临床相关性分析
评估ESM1在胃癌组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。
利用GEO数据库和台湾队列的组织芯片进行表达和生存分析。
ESM1 facilitates the EGFR/HER3-triggered epithelial-to-mesenchymal transition and progression of gastric cancer via modulating interplay between Akt and angiopoietin-2 signaling.
包含细胞功能实验、PDO模型、异种移植模型及临床样本分析等多个独立证据层级,并明确验证了分子机制。
GC细胞系(AGS、KATO-III、N87、MKN45) 患者来源类器官(PDO)F014-BL和F012 NCI-N87异种移植小鼠模型 胃癌患者组织样本(台湾队列,n=93)
细胞系来源和培养条件(RPMI 1640,10% FBS) ESM1过表达或敲低构建体及shRNA靶序列 PDO培养条件(Matrigel,生长因子组合) 异种移植模型:NCI-N87细胞皮下注射NOD-SCID小鼠,肿瘤体积测量每周一次,28天后取材 统计分析方法(t检验、卡方检验、Kaplan-Meier分析)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ESM1在胃癌组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。
利用GEO数据库和台湾队列的组织芯片进行表达和生存分析。
验证ESM1对胃癌细胞增殖、集落形成、迁移、侵袭和失巢凋亡抗性的影响。
在AGS、KATO-III、MKN45和N87细胞中过表达或敲低ESM1,进行CCK-8、集落形成、Transwell和失巢凋亡实验。
在患者来源类器官中验证ESM1对肿瘤生长的影响。
在F014-BL和F012 PDOs中敲低ESM1,测量类器官生长数量。
验证分泌型ESM1在体内肿瘤生长中的必要性。
将表达WT-ESM1或19del-ESM1的NCI-N87细胞皮下植入NOD-SCID小鼠,监测肿瘤生长。
阐明ESM1调控EGFR/HER3-Akt/ANGPT2通路的机制。
通过Western blot、免疫共沉淀和抑制剂处理检测信号通路变化。
评估ESM1肽段(肽1和肽2)对ESM1诱导的致癌信号和细胞运动性的抑制作用。
AGS细胞感染WT-ESM1后,用合成肽处理,检测信号蛋白和迁移能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco-BRL | -- |
| 青霉素-链霉素-谷氨酰胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco-BRL | -- | |
| 蛋白质印迹 | 抗-endocan抗体 | Lunginnov | LIA-1001 |
| 抗磷酸化EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | #3777 | |
| 抗磷酸化Akt抗体 | Cell Signaling Technology | #9271 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling Technology | #4370 | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | #9145 | |
| 抗EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | #2239 | |
| 抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | #9272 | |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | #9139 | |
| 抗ERK抗体 | Cell Signaling Technology | #4695 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | #3195 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | #5741 | |
| 抗Snail抗体 | Cell Signaling Technology | #3879 | |
| 抗Slug抗体 | Cell Signaling Technology | #9585 | |
| 抗磷酸化HER3抗体 | Cell Signaling Technology | #2842 | |
| 抗HER3抗体 | Cell Signaling Technology | #12708 | |
| 抗血管生成素-2抗体 | Bioss | bs-0677R-TR | |
| 抗磷酸化HER3抗体 | Bioss | bs-3491R | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | #66031-1-Ig | |
| 增强化学发光试剂 | Millipore | -- | |
| 斑点印迹 | 硝酸纤维素膜 | -- | -- |
| 96孔斑点印迹仪 | BIOMAN Scientific | GFE9600 | |
| 细胞增殖 | 细胞计数试剂盒-8 | Sigma-Aldrich | -- |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 失巢凋亡 | 超低吸附24孔板 | Corning Costar | -- |
| 迁移/侵袭 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 594标记的鬼笔环肽 | ThermoFisher Scientific | -- |
| 含DAPI的封片剂 | -- | -- | |
| 蔡司Axiophot荧光显微镜 | Carl Zeiss Microimaging | -- | |
| 类器官培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 重组表皮生长因子 | -- | -- | |
| Noggin蛋白 | -- | -- | |
| R-Spondin 1蛋白 | -- | -- | |
| 胃泌素 | -- | -- | |
| 重组成纤维细胞生长因子-10 | -- | -- | |
| 重组碱性成纤维细胞生长因子 | -- | -- | |
| 重组Wnt-3A蛋白 | -- | -- | |
| 前列腺素E2 | -- | -- | |
| Y-27632抑制剂 | -- | -- | |
| 烟酰胺 | -- | -- | |
| A83-01抑制剂 | -- | -- | |
| SB202190抑制剂 | -- | -- | |
| 慢病毒包装 | pWPI载体 | -- | -- |
| pCMVDR8.91包装质粒 | -- | -- | |
| pMD.G包膜质粒 | -- | -- | |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 免疫组织化学 | 抗ESM1抗体 | -- | H00011082-M02 |
| 抗ANGPT2抗体 | Bioss | bs-0677R | |
| 抗Snail + Slug抗体 | Abcam | ab85936 | |
| 抗Ki67抗体 | Cell Signaling Technology | 9027S | |
| Novolink聚合物检测系统试剂盒 | Leica Biosystems | -- | |
| 类器官病毒感染 | TransDux™转导增强剂 | System Biosciences | -- |
| 治疗 | MK-2206抑制剂 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基(RPMI 1640)、血清浓度(10% FBS)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell lines and cell culture |
| 基因操作 | ESM1过表达载体(pWPI-ESM1)、shRNA靶序列(sh-ESM1-1, sh-ESM1-2, shANGPT2)、慢病毒包装质粒(pCMVDR8.91, pMD.G)、感染条件(polybrene 8 μg/ml) 阅读提示:Methods: DNA construct establishment and lentiviral production and infection |
| PDO培养 | 类器官培养基成分(EGF、Noggin等)、Matrigel用量、接种密度((2.5~3)×10^5 cells/well)、培养时间(10-14天) 阅读提示:Methods: 3D organoid culture |
| 体内实验 | 细胞系(NCI-N87)、细胞量(10^6)、小鼠品系(NOD-SCID)、周龄(6-8周)、接种方式(皮下)、肿瘤测量(每周)、实验周期(28天) 阅读提示:Methods: Tumor xenograft model |
| 治疗肽处理 | 肽1(1-27aa)和肽2(26-46aa)的浓度(1 μM)、处理时间 阅读提示:Results: Targeting ESM1-drived EGFR/HER3 activation by therapeutic peptides inhibited the Akt-triggered EMT and motility of GC cells (Figure 6E, F) |