材料与仪器
步骤
物种类型
人，小鼠。
样品质检要求及运输
Xenium 正式实验前需要进行 RNA 质检和普通 H＆E 染色质检，质检标准如下：
RNA 质检标准：
FFPE 样本：DV200>30%；RNA 浓度≥20ng/μL。
OCT 包埋样本：RIN＞4；RNA 浓度≥20ng/μL。
H＆E 染色质检标准：
组织形态、切片完整；样本区域及切片不存在脱片等风险；细胞核相对致密。
运输条件：
FFPE 样本：4℃ 低温运输；
OCT 包埋样本：干冰运输。
运输注意事项：
石蜡包埋样本：请标记蜡块切向、编号并完成封装。石蜡块需要固定在石蜡组织包埋盒上（包埋盒规格要求：外圈，长 4 cm，宽 2.8 cm，高 0.6 cm，盒盖高 0.1 cm）
OCT 包埋样本：包埋过程中一定要拍照留底，这样后期切片时，才好控制组织的剩余量。完成 OCT 包埋后，标记预期的切向、编号并进行封装。
对于不便于直接邮寄组织块的客户，可自行提前准备质检样本切片及正式样本切片。相关样本要求及注意事项如下：
FFPE 样本：
1）RNA 质检样本：5μm/片；切 4 片于 1.5 mL 离心管内，完成标记及封装;
2）普通玻片 H＆E 染色白片：5μm/片，42℃ 水浴展片后，贴于普通玻片的中央，42℃ 烤片 3 h，置于 50 mL 离心管内（或者玻片盒内）密封好，每个样本准备 2 张玻片；
3）Xenium 正式玻片样本：5μm/片，42℃ 水浴展片后，贴于 Xenium 的正式玻片上，组织区域一定要覆盖在 Xenium 玻片的 SampleArea 内，且切片之间不可有重叠（贴片区域与正确贴片方式如下图所示，需注意贴片区域需严格控制在灰色虚线框内，如果有组织覆盖到超过该框则会导致运行中报错），42℃ 烤片 3 h，置于 50 mL 离心管内（或者玻片盒内）进行密封。
OCT 包埋组织切片 (不推荐)：
1）RNA 质检样本：10μm/片；切 10 片于 1.5 mL 离心管内，完成标记及封装；
2）普通玻片 H＆E 染色白片：10μm/片，贴于普通玻片的中央，置于 50 mL 离心管内（或者玻片盒内）密封好，每个样本准备 2 张玻片；
3）Xenium 正式玻片样本：10μm/片，贴于 Xenium 的正式玻片上，组织区域一定要覆盖 Xenium 玻片的 Sample Area 内，且切片之间不可有重叠（贴片区域与正确贴片方式如下图所示，需注意贴片区域需严格控制在灰色虚线框内，如果有组织覆盖到超过该框则会导致运行中报错），将 Xenium 的正式玻片置于 50 mL 离心管内（或者玻片盒内）进行密封。
图 1. 密封工艺图
切片注意事项
FFPE 组织：
1) 切片前将石蜡块置于冰水浴中（超纯水）进行水化 15-30 min 左右；切片时尽量去除组织周围的石蜡。
2) 切片机保持干净，台面用 100% 酒精擦拭干净，每次切片需要更换新的刀片。
3) 展片温度要根据组织类型进行摸索，一般建议是 42℃ 水浴（超纯水）进行展片，如果 42℃ 无法使玻片展平，需要调整展片温度，使得玻片完全展片，不能有任何褶皱。
4) 尽量保证组织切片完整，组织切片一定不能超出区域（10.45 mm×22.45 mm）。
5) 捞片时尽量缓慢竖直捞起，避免组织和玻片之间有水。
建议进行正式贴片前，提前在普通玻片上练习，确定展片温度，组织区域大小等。
注：对于所有样品，请在寄送前自行拍照留底，方便后期与百奥智汇确认组织切片的方向性。
OCT 包埋组织：
1) 切片机保持干净，台面用 100% 酒精擦拭干净，每次切片需要更换新的刀片。
2) 切片前 OCT 组织块和 Xenium 玻片要提前置于切片机预冷，并全程保持低温；切片时尽量去除组织周围的 OCT。
3) 对于容易冻伤/融化损伤的组织（如小鼠大脑），在收集正式切片之前，先废弃 5-7 张外围切片。
4) 尽量保证组织切片完整，组织切片一定不能超出区域（10.45 mm×22.45 mm）。
建议进行正式贴片前，提前在普通玻片上练习，确定展片温度，组织区域大小等。
检测范围选择
表 1. 检测范围选择表
关于定制化 Panel，可在 Pre-design Panel 的基础上额外选择多达 100 个基因进行组合。额外的定制需求请提前联系百奥智汇。
收样地址
北京市海淀区花园路 2 号 4 号楼中城写字楼 5 层，基因组部（北京）
备注：Xenium 原位检测技术可基于 Xenium 载玻片与配套设备对石蜡包埋（FFPE）或新鲜冷冻（FF）组织的组织切片进行的基因表达检测。该平台可实现样本靶向、灵敏且丰富的亚细胞水平 RNA 检测，并可提供客制化 Panel 选择。
图 2. 客制化 Panel 选择图
来源：丁香实验
