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- long RNA-seq 是一种全面检测细胞和组织长片段 RNA（>200 nt）的转录组测序方法，包括线性的 mRNA 和 lncRNA以及 circRNA，可准确高效揭示转录组的表达全貌，是非编码 RNA 的重要研究技术。同时获取同一个样本中的 mRNA、lncRNA、circRNA 信息，节省样本，信息更全面，性价比更高。挖掘不同生理或病理情况下两组样本中的 mRNA、lncRNA、circRNA 表达差异情况，预测其靶基因。
- 2026年01月22日
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- 详细信息
- 文献和实验
- 技术资料
- 服务名称：
longRNA-seq
- 提供商：
表观生物
- 规格：
10G*2（IP+input）
LongRNA-seq是一种全面检测细胞和组织长片段RNA（>200nt） 的转录组测序方法,包括线性的mRNA和lncRNA分子，以及环状RNA，可准确高效揭示转录组的表达全貌，是非编码RNA的重要研究技术。
关于长链非编码RNA(Long non-coding RNA，lncRNA):
lncRNA是一类长度大于200nt，无典型开放阅读框(ORF)的RNA，其数量远高于编码蛋白质的mRNA。它们的基因背景很丰富，可以是由启动子、增强子起始的序列，基因内含子，RNA的反义链，亦或是基因之间的序列等。研究发现lncRNA可在表观遗传学水平(包括DNA 甲基化、组蛋白修饰、染色质重构)、转录及转录后水平调节基因的表达，从而参与各种基本生命活动和疾病的发生发展过程。
关于环状RNA（circular RNA，circRNA）：
环状RNA是一类特殊的RNA分子，是RNA领域新的研究热点。
与传统的线性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。在功能上，近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA（miRNA）结合位点，在细胞中起到miRNA海绵（ miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；这一作用机制被称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。通过与疾病关联的miRNA相互作用， circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。而新的研究发现，还存在大量的环形RNA可作为信使RNA来编码蛋白，这些环形信使RNA通过一种常见的RNA甲基化修饰m6A，来驱动非帽依赖性的翻译机制来合成蛋白质。
正常情况下，真核细胞中蛋白质合成的主要方式是通过5’端帽依赖性翻译，但在应激环境下或一些癌症中，5’端帽依赖性翻译会被抑制而非帽依赖性翻译将会取代。因为环状RNA没有5’端帽结构，所以所有的环状RNA翻译都是通过非5’端帽依赖性翻译进行的。因而环状RNA可能通过产生刺激诱导蛋白在细胞应激反应中发挥重要作用。根据类似推理，环状RNA编码的蛋白可能在癌症等重大疾病发展过程中发挥重要作用。
实验流程
样本要求
1. 组织：>1mg；（仅限人源）
2. 细胞培养：1*10的6次方个；（仅限人源）
3. 血液样品：≥2ml。（仅限人源）
4. RNA样品（仅限人源）:
请提供浓度≥ 200ng/μL，总量≥4μg的RNA（单次建库用量为2μg）；
OD260/280介于1.8~2.2之间，OD260/230≥2.0，RIN≥6.5，28S:18S≥1.0，确保RNA无降解；
建库方式
去rRNA 链特异性建库方式
测序参数
测序平台：HiSeq X10/4000
测序模式：PE150测序模式
测序数据：>10G clean data
生物信息基础分析
1. 数据质控
2. 基因比对与统计
3. mRNA差异表达分析
4. lncRNA差异表达分析
5. 环状RNA预测分析
6. 环状RNA注释
7. 环状RNA差异表达分析
8. 差异基因GO分析
9. 差异基因KEGG分析
10. 生物学重复样品间相关性分析
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文献和实验了相关 RNA 分子的组织来源。一、浏览功能区使用1. 点击进入 circRNA 浏览功能区。2. 获得检索结果包括相关 circRNA 的 ID、circBase ID 和染色体位置等信息。3. 点击进入 lncRNA 和 mRNA 浏览功能区。4. 获得检索结果包括基因名、基因类型，相关 circRNA、表达等级和特异性表达组织等信息。二、搜索功能区使用1. 点击进入搜索功能区2. TRAF3 在不同类型样本中的表达线图。3. TRAF3 在不同类型样本中的表达热图。4. 点击获得 TRAF
导读 今年4月，《molecular Cell》杂志上刊登了一篇基于高通量测序方法研究肌细胞分化过程中circRNA功能性文章。通过RNA-Seq筛选人和老鼠（C2C12）肌母细胞（myoblasts ）分化成肌管细胞（myotubes ）过程以及肌营养不良症（DMD）状态下差异表达的circRNA，然后利用RNA干扰（RNAi）技术找到在肌肉分化过程中起作用的circRNA。更有趣的是，作者发现其中一个circRNA序列中含有开放阅读框（ORF），从而又进一步证明其具有编码蛋白的能力。由于文
非编码RNA（Non-coding RNA）是指不编码蛋白质的RNA，包括miRNA、lncRNA、circRNA、piRNA等。非编码RNA发挥功能的方式很多，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种细胞活动，主要包括基因的激活和沉默，RNA的剪接、修饰和编辑，蛋白质的翻译等。 1. miRNA：miRNA是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们在动植物中参与转录后基因表达调控。每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNA也可以调节同一个基因。 图
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