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宏基因组测序
一、实验流程
1. 样品提取总DNA。
2. 基因组片段化、加测序接头。
3. 琼脂糖凝胶电泳回收合适大小的片段。
4. 完成测序文库的制备，用Illumina Hiseq2500进行测序。
二、数据分析
1、测序质量评估
2、宿主基因组比对与覆盖度read统计
3、De novo基因组组装拼接
4、De novo组装拼接性能评估
5、Unigene预测
6 、Unigene功能注释
7、微生物种群鉴别分析
8、微生物种群进化分析
9、微生物种群差异分析
10、 微生物种群结构分析
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文献和实验，并参加了比赛。宏基因组测序我们诊断传染病的方法叫做宏基因组测序。总的思路是，我们对临床样本中的所有核酸(DNA和RNA)进行排序，并使用计算软件分析数据，以找到众所周知的“大海捞针”。我们寻找的一般是去年，我们描述了使用宏基因组测序成功诊断一种罕见但可治疗的细菌感染(神经钩端螺旋体病)，该感染发生在一名14岁的危重男孩身上，他已经病了4个多月而未被诊断。对于具有广泛鉴别诊断(疟疾、伤寒、登革热、埃博拉等)的急性热带病等疾病，无偏元基因组测序是一种非常有吸引力的诊断检测方法。我们在《基因组医学》杂志
qiangshou2010 我想问个这几天一直想不明白的事情。 现在人类基因组测序早就完成了，也开始了其它物种的测序，包括猴子---恒河猴，rhesus,这几天我查了猴子的几个基因，发现在它的序列里包括了一部分的N。这些N表示什么意思呢？是当时没有测出来？还是不能找到合适的样本，才测不出来的？ 在哪里可以查到序列完全测出来的物种呢？就拿猴子来说，哪种猴子的序列是测全了的呢？ zhujoker
海边海鸥 偶的题目大致是研究某一细菌产生ESBLs,其基因组中含有耐药基因，但是表型（药敏试验仍对该类抗生素敏感）阴性。可能存在某些机制使该耐药基因未表达。打算进行该两株的全基因组测序，想请教一下主要从哪几方面考虑未表达的可能性。谢谢大家:) 海边海鸥 怎么没有建议呢？ zhujoker 我来胡说2句吧，不知道细菌基因组有没有甲基化修饰，自己不做细菌，所以不能确定（但是偶刚才查一下的确好像
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