RIP测序 | 核酸-蛋白互作研究

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    核酸-蛋白互作研究系列产品:ChIP测序RIP测序CLIP测序MeRIP测序


    简介
    RIP-seq(RNA immunoprecipitation and high-throughput sequencing)是RNA免疫沉淀与高通量测序结合的技术,它通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序,可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式,并对其结合强度进行精确定量,最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化,阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。 
    RIP-seq技术并不局限于miRNA与RBP(RNA结合蛋白)的传统研究,许多研究发现了lncRNA和蛋白的互作,而lncRNA通过多种的分子机制参与到广泛的生物学过程中,RBP与lncRNA的互作网络为lncRNA的细胞机制和疾病的发生、发展提供了新的研究线索和方向。


    作为国内核酸-蛋白互作研究服务的领跑者,公司已完成1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、羊、鸡、斑马鱼等)、植物(水稻、拟南芥、小麦、二穗短柄草、马铃薯、番茄、苹果等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌等)近50余种物种的ChIP-seq和RIP-seq,其中组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%,RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。


    康测技术优势

    1. 优化的RIP实验体系,RIP建库起始量低至30~50ng RNA
    2. 专攻IP(ChIP、RIP、CLIP)的博硕团队,拥有十年丰富的经验积累
    3. 为客户选择抗体提供辅助指导,并对抗体进行质检、效价分析,提供文章发表质量的IP报告
    4. 特有的Peak calling技术
    5. 提供个性化的分析报告,可根据客户需要提供关联分析、解析目的蛋白调控机制


                      建库方法                                        技术流程

    RIP测序 | 核酸-蛋白互作研究



    分析结果展示

    RIP测序 | 核酸-蛋白互作研究

    A)IP质检结果(IP-上清:抗体免疫沉淀上清中目的蛋白检测,Input:样品裂解液中目的蛋白检测,IP:抗体富集目的蛋白检测,IgG:IgG富集目的蛋白检测);            
    B)reads在所有基因功能区域的累积分布(上)和每个基因上reads的分布情况(下),红色代表覆盖度深;
    C)Peak在基因各功能区的分布统计;
    D)reads在基因上的覆盖情况:在peak区域,IP的reads覆盖度高于input,  (横轴为基因位置,左边纵轴为覆盖度)。

     

    武汉康测科技有限公司是由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底,团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际顶刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念,与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。

    公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组(KC-DigitalRNA)、免疫组库(KC-IRQuant)、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测(KC-SMP)等4项建库技术,并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。成为中国首.家UID(UMI)绝对定量高通量测序服务平台,为广大科研工作者提供转录组(mRNA、lncRNA)/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。

     

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