药物筛选
筛选能够上调骨肉瘤细胞MHC I表达的临床常用药物。
在K7M2和143B细胞中检测12种药物的细胞毒性并计算IC50,以IC50浓度处理24小时后,通过流式检测MHC I表达。
Etoposide activates CD8+ T cell anti-tumor immunity in osteosarcoma through MHC I upregulation via tumor-secreted IL-33 mediated signaling
包含体外细胞实验、体内小鼠模型(同系移植、复发、肺转移)、患者样本分析及RNA-seq和ChIP-seq等机制验证。
K7M2小鼠骨肉瘤细胞 143B人骨肉瘤细胞 K7M2同系移植瘤BALB/c小鼠模型 骨肉瘤患者外周血单个核细胞
药物筛选:评估12种临床常用药物在IC50剂量下处理24小时对MHC I表达的影响。 CD8+ T细胞毒性测定:K7M2与活化CD8+ T细胞共培养24小时,检测K7M2凋亡。 MHC I阻断:使用InVivoMAb抗小鼠MHC I类(H-2)抗体在依托泊苷处理前2小时加入。 IL-33中和:使用抗IL-33抗体(200 ng/mL)在依托泊苷处理前2小时加入。 动物模型:K7M2同系移植模型,依托泊苷8 mg/kg腹腔注射每2天一次。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选能够上调骨肉瘤细胞MHC I表达的临床常用药物。
在K7M2和143B细胞中检测12种药物的细胞毒性并计算IC50,以IC50浓度处理24小时后,通过流式检测MHC I表达。
验证依托泊苷预处理的肿瘤细胞是否通过MHC I上调增强CD8+ T细胞的杀伤能力。
将依托泊苷预处理的K7M2细胞(部分加入MHC I阻断抗体)与活化的CD8+ T细胞共培养,检测肿瘤细胞凋亡率。
评估依托泊苷单独或联合抗PD-1抗体对骨肉瘤生长、免疫微环境和转移的影响。
在BALB/c小鼠胫骨内接种K7M2细胞建立同系移植模型,给予依托泊苷、抗PD-1抗体、CD8+ T细胞清除或IL-33中和等处理,监测肿瘤生长,并通过流式分析肿瘤浸润免疫细胞。
揭示依托泊苷诱导MHC I上调的分子机制。
从K7M2荷瘤小鼠中分选T细胞和非免疫细胞进行RNA-seq,鉴定差异表达细胞因子;随后通过Western blot、ChIP-seq和siRNA敲降实验验证IL-33-ST2-NF-κB通路的作用。
验证依托泊苷与抗PD-1联合治疗的长期疗效及临床转化潜力。
建立术后复发模型和肺转移模型,评估联合治疗对肿瘤复发和转移的影响;并分析一名接受依托泊苷联合替雷利珠单抗治疗的骨肉瘤患者的PBMC中CD8+ T细胞功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | WISENT | 085-450 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| PBMC分离 | Ficoll-Paque PLUS密度梯度培养基 | Cytiva | 17144002 |
| 药物处理 | 依托泊苷 | Selleck | S1225 |
| 吉西他滨 | Selleck | S1714 | |
| 甲氨蝶呤 | Selleck | S1210 | |
| 拓扑替康 | Selleck | S9321 | |
| 帕唑帕尼 | Selleck | S3012 | |
| 瑞戈非尼 | Selleck | S1178 | |
| 索拉非尼 | Selleck | S7397 | |
| 雷帕霉素 | Selleck | S1039 | |
| 依维莫司 | Selleck | S1120 | |
| 卡博替尼 | Selleck | S1119 | |
| 细胞活力测定 | CCK-8试剂盒 | NCM | C6005 |
| SpectraMax M3酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| CD8+ T细胞分离 | EasySep小鼠初始CD8+ T细胞分选试剂盒 | STEMCELL | 19858 |
| CD8+ T细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| CD8+ T细胞活化 | Ultra-LEAF纯化抗小鼠CD3ε抗体 | BioLegend | 100340 |
| Ultra-LEAF纯化抗小鼠CD28抗体 | BioLegend | 102116 | |
| 小鼠IL-2重组蛋白 | PeproTech | 212-12 | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/7-AAD凋亡检测试剂盒 | YEASEN | 40 |
| 流式分析 | 无酶细胞解离缓冲液 | Gibco | 13151014 |
| 纯化抗小鼠CD16/32抗体 | BioLegend | 101302 | |
| PE抗小鼠H-2Kd抗体 | BioLegend | 116607 | |
| PE小鼠IgG2a, κ同型对照抗体 | BioLegend | 400211 | |
| PE抗小鼠IL-33Rα抗体 | BioLegend | 145303 | |
| PE大鼠IgG2a, κ同型对照抗体 | BioLegend | 400507 | |
| 人Fc受体阻断溶液 | BioLegend | 422301 | |
| PE抗人HLA-A,B,C抗体 | BioLegend | 311405 | |
| PE小鼠IgG2a, κ同型对照抗体 | BioLegend | 400213 | |
| C6 Plus流式细胞仪 | BD | -- | |
| LSRFortessa流式细胞仪 | BD | -- | |
| 肿瘤浸润细胞分离 | IV型胶原酶 | Gibco | 17104019 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Invitrogen | 18047019 | |
| 70 µm细胞筛网 | Beyotime | FSTR072 | |
| 红细胞裂解液 | Beyotime | C3702 | |
| 流式分析 | FITC抗小鼠CD45抗体 | BioLegend | 103107 |
| PerCP/Cyanine5.5抗小鼠CD3抗体 | BioLegend | 100217 | |
| APC抗小鼠CD4抗体 | BioLegend | 100411 | |
