空间转录组产品收样标准（10x Genomics）

一、Visium HD 3’样本收样标准

物种来源

全物种

样品要求及运输条件

样本置于 80℃ 保存，干冰运输。

注：为保证组织结构的完整性，防止储存或运输过程中的组织形态改变，请客户按以下步骤处理样本后送样。送样请至少提前 24 小时告知。

新鲜冷冻组织

1）在金属烧杯中加入三分之二的异戊烷 (使得样本足以完全浸入液体中)，然后放入液氮容器中，液氮与异戊烷的液面相平以便使其充分接触预冷。孵育 15 min。实例图如下：

图 1. 新鲜组织接触液氮与异戊烷的液面图

2）将实验室擦拭布卷起来，从组织表面吸收多余的血液或其他液体，以防止冰晶的形成。

（注：组织表面的液体一定要擦干）

3）取得的新鲜样品立即用镊子或抹刀放入异戊烷，直到完全浸入液面中。将组织浸泡 1 min 或完全冷冻。时间根据组织类型和大小而有所不同。

4）一旦冷冻，将组织转移到一个预冷的 WHEATON CryoELITE 低温冷冻瓶中并放置在干冰上。

或者可以选择以下速冻保存方案：

1）将动物组织样本（保证每份样本湿重＞100 mg）放入盛有预冷的 PBS 的培养皿中，反复润洗以去除组织表面的筋膜和血块。最后用干净纱布或吸水纸吸干液体（防止液体在组织表面形成冰晶），注意操作迅速，全程保持在冰上操作。

2）将动物组织样本放入事先做好标记的冻存管（管壁与管盖上都做好标记），立即投入液氮速冻 2 min 以上，随后可置于-80℃ 短暂保存（1 周内）。

3）将装有样本的冻存管转移至液氮中长期保存，并记录相应样本信息和冻存位置信息。

4）运输：建议置于干冰环境中维持冷冻运输（-78℃），寄送前请先预估运输时间，确保运输过程中保留有足够干冰，运输过程中注意做好缓冲保护。

注意事项：

• 组织不应直接置于液氮中，因为温差可能导致组织表面沸腾，导致鼓泡和不均匀冻结。这可能会造成组织破裂和形态损伤。
• 可用锡箔纸包裹组织放入冷冻瓶，并放入棉花填充瓶子空隙以防止运输过程中的震动造成样本损坏，注意棉花填充适量，不要挤压到样本。
• 为了防止组织样本的蒸发和脱水，速冻组织样本必须储存在密封的容器中。

OCT 包埋冷冻组织

1）取新鲜组织，用实验室擦拭布从组织表面吸收多余的血液或其他液体，以防止冰晶的形成。（注：组织表面的液体一定要擦干）

2）将新鲜组织置于有盖培养皿中，在室温下用 OCT 小心地将新鲜组织样本覆盖，确认组织表面没有气泡。（注：OCT 包埋时避免出现气泡）

3）使用镊子，将覆盖 OCT 的组织放入适当大小的冷冻容器中。标记冷冻模具以标记组织的方向。

4）用额外的 OCT 填充冷冻模具，确保组织被完全覆盖。确认没有气泡，特别是在组织附近。

5）用镊子将含有包埋组织的冷冻模具放入异戊烷中，但不要完全浸入。保持低温与异戊烷接触，直到 OCT 固化变白。如果没有异戊烷和液氮，可以使用干冰粉末或在干冰中冷冻的金属块作为替代。

6）冷冻后，将冰冻好的模具放在干冰上。将冷冻的组织埋入密封容器中，标记好组织方向。在-80℃ 或液氮下长期保存。

图 2. 冰冻组织的包埋和 OCT 组织块的修裁图

注意事项：

• OCT 包埋过程中需要拍照留存，保证我们后续切片可以知晓组织大小；
• 包埋完成后需标记组织切片方向；
• 可以使用 WHEATON CryoELITE 低温冷冻管或可重复密封袋来储存组织块。从冷冻模具中取组织块时，可以用剃须刀片修剪，使其适合冷冻容器。

二、Visium CytAssist（V2）空间转录组收样标准

物种来源

人，小鼠。

样品要求及运输条件

对于 FFPE 样品，在基因表达实验前均需要进行 RNA 质检，质检标准为 DV200＞30%（DV200 为大于 200bp RNA 片段所占百分比）。对于 OCT 包埋样品，同样需要进行 RNA 质检，质检标准为 RIN＞4（RIN 值为 RNA 完整度的评估值）。

石蜡包埋样本

4℃ 低温运输，直接邮寄至百奥智汇，由百奥智汇完成后续的 RNA 质检及基因表达实验。

注：石蜡块需要固定在石蜡组织包埋盒上（包埋盒规格要求：外圈，长 4 cm，宽 2.8 cm，高 0.6 cm，盒盖高 0.1 cm）。

OCT 包埋样本

干冰运输，直接邮寄至百奥智汇，由百奥智汇完成后续的 RNA 质检及基因表达实验。样本包埋方案，请参考 Visium（V1）收样标准 3.1 节。

自行切片样本（FFPE）

注：对于不便于直接邮寄石蜡块的客户，可提前自行进行切片。具体要求如下。

1）RNA 质检切片：进行切片，单个样本所需切片数量为 4×5μm，切好后将切片置于 5 mL 离心管内密封，4℃ 运输至百奥智汇。

HE 染色（可选）：单个样本切一张 5μm 切片，贴在带正电荷的普通玻片上。完成切片-展片-贴片-烤片四个步骤后，将玻片置于 50 mL 离心管内，室温密封干燥过夜后运输至百奥智汇。（若已自行染色，则不需此步骤）

2）基因表达实验切片：单个样本切一张 5μm 切片，置于载玻片中央。完成切片-展片-贴片-烤片四个步骤，切好后对切片 42℃ 干燥 3 h 后，置于 50 mL 离心管内，室温保存过夜后运输至百奥智汇。

注意事项：

• 请注意，实验切片的载玻片规格为 75 mm×25 mm×1 mm，组织切片需置于切片正中央。如下图所示：

图 3. 组织切片图

 

• 载玻片应使用以下尺寸的带正电的玻璃载玻片（表 1）

表 1. 玻璃载玻片尺寸表