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锐博生物
技术简介
RNA Immunoprecipitation (RIP) 是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。
锐博生物推出RNA免疫共沉淀测序(RIP seq),将RIP技术结合新一代测序技术,应用于癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化检测。
RNA免疫共沉淀测序(RIP seq)实验原理见图1。
图1 RIP seq原理
技术特点
全转录组覆盖:与RIP芯片相比,可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定
高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究转录组上稀有的蛋白结合位点
高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点
重复性好:深度测序保证了检测随机性,可不需技术重复
服务流程

标准信息分析
1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. 测序质量评估
3. 序列比对
4. 测序reads全转录组分布图
5. 结合峰鉴定
6. 结合峰基因元件分布
7. 差异结合峰检测
8. 差异结合峰相关基因GO功能富集分析
9. 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析
定制化信息分析
1. 结合峰的motif检测
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文献和实验其序列和结构影响转录的延伸、暂停和停顿,以及发挥染色体修饰结合和增强子的作用。nascent RNA- seq方法旨在区分新近转录的RNA和其它RNAs,这些方法可以分为4类:溴尿苷(BrU)免疫共沉淀深度测序分析( BRIC-seq ),4sU-seq,瞬时转录组测序( TT-seq),代谢标记法(SLAM-seq)(图2)。
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文库峰型图 结果显示:对于不同细胞投入量( 100 个或 10,000 个细胞),均可构建出与文献中类似的呈现 Ladder 状的文库,说明该体系能够兼容低细胞起始量的实验。 B、Peak 富集 将构建好的文库使用 Hiseq X10 PE150 进行文库测序,将下机数据过滤后进行 peak calling。 图 4. 使用 TD901 构建不同细胞投入量 Peak 富集情况 (第一列为 ChIP-Seq 数据,第二列为 100 cells 数据,第三列为 10,000
类型:lncRNA、mRNA 较多研究方法:这种互作模式是 RNA-Protein,那么 ncRNA 可以和调控 DNA 的蛋白结合,也可以和细胞质内的蛋白质结合,发挥不同效应。1. CLIP-seq:鉴定与特定 RNA 结合蛋白相互作用的 RNA 分子CLIP-seq 也被称为 HITS-CLIP,是将紫外交联免疫共沉淀技术 (CLIP) 与高通量测序技术相结合的技术。大概流程为:首先通过紫外照射将细胞内的 RNA 分子与 RNA 结合蛋白进行耦联;细胞裂解,免疫共沉淀,核酸酶 (RNase
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