| PE抗小鼠CD8b抗体 | BioLegend | 126607 | |
| 细胞活化混合物(含布雷菲德菌素A) | BioLegend | 423303 | |
| APC抗小鼠CD3抗体 | BioLegend | 100235 | |
| 细胞内固定和透化缓冲液 | eBioscience | 88-8823-88 | |
| Pacific Blue抗小鼠穿孔素抗体 | BioLegend | 154311 | |
| Alexa Fluor 700抗小鼠IFN-γ抗体 | BioLegend | 505823 | |
| PerCP抗人/小鼠颗粒酶B重组抗体 | BioLegend | 396415 | |
| Brilliant Violet 605抗小鼠TNF-α抗体 | BioLegend | 506329 | |
| 流式分析(人样本) | FITC抗人CD3抗体 | BioLegend | 317305 |
| APC抗人CD4抗体 | BioLegend | 300514 | |
| PE抗人CD8抗体 | BioLegend | 344705 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Beyotime | R0016 |
| RNA-seq | Agilent Bioanalyzer 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| Qubit 3.0荧光计 | Life Technologies | -- | |
| Nanodrop One分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| RT-PCR | HiScript III一步法RT SuperMix(qPCR用) | Vazyme | R333-01 |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-03 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Beyotime | P1050 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| SDS-PAGE上样缓冲液 | Beyotime | P0015 | |
| SDS-PAGE凝胶 | Epizyme | PG112 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | IPFL00010 | |
| ChemiDoc Touch成像系统 | BIO-RAD | -- | |
| IL-33多克隆抗体 | Proteintech | 12372-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8226 | |
| NF-κB p65兔单克隆抗体 | CST | 8242 | |
| 磷酸化NF-κB p65兔单克隆抗体 | CST | 3033 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00001-2 | |
| siRNA转染 | Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985070 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000075 | |
| 体内实验(PBS) | 磷酸盐缓冲液 | Biotend | RE100001 |
| 体内实验(CD8清除) | 抗小鼠CD8α抗体(体内用) | Selleck | A2102 |
| 体内实验(同型对照) | 大鼠IgG2b同型对照(体内用) | Selleck | A2116 |
| 体内实验(抗PD-1) | InVivoMab抗小鼠PD-1抗体 | BioXCell | BE0146 |
| 体内实验(抗IL-33) | 小鼠IL-33抗体 | R&D | AF3626 |
| 体内实验(IL-33处理) | 小鼠IL-33重组蛋白 | PeproTech | 210-33 |
| 机制验证(NF-κB抑制) | BAY 11-7082 | MCE | HY-13453 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 药物筛选 | 药物种类、浓度(IC50)、处理时间(24小时)、检测方法(FACS) 阅读提示:Methods: Cell viability assay and drugs screening, Figure 1D-G |
| CD8+ T细胞毒性测定 | T细胞分离和活化条件(anti-CD3/anti-CD28、IL-2浓度、活化时间)、效应细胞与靶细胞比例(1:1)、共培养时间(24小时)、MHC I阻断抗体的浓度和时间 阅读提示:Methods: CD8+ T cell cytotoxicity assay, Figure 2C-D |
| 体内同系移植模型 | 小鼠品系(BALB/c)、细胞系(K7M2)、接种数量和途径、给药方案(依托泊苷8 mg/kg i.p.每2天;抗PD-1 10 mg/kg i.p.每3天;CD8清除100 μg/只每4天;抗IL-33 2 μg/只静脉注射每3天) 阅读提示:Methods: Mice and in vivo treatments, Figure 1H-I, 2E, 3H |
| 机制验证(IL-33/ST2/NF-κB) | IL-33中和抗体浓度(200 ng/mL)、NF-κB抑制剂浓度(10 μM)、ST2 siRNA敲降效率、ChIP-seq所用p65抗体 阅读提示:Methods: FACS analysis, Transient degradation small interfering RNA delivery, Chromatin immunoprecipitation sequencing analysis, Figure 4 |
| 联合治疗与临床样本 | 复发模型和肺转移模型的建立方法、临床患者治疗方案(依托泊苷500 mg/m2, 替雷利珠单抗200 mg Q28D)、PBMC分离和CD8+ T细胞功能检测的流式抗体、样本量(n=3) 阅读提示:Methods: Study cohort and human samples, FACS analysis, Figure 5, 6 |