送样要求
1.具备条件的,可以把细胞核分离好液氮速冻并干冰运输。
2. 不具备前期准备条件的,需提供活细胞及配套培养基,常温运输。如需进行细胞前处理,请提供详细说明和相关材料,并收取相应处理费用。细胞培养及收集需根据细胞类型不同而收取相应费用。
细胞数量
1x107个细胞每样本
仅限物种
人、大鼠、小鼠
测序模式
SE 50
测序数据量
20M
生物信息分析
1. 数据产出统计,对原始测序数据去接头、去低质量 reads、去污染;
2. 测序序列与参考基因组序列的比对,Reads在全转录组的分布;
3. Reads在转录起始位点(TSS)附近的meta分析;
4. 转录暂停基因分析
5. eRNA分析
6. 差异基因分析
7. 差异基因 GO 功能聚类分析及KEGG生物通路富集分析
参考文献
Core L J, Waterfall J J, Lis J T. Nascent RNA sequencing reveals widespread pausing and divergent initiation at human promoters[J]. Science, 2008, 322(5909): 1845-1848.
Danko C G, Hyland S L, Core L J, et al. Identification of active transcriptional regulatory elements from GRO-seq data[J]. Nature methods, 2015, 12(5): 433-438.