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    研选免疫组库测序服务---ImmuHub®

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    免疫组库测序服务---ImmuHub®
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    • ImmuHub®是由艾沐蒽开发的一套灵活度极高的TCR(T细胞免疫组库)和BCR(B细胞免疫组库)二代测序平台。可根据不同样本类型和课题的需求为客户提供个性化的文库构建和测序模式,并配合高级生物信息学算法提供可视化数据分析。
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    • 商家诚信度 
    • 入驻年限  4年
    • 浙江省杭州市江干区九环路9号3幢1楼
      • 服务名称:

        免疫组库测序

      • 提供商:

        杭州艾沐蒽生物科技有限公司



      什么是ImmuHub
      ®?
      ImmuHub®是由艾沐蒽开发的一套灵活度极高的TCR(T细胞免疫组库全长测序 TR-Seq)和BCR(B细胞和抗体免疫组库全长测序Ig-Seq)二代测序平台。可根据不同样本类型和课题的需求为客户提供个性化的文库构建和测序模式,并配合高级的生物信息学算法提供可视化数据分析。


       

      寄送样本,获取数据。

      我们专业的技术员和生信分析员会在艾沐蒽实验室帮您完成所有的工作。
        

      ImmuHub®工作流程
      提取样本 RNA
      我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的T细胞亚型的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
      cDNA 合成和基因扩增
      我们将从客户送来的样本里提取客户所需要的T细胞亚型的 RNA,RNA 质量监控在样本备置中有着非常重要的作用,我们的每一步都会通过先进的设备,如 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.),对 RNA 和 cDNA 进行质量监控。如果样本质量不好,我们不会进行下一步,我们会联系客户或者使用其他方法获得更好质量的样本。
      基于UMB的超强纠错
      在原始RNA模板扩增前加入UMB(Unique Molecular Barcode,独立分子条形码)进行文库构建,可对后续PCR反应或测序过程中的错误进行有效纠正,还原真实的数据,完全杜绝PCR错误和测序错误,从而提高准确率。 模拟无PCR化测序,还原PCR之前的真实分子数量。

      高通量测序
      我们可使用 MiSeq® (Illumina Inc.) 2 × 300 bp pair-end 方法来进行测序,保证基因的全长序列都可获得。亦可使用HiSeq®  X10以获得更大的通量和更便宜的价格。
      数据分析
      测序数据将通过我们高级的生物信息学分析算法进行处理




      IMMUHUB®的测序服务步骤

      服务流程:客户提供样本,通常为全血、骨髓、单个核细胞、分离后的T、B细胞、RNA/cDNA或者石蜡包埋的组织[FFPE],送达公司实验室后,实验室根据样本的情况,进行血液或骨髓的T/B细胞分离→ RNA 提取→ cDNA 合成→测序文库构建→第二代基因测序→生物信息学处理→数据分析和出图→临床信息分析(如下图)。 45个工作日后客户获得测序结果报告。




      基本数据分析

      • 种类数和FR1-4,CDR1-3 的序列
      • V-(D)-J-C gene ID 信息
      • 每一个 V-(D)-J 序列的组合信息
      • 多样性指数的计算、克隆群比例
      • 绘制V/J基因表达的2D、3D图


       

      深度数据分析

      状态的统计、总结、谱系等

      • 计算样本的统计总结:序列读数、平均克隆种类大小,无功能克隆种类数等
      • 计算样本每个V和J基因的使用率,绘制基于标准分数(z-Score)的热力图(heatmap)
      • 计算CDR3克隆种类长度的高斯分布,绘制前N个最高表达CDR3克隆的谱系图
      • 绘制V-J基因配对频率图、3D森林图
      • 基于CDR3基因长度,计算和绘制V基因的分布图

      样本多态性和克隆性评价

      • 计算、比较样本间多样性和克隆性 (计算 Shannon、Simpson、Berger-Parker指数)
      • 绘制样本多态性、克隆性图谱

      IMG_9916Immun-Cheq 样本间克隆种类重合、共享分析 (overlap and sharing)

      • 计算两个样本克隆种类的共享情况,追踪同一个病人治疗前后某个克隆种类变化
      • 绘制两个样本间克隆种类配对比较图

      我们也将按照客户的要求提供更多的分析和不同的数据报告形式,数据结果将以电子文档的形式传送给客户




      ImmuHub®技术优势

       

      ImmuHub®适用的基因座

      使用我们高度优化的文库构建方法,配合Illumina®测序平台,可以实现对以下TCR和BCR基因位点测序:

      IMMUHUB®适用的样本类型

      可接受带有淋巴细胞样本的RNA或DNA,如:

       

      公司资质和荣誉




      点击链接查看细分服务:
      T细胞(TCR)免疫组库全长测序 TR-Seq
      B细胞和抗体免疫组库全长测序Ig-Seq

       

      被引用文献:

      Xiujian Wang, Yongxian Hu, Xiao Liu, Jian Yu, Pengfei Xu, Guoqing Wei, Chao Jin, Wenjun Wu, Huarui Fu, Lijuan Ding, Fang Ni, Hao Zhang, Zuyu Liang, Binsheng Wang, Xiaoqing Li, Cong Wei, Yunyun Deng, Jimin Shi, Lei Xiao, Zhao Wu, Tao Sun and He Huang. Quantitative characterization of T-cell repertoire alteration in Chinese patients with B-cell acute lymphocyte leukemia after CAR-T therapy. Bone Marrow Transplantation 2019

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