息，并对所有小RNA片段进行注释，对新的miRNA则进行靶基因预测。
一、标准信息分析
- 数据产出统计，对原始测序数据去接头污染，去低质量reads；
- 18~30 nt 小RNA 测序结果的长度分布；
- 样品间的公共序列和特异序列的分析；
- 小RNA在选定的参考基因组上的分布；
- 小RNA与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息；
- 小RNA与重复序列的比对信息；
- 小RNA与外显子或内含子的比对信息；
- 小RNA与miRBase 中指定范围的已知的miRNA的比对；
- 按照优先级将小RNA进行分类注释；
- 利用Mireap 对没有注释的small RNA进行预测，预测新的miRNA，绘制新的miRNA 的二级结构图；
- 已知miRNA的表达谱构建；
- 已知miRNA 的家族分析。
- 已知miRNA和novel miRNA的靶基因预测；
- 已知miRNA和Novel miRNA靶基因GO注释和KEGG；
- 已知miRNA的碱基编辑分析；
- 已知miRNA 差异分析和聚类分析；
- Novel miRNA 差异分析（2个或2个以上样品）和聚类分析；
- 差异miRNA 靶基因预测；
- 差异miRNA 靶基因GO 注释和KEGG 通路分析。
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文献和实验研究的不断深入，研究人员开始认识到：小分子RNA的世界一点都不小。有人推测：小分子RNA可能代表一个新层次上的基因表达调控方式。 小的干涉RNA(small interfering RNA; siRNA ) 和微小RNA(microRNA;miRNA)是两种序列特异性地转录后基因表达的调节因子，是小RNA的最主要组成部分，它们的相关性密切，既具有相似性，又具有差异性。对小RNA的深入研究将使我们更深一步了解生命的奥秘。本文主要介绍这两种小RNA分子及其作用
，其主要在RNAi通路中起作用，干扰特异基因的表达。此外siRNA 在RNAi相关的通路中也起作用，如抗病毒机制，基因组染色体结构的塑造等。其结构是一段完全互补的RNA双链，两端各有两个未互补的的碱基。 最后做一下小结，miRNA，siRNA ，dsRNA和shRNA都是RNA干扰技术中用到的小分子RNA，其不同之处在miRNA 是单链RNA，其余均为双链RNA；siRNA 和dsRNA相似；shRNA需通过载体导入细胞后，然后利用细胞内的酶切机制得到siRNA 而最终发挥RNA
可能包含和siRNA类似的作用方式。 识别 miRNAs的方法 多个研究小组采用生物化学结合是生物信息学的方法开展对miRNAs的研究工作。由于据推测都是由Dicer酶降解RNA得到的，21—23个碱基大小、有5’端磷酸基和3’羟基的RNA片断，有的实验室采用改良的定向克隆方法来筛选具有相同特征的小分子——筛选一定大小的RNA分子，连接到3’和5’的适配子（adapters），逆转录并通过PCR扩增、亚克隆并测序。miRNA前体在基因组上的定位和聚类是通过向基因组数据库查询进行
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