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单核RNA测序和网络药理学揭示了非瑟酮对阿尔茨海默病神经炎症的介导作用

南亚血统人群血脂异常和心血管疾病的蛋白质靶点的鉴定：孟德尔随机化研究

转录组测序揭示祛湿育发汤通过上调FOXN1和TGM3促进毛周期和角化治疗雄激素性脱发

通过转录组和单细胞转录组学鉴定膀胱癌中与乳酸化相关的免疫和代谢调节剂

空间转录组+机器学习+免疫相关基因预后升级思路，同步解决论文与课题需求！

细胞死亡是细胞生命活动中不可缺失的一环，也是生命体维持生理功能的必要环节。细胞铁死亡（Ferroptosis）是一种铁依赖性的、受程序性调控的细胞死亡形式，其在形态学和分子调控机制的特征上均有别于细胞凋亡、坏死及自噬等其他细胞死亡方式。

三聚氰胺(MA)作为一种广泛使用的有机化合物，存在于塑料制品、食品包装和餐具等多种日常用品中。在制造过程中，未纯化的MA产品可能被其结构类似物氰尿酸(CA)污染。MA和CA单独摄入时毒性较低，但联合暴露(MC)会显著加剧肾脏毒性。MC主要通过饮食和环境因素持续暴露于人体，主要靶向肾脏，因其低溶解性和快速清除特性导致毒性损伤。尽管已有研究，但MC诱导肾损伤的潜在机制仍不清楚，需要进一步研究其致病途径。

腹泻型肠易激综合征（IBS-D）全球成人患病率约4–10%，以腹痛、腹泻、内脏高敏为特征，目前病因未明、治疗靶点缺乏。肠神经系统（ENS）兴奋-抑制神经元失衡导致胃肠动力异常，而肌球蛋白Va（MYO5A）在神经递质囊泡运输中起关键作用。广藿香醇（PA）是经典药食同源中药广藿香的活性成分，临床可缓解IBS-D症状，但其作用机制尚不清楚。

本文通过血清化学成分分析预测瓜蒌中的潜在活性成分，利用网络药理学和分子对接技术预测作用靶点及通路，并通过体内外实验验证其药理作用，最后采用表面等离子共振（SPR）技术确定关键作用靶点，系统阐明瓜蒌对COPD的药理基础及作用机制。

在自我测试的单细胞RNA测序数据集上对TME内的不同细胞类型进行全面分析，该数据集包含9例TNBC初治患者，包括亚簇分类、CellChat算法、转录因子（TFs）表达、伪时间分析和功能富集测定。通过拷贝数变异分析证实恶性上皮簇，随后进行LASSO-Cox回归，以5个关键基因为基础建立恶性细胞指数（MCI）模型，该模型通过Kaplan-Meier生存和免疫治疗反应分析在多个TNBC队列中得到验证。利用空间转录组、蛋白质组数据和qRT-PCR、western blotting实验来证实RNA和蛋白质水平的UQCRFS1表达。此外，还实施了功能实验以揭示UQCRFS1对TNBC细胞的影响

