TRAC-seq：tRNA m7G修饰测序

RNA 甲基化修饰 m⁷G（7- 甲基鸟嘌呤），是 tRNA 上最丰富的修饰类型之一，与 tRNA 稳定性和肿瘤等人类疾病密切 相 关。TRAC-seq（m7G tRNA Reduction and Cleavage-Sequence），即 m⁷G tRNA 还原和断裂测序，系基于 AlkB 去甲基化酶的 tRNA m⁷ G 修饰研究方法，无需抗体，高效完成单核苷酸分辨率的 tRNA m⁷ G 修饰图谱绘制。

 

技术应用
1. tRNA转录组全局m⁷G修饰定位

2. 研究METTL1-WDR4甲基化转移酶介导的tRNA稳定性等生理机制

3. 研究肿瘤等疾病的tRNA m⁷ G修饰异常表达，探究疾病发生发展机制

技术优势
1. 结合小RNA分离步骤，选取tRNA进行处理，针对性强

2. 去甲基化酶AlkB处理，极大提高tRNA反转录效率，获

得完整tRNA修饰图谱

3. 利用AlkB和NaBH4 还原步骤，无需抗体，结果无偏移、高效

4. 精确识别tRNA修饰，达到单核苷分辨率

分析内容

1. 测序原始reads去接头，质量控制（QC）

2. 参考基因组比对（Mapping）

3. 化学剪切鉴定

4. tRNA m⁷G鉴定

4.1 表达定量
4.2 差异分析

4.3 motif分析
4.4 关联分析

技术原理

 

提取小 RNA，细菌去甲基化酶 AlkB 处理，去除大 部分 tRNA 修饰，然后 NaBH4 和苯胺处理，诱导 m⁷ G 修饰位点的 RNA 骨架的还原和断裂。具有规则的 3’ 端的切割产物加上接头，建库测序

送样要求

样本类型：

1. 细胞，≥ 2×107 个细胞/ 样本

2. 组织，≥ 50mg/ 样本

3. 总RNA，≥ 100μg/ 样本，RIN 值≥ 6

样本物种： 仅限人、大小鼠，其他物种需评估


实测数据
 

案例：
Mol Cell：m7G tRNA修饰增强致癌mRNA翻译，促进肝内胆管癌发展^[1]
 

  该研究首先通过对 TCGA 数据库中 22 种 tRNA 修饰酶表达分析发现，tRNA m⁷G 修饰相关的 METTL1 在肝内胆管癌（ICC）中表达显著上调；通过 TRAC-seq，发现 METTL1 敲除后，ICC 中的 m⁷G 修饰丰度减少，其修饰的 tRNA 表达水平也明显下降（RNA-seq）；进一步利用 Ribo-seq 发现敲除 METTL1 后，影响基因翻译，表明 METTL1 介导的 tRNAm⁷ G 修饰具有调控 tRNA 水平和细胞翻译的功能。后续深入的机制研究表明，ICC 细胞可以通过 m⁷ G tRNA 解码的密码子频率偏倚机制，选择性调控了包括 EGFR 信号、细胞周期在内的多种相关癌基因的翻译，进而促进 ICC 的进展。