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北京青莲百奥生物科技有限公司
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TMT 标记定量蛋白质组学技术
TMT串联质谱标签试剂Tandem Mass Tag reagents），是由Thermo Scientific公司研发生产的，专为通过串联质谱（MS）对不同样品中的蛋白质进行鉴定和定量而设计。一组标签试剂里的所有标签，均带有相同的质量（例如：同质），化学结构则由一个胺反应性的NHS 酯基团，间隔臂（质量调整区）和质量报告基团（图1）组成。该技术该技术采用最多16种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，然后进行串联质谱分析，可同时比较8中不同样品中蛋白质的相对含量。
技术原理
TMT试剂是可与氨基（包括氨基酸N端及赖氨酸侧链氨基）发生反应的标记同位素。在一级质谱图中，不同TMT试剂标记不同样本中的同一肽段有相同的质荷比，色谱行为一致，所以在一级质谱中，不同来源的相同肽段表现为一个峰；在二级质谱中，经过能量碰撞，TMT试剂发生碎裂，报告离子表现为不同质荷比不同的的信号峰，因此根据报告离子峰的高度及面积，可以得到同一肽段在不同样本中的表达差异。
TMT定量蛋白质组技术特点
技术优势
覆盖深度高：经过分级鉴定，可检测出低丰度蛋白，蛋白鉴定深度高；
高通量：一次性检测高达16个样本
稳定性好： 一组样本同时被质谱检测，几乎不受仪器稳定性的干扰，系统误差小，稳定性更好
缺失值少：能用于后续生物的数据丰富。
适用范围广：可以对任何类型的蛋白质进行标记，包括膜蛋白、核蛋白和胞外蛋白等；
应用领域
医学方向：临床大队列样本的疾病分型、生物标志物发现；生理、病理及感染免疫的机制研究；药物的研发与药效评估
农牧方向：动植物的生长发育、遗传育种及生态保护研究；生物对环境的适应及胁迫抗逆的机制研究；营养与饲料成分的分析与优化
食品方向：食品营养价值与品质的分析鉴定；产品成分的分析与优化；食品安全的提升
样本要求
| 样本类型 | 送样量 | |
| 动物组织 | 常规组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉等柔软组织） | 20 mg |
| 坚硬组织（软骨、毛发） | 200 mg | |
| 植物组织 | 柔软组织（木本植物的叶、花等，草本植物，藻类，蕨类植物） | 300 mg |
| 坚硬组织（根、树皮、树枝，果实种子等） | 3 g | |
| 微生物 | 常见细菌、真菌菌体（菌体沉淀）、精细胞 | 50 μL |
| 细胞 | 悬浮/贴壁培养细胞（细胞计数/沉淀） | 5×106或20 μL |
| 液体类 | 血浆/血清（不去除高丰度） | 10 μL |
| 血浆/血清（去除高丰度-伯乐） | 300 μL | |
| 血浆/血清（去除高丰度-TOP2/TOP14） | 50 μL | |
| 脑脊液（不去除高丰度） | 200 μL | |
| 脑脊液(去除高丰度-TOP2/TOP14) | 500 μL | |
| 卵泡液（不去高丰度） | 200 μL | |
| 卵泡液（去除高丰度-伯乐）、尿液，精液 | 2 mL | |
| 淋巴液、关节液、穿刺液、腹水 | 5 mL | |
| 唾液/泪液/乳汁 | 1 mL | |
| 培养基上清（不能使用含血清的培养基） | 10 mL | |
| FFPE | 每片厚度10 μm，面积1.5×2 cm | 10-15片 |
| 其他 | 蛋白溶液（最佳Buffer是8M Urea） | 30 μg |
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文献和实验本节课程介绍了label-free定量蛋白质组学技术的原理及应用。主要包括：（1）以MS数据为例，系统介绍label-free技术进行蛋白质定量的技术流程和原理。（2）介绍免费的label-free分析套件—Maxquant和Perseus。（3）以免疫沉淀（IP）数据为例，展示label-free进行蛋白质互作定量的应用。（4）以数据为例，展示label-free在外泌体蛋白定量分析中的应用。
共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白组学分析、SILAC/Dimethyl标记定量蛋白组分析、SWATH定量蛋白组学、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白组学分析。下面介绍两种比较常见的定量蛋白质组学技术。 iTRAQ定量蛋白质组学分析 iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation) 技术是由美国应用生物系统公司ABI研发的一种多肽体外标记技术。该技术采用4种或8种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，而后进
定量蛋白质组学 在分析正常组织或病理组织变化过程中(如在生长、分化、药物暴露或肿瘤发作期间)蛋白质的表达谱时，能够定量分析变化是非常重要的，明确地探测这些多肽经历的上调或下调过程也是很重要的。这些蛋白质有可能是药物作用的关键靶标，因此检测这些蛋白质对药物研发和医学处理至为重要。最早达到这个目标的方法是正确应用一些计算机程序(如Melanie或PDQuest)来分析比较这些组织(如正常组织和病理组织)的标准图。为了能够获得符合统计学要求的标准图，最少需要
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