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- 2026年09月01日
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- 提供商：
表观生物
- 服务名称：
m6Am-Exo-seq测序服务
项目简介：
RNA上存在一百多种化学修饰，其中N6-甲基腺嘌呤（m6A）作为真核生物mRNA上含量最普遍的化学修饰，参与调控了很多重要的生物学过程。不同于m6A，m6Am主要位于真核生物mRNA 5'端帽子之后的第一个碱基。早在1975年，科学家就鉴定到了m6Am的存在。m6Am也是一个动态、可逆的修饰，但其修饰酶PCIF1近两年才发现。m6Am修饰主要位于5’m7Gppp帽子后的第一个碱基，主要通过影响mRNA的蛋白翻译效率发挥作用。
为推动表观转录修饰m6Am的研究，表观生物新开发m6Am-Exo-seq测序技术，大幅降低样本要求量，可以在全转录组范围（mRNA及lincRNA）高效准确的鉴定m6Am的修饰位点及丰度变化。
技术流程：
送样要求：
样本类型：
1. 总RNA，100ug
2. 细胞，数量为5x107
3. 组织，质量为100mg
样本物种：
仅限人、大小鼠物种，其他物种需评估
分析内容
基本分析
1.测序原始reads去接头，质量控制（QC）
2.参考基因组比对（Mapping）
3.富集区域鉴定（PeakCalling）
4.富集区域注释（PeakAnno）
5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析
6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny图
7.Motif分析
8.Peak基因GO和KEGG分析
9.差异Peak分析（即差异RNA修饰mRNA、lncRNA）
10.差异Peak基因GO和KEGG分析
高级分析
1.单位点修饰预测分析（SingleSite）
2.差异RNA修饰热图（Heatmap）
3.累计分布曲线分析（Cumulative Distribution Fraction Analysis）
4.关联分析（与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析）
5.关联分析四象限图
6.关联分析热图（Heatmap）
7.IGV峰图（附5个基因）
表观生物实测数据：
图4. Peak在lincRNA结构上的分布metageneplot图
图5. motif分析结果（CA特征，不同于m6A修饰的RRACH）
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文献和实验1.Sendinc E, Valle-Garcia D, Dhall A, et al. PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression[J]. Molecular cell, 2019, 75(3): 620-630. e9.
2.Mauer J, Sindelar M, Despic V, et al. FTO controls reversible m 6 Am RNA methylation during snRNA biogenesis[J]. Nature chemical biology, 2019, 15(4): 340-347.
3.Akichika S, Hirano S, Shichino Y, et al. Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II–associated methyltransferase[J]. Science, 2019, 363(6423): eaav0080.
4.Sun H, Zhang M, Li K, et al. Cap-specific, terminal N 6-methylation by a mammalian m 6 Am methyltransferase[J]. Cell research, 2019, 29(1): 80-82.
5.Li K, Cai J, Zhang M, et al. Landscape and regulation of m6A and m6Am methylome across human and mouse tissues[J]. Molecular cell, 2020, 77(2): 426-440. e6.
之前剪切底物。但 ACA 序列的第一个 A 发生 m6A 甲基化之后将无法被 MazF 所识别。MazF RNA 酶作用示意图根据这一原理，作者将纯化后的 mRNA 进行 MazF 酶处理，然后再对打断的 RNA 进行逆转建库测序。对于无修饰的位点，ACA 处被完全剪切，测序 reads 正好分布于该位点上下游而且比对至该处的上下游 reads 数是相同的。而甲基化位点的 reads 会包含上下游的序列。作者开发了 MAZTER-MINE 软件包专门进行分析。MAZTER-Seq 实验
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