题目：通过网络药理学整合研究槲皮素通过抑制AKT在多囊卵巢综合征和子宫内膜癌共表达基因中的作用机制 英文名：Integrating network pharmacology to investigate the mechanism of quercetin's action through AKT inhibition in co-expressed genes associated with polycystic ovary syndrome and endometrial cancer 杂志：International Journal of Biological Macromolecules 影响因子：8.5 发表时间：2025年1月5日 研究背景：子宫内膜癌（EC）是女性常见恶性肿瘤，多囊卵巢综合征（PCOS）是其重要风险因素。槲皮素对PCOS和EC有潜在治疗效果，但具体分子靶点不明。本研究旨在通过网络药理学、分子动力学模拟和体外实验，阐明槲皮素治疗PCOS-EC的潜力。 研究思路：通过数据库检索PCOS和EC相关靶点，与槲皮素靶点取交集，经GO富集分析、KEGG通路分析、PPI网络分析等锁定关键靶点，再经分子对接、动力学模拟及细胞实验验证，揭示槲皮素作用机制。 图1 研究结果： 1、PCOS与EC共表达基因的景观 通过数据库鉴定了与PCOS和EC相关的潜在靶基因（图2A和B）。维恩图显示379个基因同时与PCOS和EC相关（图2C）。GO分析表明这些基因在生物过程（BP）、细胞成分（CC）和分子功能（MF）类别中富集。值得注意的是，最显著富集的BP术语是“对内源性刺激的反应”，CC类别中显著富集于“细胞外空间”，MF类别中显著富集于“信号受体结合”（图2D）。KEGG通路分析显示最显著的通路是“癌症中的microRNA”（图2E，表S5）。通过STRING数据库构建了共表达基因的PPI网络（图2F）。使用Cytoscape的CytoHubba插件中的Degree、EPC、MCC和MNC四种算法分析，确定了六个核心基因靶点：AKT1、ALB、IL6、INS、TNF和STAT3（图2G和H）。 图2 2、槲皮素与PCOS-EC共有潜在靶基因的网络药理学分析 槲皮素的二维和三维结构如图3A所示。通过数据库鉴定了361个潜在的槲皮素靶基因（图3B）。这些基因功能多样，许多与人类疾病相关（图3C）。维恩图分析显示47个基因同时与槲皮素和PCOS-EC相关（图3D）。这些基因涉及2714条生物通路，包括2512条GO和202条KEGG通路。GO分析显示BP类别2097个术语、CC类别128个术语、MF类别287个术语。通过弦图可视化BP、CC和MF类别中前10个富集术语，发现槲皮素相关基因主要与BP中的“细胞对化学刺激的反应”、CC中的“细胞质”和MF中的“酶结合”相关（图3E）。KEGG通路分析显示最显著的通路是“内分泌抵抗”（图3F）。使用Cytoscape构建了共有靶基因、前20个BP、20个CC、20个MF和前20个KEGG通路的相互作用网络（图3G）。 图3 3、槲皮素与PCOS-EC共有hub基因的鉴定 使用STRING数据库构建PPI网络并通过Cytoscape分析（图4A）。利用MCODE插件进行功能分析，鉴定出高度互联的基因簇，确定了前22个hub基因（图4B）。通过CytoHubba插件的Degree、EPC、MCC和MNC算法筛选出前10个hub基因（图4C）。UpSet图显示六个hub基因（ACTB、AKT1、ESR1、EGFR、PTGS2和TP53）被四种算法一致识别（图4D）。 图4 4、EC中hub基因的基因组变化、表达及预后相关性分析 为评估EC相关hub基因的潜在遗传修饰，分析了DNA拷贝数变异（CNVs）和单核苷酸变异（SNVs）。遗传改变主要为突变和扩增（图5A和B）。通过UALCAN数据库评估关键hub基因在EC中的mRNA表达水平，结果显示AKT1和TP53在EC中表达升高，而ACTB、ESR1、EGFR和PTGS2表达降低（图5C）。生存分析表明，ESR1、PTGS2和TP53的高表达与EC患者总生存期改善相关，而ACTB高表达与不良预后相关（图5D）。 图5 5、槲皮素与潜在靶点相互作用的分子对接验证 分子对接结果显示槲皮素与六个hub基因均有高亲和力结合，结合能分别为：ACTB-8.9kcal/mol、AKT1-9.9kcal/mol、EGFR-8.4kcal/mol、ESR1-7.3kcal/mol、PTGS2-9.0kcal/mol、TP53-6.3kcal/mol（图6A-F）。其中AKT1的结合亲和力最高（图6B）。分子间相互作用分析表明，槲皮素主要通过非共价键（如传统氢键、碳氢键和π-烷基相互作用）与靶蛋白结合（图6A-F）。 图6 6、分子动力学模拟（MDS）验证结合能力 通过GROMACS进行100ns全原子MDS，分析蛋白结构灵活性和槲皮素-蛋白复合物稳定性。模拟结果显示，所有hub基因的RMSD曲线波动较小，表明结构稳定（图7A）。RMSF值反映了特定残基的柔性变化（图7B）。氢键分析显示槲皮素复合物中存在稳定的氢键（图7C）。ΔGMMGBSA值表明槲皮素-蛋白复合物的自由能较低（图7D，表S8）。Rg值显示复合物在模拟期间波动极小，分子内部相互作用稳定（图7E）。自由能景观图显示明显的能量最低点，进一步验证了复合物的稳定性（图7F-G）。总体而言，槲皮素与所有hub基因的复合物均表现出良好的动力学特性。 图7 7、槲皮素对EC细胞增殖的影响 通过CCK-8实验测定槲皮素对Ishikawa和RL95-2细胞的半数抑制浓度（IC50），分别为63.32μM和42.21μM（图8A）。CCK-8增殖实验显示槲皮素以剂量依赖方式抑制两种细胞的增殖（图8B）。克隆形成实验进一步证实槲皮素显著降低EC细胞的克隆形成能力（图8C）。通过GO注释、KEGG通路与共有hub基因的交集分析，确定AKT1为唯一共享基因（图8D）。Western blot验证显示，槲皮素处理后EC细胞中AKT表达显著下调（图8E）。 图8 总结：本研究通过网络药理学等多手段，发现槲皮素在PCOS-EC治疗中与ACTB、AKT1等6个核心靶点高亲和力结合，尤其对AKT1抑制显著，为开发PCOS-EC治疗策略提供理论基础。星生物深耕生信分析十余载，有丰富的实验方案、完善的下游验证、机制研究服务，一对一专属服务为您排忧解难，助您轻松应对毕业和晋升！

