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北京青莲百奥生物科技有限公司
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PRM靶向蛋白检测
靶向蛋白质组技术,顾名思义是只选取和检测目标蛋白相关的信号,忽略其他无关的信号,因此可以实现对目标蛋白定量的高特异性和高准确性。PRM是Labelfree 、iTRAQ/TMT等组学技术的好伙伴。大规模组学技术不可避免地存在定量假阳性的问题,组学结果往往需要采用特异性的检测方法来验证。目前最常规的方法如蛋白水平WB、ELISA,而PRM在后续靶蛋白验证方面具有独特的优势:不依赖抗体,可选择性、特 异性地对目标蛋白质进行定性定量分析(或定量分析)。
PRM(平行反应监测,Parallel Reaction Monitoring)是一种基于高分辨、高精度质谱的靶向蛋白质组学技术,能够对目标蛋白质、目标肽段有针对性的选择数据进行质谱数据采集,对于符合目标离子规则的信号进行采集,去除不符合规则的离子信号的干扰。从而实现对目标蛋白质/肽段进行定性定量。
技术原理
PRM是相对于传统SRM/MRM建立起来的高分辨率离子监测技术。PRM基于Q. Orbitrap为代表的四级杄-高分辨质谱平台,与SRM每次扫描一个Transition不同,PRM每次对一个母离子生的所有Transition进行全扫描,即平行监测了一个母离子对应的所有离子对。PRM质谱分析经过三个阶段:1,通过MS筛选岀与目标分子特异性一致的母离子;2,碰撞碎裂这些母离子,去其他离子的干扰;3.只对选定的特异MS/MS2离子进行质谱信号的采集。PRM质谱技术是高精准度的蛋白定量鉴定技术,是一次性精准定量硏究复杂样品中多个目标蛋白的方法。如果借助同位素标记的目标肽段作为内参,可以实现蛋白定量鉴定。
PRM技术流程图

技术优势
1.高分辨离子监测,质量精度达ppm级,在不损失灵敏度的情况下,大程度排除了背景干扰;
2.MS2为全扫描,无需事先确定离子对和优化碰撞能量,只需要在数据处理时选择响应较高的一个或几个离子即可提取母离子对的色谱峰进行定量,线性范围可达5-6个数量级;
3.同时定性与定量分析,二级全扫描谱图用于定性分析,选择其中优质的子离子提取离子对即可完成定量分析。
与传统WB/ELISA相比有独特优势

应用方向
蛋白质组学结果验证:验证定量蛋白质组学、翻译后修饰蛋白质组学结果
特定蛋白定量:针对特定的一个或几个蛋白质进行绝对定量或相对定量分析
PRM靶向定量蛋白质组结果展示

样本要求
| 样本类型 | 送样量 | |
| 动物组织 | 常规组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉等柔软组织) | 10 mg |
| 坚硬组织(软骨、毛发) | 100 mg | |
| 植物组织 | 柔软组织(木本植物的叶、花等,草本植物,藻类,蕨类植物) | 200 mg |
| 坚硬组织(根、树皮、树枝,果实种子等) | 2 g | |
| 微生物 | 常见细菌、真菌菌体(菌体沉淀)、精细胞 | 30 μL |
| 细胞 | 悬浮/贴壁培养细胞(细胞计数/沉淀) | 2×106或20 μL |
| 液体类 | 血浆/血清(不去除高丰度) | 5 μL |
| 血浆/血清(去除高丰度-伯乐) | 100 μL | |
| 血浆/血清(去除高丰度-TOP2/TOP14) | 50 μL | |
| 血浆/血清(去除高丰度-DMB蛋白冠) | 50 μL | |
| 脑脊液(不去除高丰度) | 100 μL | |
| 脑脊液(去除高丰度-TOP2/TOP14) | 300 μL | |
| 卵泡液(不去高丰度) | 100 μL | |
| 卵泡液(去除高丰度-伯乐)、尿液,精液 | 1 mL | |
| 淋巴液、关节液、穿刺液、腹水 | 3 mL | |
| 唾液/泪液/乳汁 | 500 μL | |
| 培养基上清(不能使用含血清的培养基) | 5 mL | |
| FFPE | 每片厚度10 μm,面积1.5×2 cm | 2-5片 |
| 其他 | 蛋白溶液(最佳Buffer是8M Urea) | 10 μg |
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文献和实验蛋白质/肽段进行准确地特异性分析。 平行反应监测PRM相对定量技术的优势 相比于传统SRM/MRM只检测目标离子对的模式, 平行反应监测PRM相对定量技术将采集二级信息所用的四级杆质量分析器替换为更高分辨、更高质量精度的分析器,实现了从目标离子对检测到全部目标离子碎片检测的转化。因此,平行反应监测PRM相对定量技术不仅具有SRM/MRM的靶向定量分析能力,还同时具备了定性能力。 1. 质量精度达到ppm级,能够比SRM/MRM更好地排除背景干扰和假阳性,有效提高复杂背景下的检测限和灵敏
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本节课程介绍了label-free定量蛋白质组学技术的原理及应用。主要包括:(1)以MS数据为例,系统介绍label-free技术进行蛋白质定量的技术流程和原理。(2)介绍免费的label-free分析套件—Maxquant和Perseus。(3)以免疫沉淀(IP)数据为例,展示label-free进行蛋白质互作定量的应用。(4)以数据为例,展示label-free在外泌体蛋白定量分析中的应用。
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