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问
一个质谱结果想请教大家如何分析
黑糊糊2000
这结果应该是PD sequest search result。我们从来不用score。都是PSM vaule. 你的结果是IP 那应该和negative control 比。但是你要注意low psm 不代表这个就是 false positive. 因为这个PSM 和蛋白长度也相关所以低PSM 不见的就不好。IP 的结果一般你的bait 会有最高的PSM 有时候也会是heatshock 或者 ri
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问
求PCR结果怎么做出这样的散点图
seuzsl
先求每个样本的2的-Δct,然后所有结果除以对照的均值,就可以作图了
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问
qPCR各样本间内参差值控制在多少才合适呢?
seuzsl
理论上讲不同样本内参Ct值的差异并不影响结果解释,因为对于同一个样本而言,目的基因ct-内参ct应该是一个常数,而在提取RNA时,取样量(即,细胞数)存在差异会导致得到的RNA总量有差异,即便通过细胞计数取了等量的细胞,提取时RNA的得率也不同,即便取了相同质量的RNA进行逆转录,不同样本间降解程度、其它rna表达水平都可能会导致内参ct存在差异(当然这种差异不应该很大),这就是为啥一定要做内参,
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问
如何进行QPCR中多组数据的统计分析?
香柏树001
相对表达量,我用的是2-△△CT法,每组3各平行要有的,然后得出的Ct值,计算出2-△△CT值就可以了,这样就得出3各2-△△CT,要比较的两组之间求P值就行了。附件讲的比较详细。
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问
为什么目的基因Ct值正常,反而内参的Ct值很高
杜小涛
引物反复冻融次数多了就有可能降解,不过你这个可以先考虑基因时空表达的问题,如果确定你做的这个时期和组织确定表达量并不低,就有可能是引物反复冻融导致的降解了
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问
外周血单个核细胞(PBMC)
丁香实验
破骨细胞没诱导培养过,刚看了下资料,猜测你估计是用血液单核细胞诱导法诱导分化培养,这个就需要贴壁的单核细胞,单核细胞是半贴壁的细胞,可以只加培养液不加血清诱导因子于培养箱孵育1-2h,然后用PBS慢慢清洗去除不贴壁的淋巴细胞和其他杂细胞杂质等,这样六孔板下单核细胞纯度就高了,看了你这图片,铺板密度有点低啊,以前做过2-undefined10^6/ml铺孔PBMC分离单个核细胞,然后洗涤纯化,单核纯度很高。然后加
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问
大家来谈谈95D,95C的培养心得吧
丁香实验
谢谢评论,今天36h,细胞在10cm皿和六孔板里全死了。我估计消化确实有问题,但是不知道到底是消化过度还是消化不足。同时养的A549、293T贴壁也不好。12h了,贴壁后形态还是圆的,贴壁不稳当
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问
【求助】ChIP超声条件摸索
丁香实验
还有,一般超声片段范围在200_1000比较好,其实200_2000也是可以接受的,只要能保证70%以上在这个范围,就可以了!
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问
低丰度表达的蛋白做WB有什么好方法吗?
丁香实验
低丰度蛋白用WB检测的确会有些困难,但第二张我看到目的条带了,既然丰度低就意味着非特异性结合会提高,我建议你有两点:1,二抗浓度的把握要精准,在能呈现目的条带时降低二抗非特异性结合的概率2增加Tween-20的工作浓度,用更改过的工作浓度去配置TBST清洗,背景的效果可能会改善不少,自然而然目的条带也会展现出来了。
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问
CHIP超声后DNA浓度上不去,求助大神
xue454962321
按照CST9005试剂盒描述是抽提了细胞核,之后Micrococcal Nuclease酶切是在保证细胞核完整的状态下做的,离心之后需要的是沉淀(细胞核),这个时候上清里面是没有东西的,因为细胞核还没有被破膜;之后再把细胞核沉淀裂解,用超声的方法帮助破核膜,在离心取上清。此时,蛋白和核酸都应该在上清里面。如果你提取的是Micrococcal Nuclease酶切之后的上清,那应该就是没有DNA的;
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问
WB 点样孔有残留,跑出的条带就变形了,这是怎么回事呢
丁香实验
我老师说出现这种情况在水浴5-10分钟试试
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问
ChIP中input的问题
bob523740605
我最后做的是Qpcr ,数据分析的时候是一input为基准的分析,通过一个excel表分析http://http://d.dxy.cn/detail/4076728
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问
【原创】Western blot 之制胶技巧,易翻车点及其解决方法汇总
丁香实验
说到WB制胶,相信很多同志都有说不尽的"翻车"故事。俗话说的好,工欲善其事必先利其器,SDS PAGE凝胶就是我们做WB要利的器,因为高质量的胶是跑出漂亮条带的重要前提之一。今天我们就来探讨一下制胶这个事。一、SDS PAGE 凝胶制备1、玻璃板梳子的清洁先用自来水浸泡5分钟,洗洁精清洗,注意厚玻璃板两侧沟槽容易残留胶,可以用尖锐的东西轻刮,然后用自来水冲洗干净泡沫,再用纯水冲洗即可,37度烘干或
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问
wb 小白求助 E-cadherin 和 N-cadherin 转膜条件和分子量是多少?
丁香实验
E-cadherin是135,一抗的话我们是4℃。转膜的话,我们是恒流,300mA,90min左右
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问
染色体免疫共沉淀实验求助,那个proteinA/G是怎么回事?
丁香实验
别买磁珠 需要相应的仪器来做磁珠肯定方便些的还有就是珠子不容易吸走 背景好点噪音小不过细心点 用普通的beads 离心也就可以了
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问
【求助】PCR实验目的基因的CT值和内参的CT值接近
冰雪芙儿
CT值高,提高模板浓度就行了,我最近也在做,刚开始稀释发现CT值很高,不稀释就好了
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问
PCR 结果
午后的红太狼
感觉是因为你提出来的RNA量太少的缘故,从你的内参的CT值可以看出来,可能你要检测的基因本来表达量就不高,内参的CT值不够低的时候,你的目的条带就扩不出来了,大概的看了一下,目的基因有值的那几个,基本都是内参测得比较低的几个,所以建议RNA多提一点,多逆一点,把内参的CT值降到20以下就差不多了
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问
【求助】PCR 产物在加样孔里跑不出来怎么回事
xuyongbin
我也曾经遇到这种情况,后来把产物稀释100倍还有,最后我把产物稀释1000倍。取0.5ul,把退火在温度在原来基础上提高2℃就好了,可能是模板量太大的原因。
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问
PCR产物电泳条带
sakeiiii
会不会是模板有问题,RNA跑胶了吗?后面这个应该是二聚体或者非特异性扩增?也可能引物有问题
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问
PCR的CQ值很大?
杨楠520
降低退火温度试试,我降了就可以了
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