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高通量测序服务—RNA免疫共沉
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锐博生物
技术简介
RNA Immunoprecipitation (RIP) 是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。
锐博生物推出RNA免疫共沉淀测序(RIP seq),将RIP技术结合新一代测序技术,应用于癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化检测。
RNA免疫共沉淀测序(RIP seq)实验原理见图1。
图1 RIP seq原理
技术特点
全转录组覆盖:与RIP芯片相比,可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定
高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究转录组上稀有的蛋白结合位点
高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点
重复性好:深度测序保证了检测随机性,可不需技术重复
服务流程
标准信息分析
1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. 测序质量评估
3. 序列比对
4. 测序reads全转录组分布图
5. 结合峰鉴定
6. 结合峰基因元件分布
7. 差异结合峰检测
8. 差异结合峰相关基因GO功能富集分析
9. 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析
定制化信息分析
1. 结合峰的motif检测
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