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T细胞受体(TCR)测序/免疫
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康测科技
T细胞受体(TCR)测序技术服务
TCRT细胞受体(T cell receptor,TCR)是T细胞表面,负责特异性识别与MHC(主要组织相容性复合体)结合的抗原肽的蛋白。当TCR与抗原肽和MHC结合时,T淋巴细胞通过信号转导被激活,进入后续的免疫应答过程。 人类基因组中有4个TCR基因:
重链TCR和轻链TCR形成异源二聚体,组成完整的TCR。在人类中存在两种TCR:TCRα/β和TCRγ/δ,其中95%的T细胞表达TCRα/β,称为αβT细胞;5%的T细胞表TCRγ/δ,称为γ/δT细胞。该比例在个体发育过程中和患病状态(例如白血病)中发生变化,物种之间也有所不同。成熟的重链TCR基因由可变区(V)、多变区(D)、连接区(J)和恒定区(C)四部分基因片段组成(VDJC),轻链TCR则缺少D区(VJC)。重链和轻链TCR都具有3个互补决定区(complementarities determining region, CDR),在抗原识别中起主要作用:
TCR基因是人类基因组中复杂度最高的基因,也是变异程度最高的基因。人外周血中大概含有2x1016~1018种表达不同的TCR的T细胞。这个复杂度主要源自3个因素:
TCR-seq常用于评价各种免疫相关疾病和遗传性突变引起的某个物种所有T细胞或特定T细胞激活介导的细胞免疫反应中TCR基因重排碱基序列,以及各序列的丰度,用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系,从而揭示更深层次的T细胞功能特异性,继而解释免疫应答机制、免疫耐受原因,免疫调节形式等相关生命现象。TCR-seqTCR-seq是为检测TCR多样性发展出来的测序技术,目前有两大主流技术:多重PCR和5' RACE。两种技术的原理如下图所示,技术优劣势如下表所示:
上述两种技术都有两个共同的问题:PCR重复引入的定量准确性问题和PCR/测序扩增引入的假阳性TCR问题。
技术优势:
服务流程
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实测结果
UMI/UID去重后,TCR reads由900万降低到200万,去除了600万由于PCR过度扩增引入的重复Reads;
UMI/UID纠错后,TCR 种类由99万降低到63万,去除了1/3的假阳性克隆
UMI/UID去重、纠错前后,TCR复杂度、种类、含量的变化
UMI/UID去重、纠错前后,对两个重复样本的检测,罕见克隆鉴定灵敏度从千分之一提高到万分之一
经测试,我们的TCR-seq检测到的TCR含量可以在10-1 ~ 10-4范围内保持线性了解更多
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