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杭州艾沐蒽生物科技有限公司
- 服务名称:
T细胞受体(TCR)/B细胞受体(BCR)测序服务
什么是ImmuHub®?
ImmuHub®是由艾沐蒽开发的一套灵活度极高的TCR和BCR二代测序平台。ImmuHub®技术平台目前为止发表了数十篇论文,其中包括:The New England Journal of Medicine(IF:158.5),Nature(IF:65), Signal Transduction and Targeted Therapy(IF:40), Cellular and Molecular Immunology(IF:24), Nature Communications (IF:17)等多篇高分杂志。ImmuHub®可根据不同样本类型和课题的需求为客户提供个性化的文库构建和测序模式,并配合世界领先的生物信息学算法提供可视化数据分析。
ImmuHub®技术介绍
ImmuHub®技术平台是利用5'RACE或多重PCR技术,使我们能直接从基因组RNA或DNA来扩增TCR/BCR的全长序列或CDR3区序列,从而进行高通量测序和数据分析。ImmuHub®是艾沐蒽开发的一套灵活度极高的TCR/BCR二代测序平台。ImmuHub®技术从实验设计到出具数据报告,为您的样本提供一个能获得全长测序或定量的免疫组测序解决方案,这个解决方案使您有能力解读适应性免疫系统的复杂性,帮助您发现适应性免疫系统的广度和深度,从而帮助您在肿瘤的生物标志物,治疗靶点,疗效监测及预后等应用研究中有更好的见解。

ImmuHub®技术路线

ImmuHub®技术优势
1.RNA+5'RACE+UMB
5'RACE,此方法仅适用于RNA作为模板,在cDNA合成过程中通过在5'端添加已知的adptor序列,随后使用此接头序列而不依赖于TCR或BCR cDNA中的简并引物,这大大降低了PCR偏差,不依赖于引物设计,具有更高的目标率。同时,艾沐蒽在逆转录cDNA过程中为每个RNA添加UMB标签,能确保免疫组库概况,反映原始样本中序列情况,而不受PCR扩增序列变多的影响,以及PCR或测序错误影响,5'RACE单对引物建库法能够得到包含完整TCR/BCR,这意味着可以保留完整的V基因序列,即可以扩增VDJ全长序列,同时又由于是根据C区设计引物,还可得到C基因信息,如对BCR测序,还可得到IgH isotype信息。此种方法能够匹配多种不同测序模式,PE150/PE250/PE300均可。
2.DNA+多重
多重PCR适用于DNA和RNA模板,通常由两轮PCR组成(如果使用RNA作为模板,则在cDNA合成之后)。第一轮PCR扩增受体基因座,并添加已知序列作为第二轮的启动位点,其中包含测序接头和index。然而,第一次PCR的3'端,尤其是5'端的引物位点具有显著的高序列多样性,这就需要许多简并引物来扩增不同的TCR/BCR序列。因此,易引入PCR偏差,其中与引物更相似的受体序列被更有效地扩增, 艾沐蒽多重PCR的建库方法的主要优势就是针对公认的引物偏好性这一限制进行引物的调整和优化。首先设计了能覆盖所有基因的引物。通过引物调整和优化,降低多重PCR的引物偏好性。

ImmuHub®适用的基因座

ImmuHub®工作流程
1. 提取样本 RNA
我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的T细胞亚型的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
2. cDNA 合成和基因扩增
我们合成 cDNA 将使用 5’ RACE PCR 技术来扩增 TCR 基因。
3. 基于UMB的超强纠错
在原始RNA模板扩增前加入UMB(Unique Molecular Barcode,独立分子条形码)进行文库构建,可对后续PCR反应或测序过程中的错误进行有效纠正,还原真实的数据,完全杜绝PCR错误和测序错误,从而提高准确率。 模拟无PCR化测序,还原PCR之前的真实分子数量。
4. 高通量测序
我们可使用 NextSeq® (Illumina Inc.) 2 × 300 bp pair-end 方法来进行测序,保证基因的全长序列都可获得。亦可使用NovaSeq PE150/PE250以获得更大的通量和更便宜的价格。
5. 数据分析
测序数据将通过我们高级的生物信息学分析算法进行处理

ImmuHub®的测序服务步骤
服务流程:客户提供样本,通常为全血、骨髓、单个核细胞、分离后的T、B细胞、RNA/cDNA或者石蜡包埋的组织[FFPE],送达公司实验室后,实验室根据样本的情况,进行血液或骨髓的T/B细胞分离→ RNA 提取→ cDNA 合成→测序文库构建→第二代基因测序→生物信息学处理→数据分析和出图→临床信息分析(如下图)。 15-30个工作日客户获得测序结果报告。

ImmuHub®功能
ImmuHub®提供了真正捕获免疫系统所需要的深度和广度。TCR/BCR作为T/B细胞克隆的一个独特性标记,能够随着时间的变化来跟踪T细胞和B细胞,表征免疫系统的多样性,并评估反应疾病和治疗的动态情况,如免疫组测序提供的一个有价值的指标是克隆性,这是一种检测受体序列在群体中分别均匀程度的方法,可以量化免疫系统对一组特定抗原的集中程度。

ImmuHub®适用的样本类型

ImmuHub®技术平台发表文献


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T细胞(TCR)免疫组库全长测序 TR-Seq
B细胞和抗体免疫组库全长测序Ig-Seq
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