透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是一种常见的泌尿生殖系统恶性肿瘤，具有异质性。干性是肿瘤进展、复发和转移的关键因素，但其对ccRCC预后的影响尚不明确。长非编码RNA（lncRNA）可调控基因表达，与ccRCC的增殖、凋亡等过程有关，但干性相关lncRNA（SRlncRNA）在ccRCC中的表达和作用尚不清楚。

胰腺导管腺癌（PDAC）是高度侵袭性的消化道恶性肿瘤，虽仅占所有癌症的3%，却为美国癌症相关死亡的第三大原因。程序性细胞死亡（如铁死亡、坏死性凋亡等）在PDAC应激条件下的发展中起重要作用，而双硫死亡作为一种代谢相关的程序性细胞死亡，在PDAC中的作用及调控机制尚不明确。lncRNA CASC8在PDAC代谢和双硫死亡中的功能及分子机制也有待阐明。

肾细胞癌（RCC）是起源于肾上皮的常见癌症，其中透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是最主要的组织学亚型，约占所有病例的75%。ccRCC患者的预后通常较差。铁死亡是一种氧化、铁依赖的细胞死亡形式，其特征是脂质过氧化。针对铁死亡的治疗可能为抵抗现有治疗的癌细胞提供新的治疗策略。目前，铁死亡相关基因对ccRCC患者预后的影响尚不完全清楚。

结直肠癌（CRC）发病率和死亡率高，现有治疗手段副作用显著。甘草在抗癌中具潜力，但其抗CRC的关键活性成分及机制尚不明确，亟需系统研究。

钩吻素己（Gelsenicine）是钩吻属植物中毒性最强的成分，兼具多种药理活性与强效神经毒性，常因误服导致中毒事件，但其神经毒性分子机制尚未明确。当前研究缺乏对其毒性通路和关键靶点的系统解析，限制了临床诊断与风险评估。

劳力性热射病（EHS）是由高温环境引发的致命疾病，可导致多器官损伤。清舒益气汤（QSYQD）是一种清热补气、保护肠道功能的中药复方，但其防治EHS的机制尚未明确。

胶质母细胞瘤（GBM）预后差且易对替莫唑胺（TMZ）产生耐药性。细胞衰老在肿瘤中的双重作用（促进免疫清除或肿瘤进展）机制尚不明确，且基于衰老相关基因的预后模型及耐药机制需进一步探索。

胃癌（GC）是一种预后较差且缺乏有效治疗方法的常见恶性肿瘤。神清胃肠方（SQWCF）是一种用于治疗胃癌的专利中药方剂，但其疗效和作用机制尚不明确。本研究旨在探讨SQWCF治疗胃癌的疗效及其潜在机制。

子宫内膜癌（EC）是全球女性第四大常见癌症，发病率和死亡率逐年上升，晚期患者预后差。已知风险因素包括肥胖、生殖因素、遗传变异（如Lynch综合征）等，但具体发病机制仍不明确。KIF11作为驱动蛋白家族成员，在细胞周期调控中起关键作用，且在多种癌症中异常表达，但其在子宫内膜癌中的作用尚未明确。本研究旨在通过生物信息学、机器学习和实验验证，探索KIF11在EC中的预后价值、生物学功能及靶向治疗潜力