什么是ImmuHub®?
ImmuHub®技术平台是利用5'RACE或多重PCR技术,使我们能直接从基因组RNA或DNA来扩增TCR/BCR的全长序列或CDR3区序列,从而进行高通量测序和数据分析。ImmuHub®是艾沐蒽开发的一套灵活度极高的TCR/BCR二代测序平台。
ImmuHub®技术从实验设计到出具数据报告,为您的样本提供一个能获得全长测序或定量的免疫组测序解决方案,这个解决方案使您有能力解读适应性免疫系统的复杂性,帮助您发现适应性免疫系统的广度和深度,从而帮助您在肿瘤的生物标志物,治疗靶点,疗效监测及预后等应用研究中有更好的见解。
寄送样本,获取数据。
我们专业的技术员和生信分析员会在艾沐蒽实验室帮您完成所有的工作。
ImmuHub®工作流程
提取样本 RNA
我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的T细胞亚型的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
cDNA 合成和基因扩增
我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的T细胞亚型的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
基于UMB的超强纠错
在原始RNA模板扩增前加入UMB(Unique Molecular Barcode,独立分子条形码)进行文库构建,可对后续PCR反应或测序过程中的错误进行有效纠正,还原真实的数据,完全杜绝PCR错误和测序错误,从而提高准确率。 模拟无PCR化测序,还原PCR之前的真实分子数量。
高通量测序
我们可使用 MiSeq® (Illumina Inc.) 2 × 300 bp pair-end 方法来进行测序,保证基因的全长序列都可获得。亦可使用HiSeq® X10以获得更大的通量和更便宜的价格。
数据分析
测序数据将通过我们高级的生物信息学分析算法进行处理
ImmuHub®的测序服务步骤
服务流程:客户提供样本,通常为全血、骨髓、单个核细胞、分离后的T、B细胞、RNA/cDNA或者石蜡包埋的组织[FFPE],送达公司实验室后,实验室根据样本的情况,进行血液或骨髓的T/B细胞分离→ RNA 提取→ cDNA 合成→测序文库构建→第二代基因测序→生物信息学处理→数据分析和出图→临床信息分析(如下图)。 45个工作日后客户获得测序结果报告。
ImmuHub®功能
ImmuHub®提供了真正捕获免疫系统所需要的深度和广度。TCR/BCR作为T/B细胞克隆的一个独特性标记,能够随着时间的变化来跟踪T细胞和B细胞,表征免疫系统的多样性,并评估反应疾病和治疗的动态情况,如免疫组测序提供的一个有价值的指标是克隆性,这是一种检测受体序列在群体中分别均匀程度的方法,可以量化免疫系统对一组特定抗原的集中程度。
基本数据分析
- 种类数和FR1-4,CDR1-3 的序列
- V-(D)-J-C gene ID 信息
- 每一个 V-(D)-J 序列的组合信息
- 多样性指数的计算、克隆群比例
- 绘制V/J基因表达的2D、3D图
深度数据分析
状态的统计、总结、谱系等
- 计算样本的统计总结:序列读数、平均克隆种类大小,无功能克隆种类数等
- 计算样本每个V和J基因的使用率,绘制基于标准分数(z-Score)的热力图(heatmap)
- 计算CDR3克隆种类长度的高斯分布,绘制前N个最高表达CDR3克隆的谱系图
- 绘制V-J基因配对频率图、3D森林图
- 基于CDR3基因长度,计算和绘制V基因的分布图
样本多态性和克隆性评价
- 计算、比较样本间多样性和克隆性 (计算 Shannon、Simpson、Berger-Parker指数)
- 绘制样本多态性、克隆性图谱
样本间克隆种类重合、共享分析 (overlap and sharing)
- 计算两个样本克隆种类的共享情况,追踪同一个病人治疗前后某个克隆种类变化
- 绘制两个样本间克隆种类配对比较图
我们也将按照客户的要求提供更多的分析和不同的数据报告形式,数据结果将以电子文档的形式传送给客户
ImmuHub®技术优势
ImmuHub®适用的基因座
使用我们高度优化的文库构建方法,配合Illumina®测序平台,可以实现对以下TCR和BCR基因位点测序:
IMMUHUB®适用的样本类型
可接受带有淋巴细胞样本的RNA或DNA,如:
被引用文献:
Xiujian Wang, Yongxian Hu, Xiao Liu, Jian Yu, Pengfei Xu, Guoqing Wei, Chao Jin, Wenjun Wu, Huarui Fu, Lijuan Ding, Fang Ni, Hao Zhang, Zuyu Liang, Binsheng Wang, Xiaoqing Li, Cong Wei, Yunyun Deng, Jimin Shi, Lei Xiao, Zhao Wu, Tao Sun and He Huang. Quantitative characterization of T-cell repertoire alteration in Chinese patients with B-cell acute lymphocyte leukemia after CAR-T therapy. Bone Marrow Transplantation 2019