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蛋白质表达规模化鉴定-针对2D胶粒的MALDI-TOF/TOF质谱鉴定
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北京蛋白质组研究中心生物质谱实验室
通过MALDI-TOF/TOF串联质谱实现高通量、高灵敏度的蛋白质鉴定,核心流程包括2D胶分离、胶内酶解、PMF与MS/MS分析及数据库比对。
核心要点
- 利用基质辅助激光解吸电离将样品离子化,通过飞行时间质谱检测离子质荷比
- 串联质谱设计能同时获取肽质量指纹图谱和肽段碎片分析,提高序列解析能力
- 可一次性处理多达96个胶点样本,最低检测限达飞摩尔级别
- 适用于差异蛋白质组学、蛋白质修饰解析及生物标志物发现

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文献和实验基于质谱的蛋白质鉴定,第6节:MALDI-TOF-MS蛋白和肽样品的制备
MALDI-TOF-MS最初用于等分试样(1μL或更少)样品的质谱鉴定,用于检查肽的纯度或PMF。大批量的样品测定,往往使用Edman降解法测序或ESI-MS,如四极(Q)-TOF-MS 质谱。做出以上选择的原因,主要是因为MALDI技术进行分析,上样量不能超过0.5μL。这种样品制备方法极大地限制了MALDI技术检测的整体灵敏度,并且还限制了可以分析的肽浓度,因为肽和基质共结晶过程的质量对于检测的灵敏度和准确性都非常重要。MALDI技术通常将等体积的样品和MALDI基质溶液混合,将肽混合
包,这些软件包覆盖了部分或所有上述功能,值得推荐的有: TYCHO(Anderson等, 1981)、ELSIE(Olson和Miller,1988)、GELLAB(Lemkin,Wu和Upton,1993)、PDQUEST(Monardo等,1994)、Z3(Smilansky,2001)和Melanie(Appel等,1997a,b)。 经典的基于凝胶的方法 下一个步骤就是利用质谱鉴定蛋白质。将目标蛋白质斑点从2D―PAGE胶上切离,然后经内切蛋白酶解消化(最常
-MS/MSCapLC –nanospray Mass accuracy Resolution > 10000 Sensitivity: fmol Q-Tof Micro 蛋白质组研究整体技术的特点规模化 高通量 自动化 蛋白质组表达谱研究的技术要求高分辨率 高灵敏度蛋白质组研究的基本技术 计算机技术à分离/鉴定à…… 2DE-MS/MS-MS 生产线 (一)2D-Gel分离系统,大规模染/脱色盘,摇床,扫描系统、切胶系统,自动酶切/点靶仪, 自动化串联测序系统, 自动切胶仪, 自动化酶切点靶









