SWATH定量技术

SWATH定量技术
SWATH（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragmentions）定量技术，将整个质谱扫描质量范围分为若干窗口，依次对每个窗口的所有离子进行碎裂，采集全部子离子信息。该技术无需指定目标肽段，扫描点数均匀，利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选，同时可实现数据回溯。

应用领域：
适用于多生物样本中的蛋白质组非标定量比较，差异蛋白质的发现。

技术优点：
1.相比DDA技术的非标定量结果，定量重现性和准确度更高。
2.定量蛋白质通量高，能同时实现多达3000个蛋白质的定量。

检测仪器：
TripleTOF 5600，TripleTOF 6600

分析流程：
样品经胰酶酶切后，采用常规DDA质谱检测技术分析建立图谱库，之后采用SWATH方法进行质谱数据采集。定量数据采用Skyline，Peakview等软件处理。

可选择数据分析：

1.蛋白质/肽段鉴定及定量结果
2.差异蛋白质统计分析
3.蛋白质GO分析及差异蛋白GO富集分析
4.蛋白质Pathway通路分析及差异蛋白的
Pathway通路分析
5.多样品间表达模式聚类分析（适用于样
本数≥3的项目）

样品要求:
蛋白提取物：≥50 μg
细胞：≥10⁶
组织：动物组织≥1 mg,植物组织≥10 mg
体液：血清≥5μL，脑脊液≥10μL






参考文献：

1. Collins B C, Gillet L C, Rosenberger G, et al. Quantifying protein interaction dynamics by SWATH mass spectrometry: application to the 14-3-3 system[J]. Nature methods, 2013, 10(12): 1246-1253.
2. Röst H L, Rosenberger G, Navarro P, et al. OpenSWATH enables automated, targeted analysis of data-independent acquisition MS data[J]. Nature biotechnology, 2014, 32(3): 219-223.
3. Selevsek N, Chang C Y, Gillet L C, et al. Reproducible and Consistent Quantification of the Saccharomyces cerevisiae Proteome by SWATH-mass spectrometry[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2015, 14(3): 739-749.
4. Schubert O T, Gillet L C, Collins B C, et al. Building high-quality assay libraries for targeted analysis of SWATH MS data[J]. Nature protocols, 2015, 10(3): 426-441.