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石蜡包埋组织样本蛋白质组学
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北京青莲百奥生物科技有限公司
目前,蛋白质组学研究材料主要是新鲜的组织、体液或体外培养细胞,因为新鲜标本可以大限度保存蛋白质的结构完整性,防止蛋白质降解,从而得到完整的蛋白质表达谱。但新鲜标本的采集和保存需要较高的条件和费用,而可靠的生物标志物的发现需要大量的连贯性的样本,另外医学发展的趋势是对疾病的微创伤性进行早期诊断,以新鲜组织为样本进行大批量系统性的研究变得越来越困难。因此体液曾一度成为蛋白质组学的研究对象。但生物标志物须准确地反映疾病部位的病理变化,而体内微环境极其复杂且处于动态变化中,病变部位的化学信息很难在体液采集的部位达到质谱仪检测所需浓度,因此,针对体液的蛋白质组学研究很少发现有特异的生物标志物。体外培养细胞由于生长环境的改变, 不能完全反映细胞在体内的生物状态,也不是理想的临床病理学研究材料。当前世界各大医院及研究机构都有极其丰富的病变组织档案库,即甲醛固定及石蜡包埋的组织库,这些组织具有病史清楚、诊断明确、临床资料详尽等优点,并能长期稳定室温保存,对疾病的回顾性研究(尤其是罕见病例)具有极高的应用价值,已引起蛋白质组学研究人员的注意,并取得了初步的成果。但是,组织在固定和包埋过程中,蛋白质的结构及理化性质会发生改变,因此,在进行后续的检测之前,需要对蛋白质进行修复。
甲醛是由37%~40%甲醛10ml和90ml 磷酸盐缓冲液组成的混合物,甲醛终浓度为3.7%~4.0%。通过对组织进行甲醛固定及石蜡包埋等处理,组织细胞中的蛋白质—核酸和蛋白质一蛋白质之间及其分子内部迅速形成共价交联。甲醛的这种共价交联作用,能够阻止细胞器和生物大分子的移位,从而保存细胞微细的组织病理学形态,而石蜡包埋使组织可切成微米级薄片,使光镜观察组织结构成为可能,并使包埋组织长期室温储存,但同时使蛋白质的理化性质发生部分改变,如溶解度明显下降、胰蛋白酶切位点部分丢失、热稳定性增高、等电点pH值改变等,蛋白质在甲醛中仅20min就可形成二聚体、三聚体甚至多聚体,某些抗原决定 簇位点被掩盖。因此,要使甲醛固定的组织适用于蛋白质组学的研究,蛋白质的复性是首要解决的问题。
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