Label-free/iTRAQ定量蛋白质组学技术
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定量蛋白质组学分析
定量蛋白质组学技术常见的几类主要包括：Label Free定量蛋白组分析、SILAC与免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白组学分析、SILAC/Dimethyl标记定量蛋白组分析、SWATH定量蛋白组学、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白组学分析。下面介绍两种比较常见的定量蛋白质组学技术。
iTRAQ定量蛋白质组学分析
iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation) 技术是由美国应用生物系统公司ABI研发的一种多肽体外标记技术。该技术采用4种或8种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，而后进行串联质谱分析，可同时比较4种或8种不同样品中蛋白质的相对含量或绝对含量。
iTRAQ技术特点：
- 不同样本标记之后混样，统一处理上机，减少了分别上机造成的实验误差，并利用同位素标签的丰度来检测，定量更准确，重复性更好；
- 由于需要标记试剂标记，因此成本相对较高；
- 通量高，在一次实验中最多可同时比较8个样品；
- 利用基于同一个参考样品的办法，可以进行多于8个样品的定量比较；
- iTRAQ的覆盖度高、灵敏度高。
Label-Free定量，即非标记的定量蛋白质组学，不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。
Label-Free技术特点：
- 不需要标记处理，操作简单，成本低、实验周期短；
- 每个样品单独处理、上机；
- 可以做任意样本的总蛋白质差异定量，样品类型不受限制；
- 对单个样品的蛋白总量要求相对较低，对于组织本身蛋白量不高，可以选择Label-Free，适用于一些难收集样品；
- 定性没有问题，但是定量的准确性较标记定量稍差，会受到质谱稳定性等因素的影响；
- 适合于大样本量的定量比较（大于24个样本）；
图片来源：百泰派克生物
