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        单细胞×空间组学实操与应用(肿瘤篇)

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        10x Xenium 原位检测收样标准
        物种类型人,小鼠。样品质检要求及运输Xenium 正式实验前需要进行 RNA 质检和普通 H&E 染色质检,质检标准如下:RNA 质检标准:FFPE 样本:DV200>30%;RNA 浓度≥20ng/μL。OCT 包埋样本:RIN>4;RNA 浓度≥20ng/μL。H&E 染色质检标准:组织形态、切片完整;样本区域及切片不存在脱片等风险;细胞核相对致密。运输条件:FFPE 样本:4℃ 低温运
        时空转录组 FFPE 样本收样标准
        物种来源适用于常见动物物种,主要适用于人类病理样本,另外包括但不限于鼠、猴、猪等样本。样品要求及运输条件样本要求:蜡块制作可参考各医院病理科制作蜡块的流程,要求脱水充分、浸蜡充分,切片可连续成片、无裂痕和空腔(组织本身自带除外),样本切片过程中不会与外部包埋的蜡分离;组织尺寸不应超过 0.9 cm×0.9 cm×2 cm(芯片大小为 1 cm×1 cm 时),组织切片/芯片面积不应超过 80%;R
        空间转录组产品收样标准(10x Genomics)
        一、Visium HD 3’样本收样标准物种来源全物种样品要求及运输条件样本置于 80℃ 保存,干冰运输。注:为保证组织结构的完整性,防止储存或运输过程中的组织形态改变,请客户按以下步骤处理样本后送样。送样请至少提前 24 小时告知。新鲜冷冻组织1)在金属烧杯中加入三分之二的异戊烷 (使得样本足以完全浸入液体中),然后放入液氮容器中,液氮与异戊烷的液面相平以便使其充分接触预冷。孵育 15 min。
        10x Genomics 单细胞测序收样标准
        物种来源人、小鼠(其他物种请于实验前沟通)送样方式送样请至少提前 24 小时告知。需要流式分选的至少提前 48 小时告知。本地客户组织样本:表 1. 组织样本表样本类型新鲜组织组织样本大小至少 250 mm3处理方式用 1640 培养基、PBS 缓冲液或生理盐水清洗 2-3 遍,客户也可以根据自己组织的情况,选择适宜培养基清洗。对于肿瘤等不易沾染血液的组织也可以不清洗。保存方式离体后 30 min
        外周血 PBMC 单细胞悬液制备
        1)用移液器吸取 4 mL HISTOPAQUE®-1077 到 15 mL 离心管内,室温平衡至少 15 min。2)外周血恢复至室温后,吸取 4 mL 外周血,小心缓慢地加入到装有淋巴细胞分离液的 15 mL 离心管内,25℃,400 x g 离心 30 min。3)小心取出离心管,此时离心管内液体分为三层,上层为血浆,中间层为分层液,底层为红细胞,在上、中层液体界面处可见到乳白色混浊的单个核
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