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- TRAC-seq（m7G tRNA Reduction andCleavage-Sequence），即 m7G tRNA 还原和断裂测序，系基于AlkB去甲基化酶的tRNA m7G修饰研究方法，无需抗体，高效完成单核苷酸分辨率的 tRNA m7G修饰图谱绘制。
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- 2026年01月23日
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表观生物
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TRAC-seq（tRNA m7G修饰测序）
RNA 甲基化修饰 m7G（7- 甲基鸟嘌呤），是 tRNA 上最丰富的修饰类型之一，与 tRNA 稳定性和肿瘤等人类疾病密切 相 关。TRAC-seq（m7G tRNA Reduction and Cleavage-Sequence），即 m7G tRNA 还原和断裂测序，系基于 AlkB 去甲基化酶的 tRNA m7 G 修饰研究方法，无需抗体，高效完成单核苷酸分辨率的 tRNA m7 G 修饰图谱绘制。
1. tRNA转录组全局m7G修饰定位
1. 结合小RNA分离步骤，选取tRNA进行处理，针对性强
分析内容
4.2 差异分析
4.4 关联分析
实测数据
案例：
Mol Cell：m7G tRNA修饰增强致癌mRNA翻译，促进肝内胆管癌发展[1]
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文献和实验[1] Dai Z, Liu H, Liao J, et al. N7-Methylguanosine tRNA modifification enhances oncogenic mRNA translation and promotes intrahepatic cholangiocarcinoma progression. Mol Cell. 2021 Aug 19;81(16):3339-3355.e8.
Mol Cell：浙大王青青团队等合作揭示乳酸化调控 RNA m⁶A 修饰促进肿瘤浸润髓系细胞的免疫抑制功能
削弱其促进肿瘤的能力。RNA-seq 分析提示 JAK-STAT 可能是 METLL3 调控的下游通路，TIMs 的 JAK-STAT 通路对其促肿瘤作用具有枢纽性作用（2022 年是 JAK-STAT 通路发现 30 周年 [6]）。作者利用 m6A 甲基化免疫共沉淀测序分析，证实 TIMs 中 Jak1 的 mRNA 上 m6A 修饰增加，以 m6A-YTHDF1 依赖形式提高其在多聚核糖体的翻译效率。JAK1 促进转录因子 STAT3 的磷酸化，启动 STAT3 下游免疫抑制效应分子 IL
的后果是不仅没有RNA，连DNA也被消化了。两者均于-20℃保存。验证提取DNA的纯度的方法有二：1、紫外分光光度计计算OD比值；2、1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳。第二种方法优于第一种方法，这种方法完全可以明确所提基因组DNA的纯度，并根据Marker的上样量估计其浓度，以用于下一步的修饰。第二部分 亚硫酸氢钠修饰基因组DNA如不特别指出，所用双蒸水（ddH2O）均经高压蒸汽灭菌。1、将约2μgDNA于1.5mlEP管中使用ddH2O稀释至50μl；2、加5.5ul新鲜配制的3M NaOH
第三部分 修饰后DNA纯化回收 EP管如无特别说明均为高压蒸汽灭菌的。 1. 将移液器枪头伸入石蜡油层下，先轻轻加压使其中一小段石蜡油排出，然后吸取混合液至一洁净1.5mlEP管中。 2：以下使用Promega Wizard Cleanup DNA纯化回收系统（Promega，A7280） 1）70℃水浴预热DDW；配制80%异丙醇； 2）加1ml Promega’s Wizard DNA Clean-up resin，轻柔颠倒混匀，使DNA充分与树脂结合；
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