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细胞条形码,数字PCR
土井挞克树
你可以简单理解为条形码是细胞的标签,可看作一段特异序列,以此为参考设计引物做dpcr
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问
质谱成像技术的优点和缺点是否优点大于缺点。对人的依赖程度是否比较大?
loveliufudan
质谱成像技术具有许多优点和一些缺点。以下是其主要的优点和缺点:优点:分子级别的信息:质谱成像技术能够提供样品中分子的直接检测和定量分析,从而揭示复杂生物系统中的分子分布和亚细胞水平的化学信息。多种分析能力:质谱成像技术可以应用于各种类型的样品,包括生物组织、细胞、生物体液等。它可以用于分析药物、代谢产物、蛋白质、脂类等多种化学物质。空间分辨率高:质谱成像技术能够提供高分辨率的空间图像,可以对样品进
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质谱成像的最低灵敏度怎么确定
sswei
受制于目前市场上质谱技术的灵敏度限制,业界普遍认为有实用价值的成像空间分辨率是 10~30 微米。
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质谱成像目前的科研应用与转化情况
sswei
在临床研究中,大约85%的MALDI成像与癌症研究有关,其它15%的MALDI临床研究应用包括帕金森氏症、老年痴呆症、糖尿病、非酒精性脂肪肝以及肿瘤边缘检测。
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全分子成像和单分子成像的区别
sswei
全分子成像提供了用一个系统发现、识别和测量分子目标,对各种各样的分子类型进行无标签成像研究,从最小的样本中提取最大的信息,明确和客观地解释分子成像信息。单分子成像可以分为两类:一类是在外力作用下研究单分子活动,通常通过原子力显微镜(AFM)、光镊(OT)或磁镊(MT)将力施加到单个分子上。另一类就是用荧光显微成像观察生物系统中单分子活动。
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问
质谱成像的主要临床应用有哪些?
sswei
MALDI成像在肿瘤学、神经疾病学、心脏病学和风湿病学等生物医学研究领域的应用范围。MALDI成像应用包含蛋白质表征、糖蛋白分析、质量控制应用、聚合物分析和超高通量筛选等。在临床研究中,大约85%的MALDI成像与癌症研究有关,其它15%的MALDI临床研究应用包括帕金森氏症、老年痴呆症、糖尿病、非酒精性脂肪肝以及肿瘤边缘检测。
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问
色谱样品提纯需要注意的问题?
sswei
气相色谱仪分析前制备样品时需注意的几个问题:1、首先要考虑将被分析的样品中,可能干扰欲被测组分定量的物质要尽可能的分离出去。还要考虑通过样品制备使被测组分在试验样品中的含量得以提高即样品浓缩,以便最后的气相色谱仪分析。2、再一在制备样品时,要考虑欲分析样品中的被测组分是否流失,是否能100%定量地转入到制备好的,可用于色谱分析的实验用样品中去,这样才可以使分析结果准确无误。 3、另外要考虑实验用样
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组织,血清,血浆,尿液,细胞等样本前处理差异和注意事项
loveliufudan
非靶向代谢组学研究中,针对不同样本类型的前处理差异和注意事项如下:1. 组织样本: 样品破碎和提取:不同组织可能需要采用不同的破碎和提取方法,如机械破碎、液氮研磨、酸性/碱性溶液等。最佳方法应根据特定组织的特点和研究目的选择。 蛋白质去除:组织样本中通常含有较高的蛋白质含量,需要进行蛋白质去除步骤,以减少蛋白质对代谢物分析的干扰。常见的方法包括有机溶剂沉淀、醇沉淀等。 溶剂萃取:使用有
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问
代谢组数据表格指标解读
loveliufudan
代谢组数据表格中的指标可以包括代谢物的相对丰度、峰面积或峰高等信息。解读这些指标需要结合具体的研究问题和分析目的,以及数据处理和统计方法。下面是一些常见的解读指南:1. 相对丰度:代谢物的相对丰度表示在不同样品中该代谢物的相对含量。相对丰度可以通过归一化处理(如总离子流量归一化)来消除样品间的变异性,并进行统计分析。较高的相对丰度可能表明该代谢物在该组样品中具有显著的变化。2. 峰面积或峰高:代谢
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联合分析时原始数据需要降维做相关吗?还是直接用原始数据?
loveliufudan
在联合分析中,原始数据可以根据具体情况选择是否进行降维。降维是将高维数据转换为低维表示的过程,旨在减少特征维度、消除冗余信息和提取主要特征。降维可以帮助减少计算复杂度、处理高维数据中的噪声和冗余,并且可能有助于更好地发现数据中的模式和关系。在联合分析中,如果原始数据的维度较高,且存在冗余信息或噪声,降维可以是一种有效的方法。常用的降维技术包括主成分分析(Principal Component An
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问
代谢组学样品的处理注意事项及质控
loveliufudan
在代谢组学研究中,样品处理的注意事项和质控措施对于数据质量和可靠性至关重要。以下是一些常见的样品处理注意事项和质控措施:1. 样品采集: 样品采集要注意避免污染和交叉污染。使用无菌技术和消毒方法,确保样品采集器具和容器的无菌和洁净。 采集样品时注意避免氧化、光照和温度变化等可能导致代谢物分解或变化的因素。2. 样品存储: 样品在采集后应尽快处理或冷藏储存,以防止代谢物的降解和变化。
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转录组和代谢组联合分析大概研究思路可以讲解一下吗?
loveliufudan
转录组和代谢组联合分析是一种综合利用转录组学和代谢组学数据的研究方法,旨在揭示基因表达与代谢物谱之间的关联关系,深入理解生物体的代谢调控机制。下面是一般的研究思路:1. 实验设计和样本采集: 确定研究问题和目标,设计合适的实验组和对照组。 选择适当的生物样品(如组织、细胞、血液等)进行采集,保证样品的质量和一致性。2. 转录组分析: 提取RNA并进行转录组测序,获取基因表达谱的信息。
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请问如何将稳定同位素示踪和代谢组学联合起来?会不会更灵敏简便呢?
loveliufudan
将稳定同位素示踪和代谢组学联合起来可以提供更全面、详细的关于代谢通路和代谢物动态变化的信息。这种联合分析方法可以增强对代谢过程的理解,并提供关于代谢途径调控、代谢物转化和代谢通路的定量信息。下面是一般的方法流程:1. 实验设计: 确定研究目标和问题,设计合适的实验组和对照组。 确定稳定同位素标记的底物或代谢物,以及代谢组学分析的样品类型和条件。2. 稳定同位素示踪实验: 选择适当的稳定
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问
请问脂质代谢组学t检验做不出统计学差异可以用PCA图代替吗
loveliufudan
PCA图并不能直接替代统计检验。它更多地用于数据的可视化和数据探索,以帮助您观察数据之间的关系和趋势。如果您需要确定两组样本之间是否存在显著差异,仍然需要使用适当的统计检验方法,如t检验、方差分析(ANOVA)等。PCA图可以作为辅助工具,但不能提供统计学上的显著性判断。
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请问如何对差异代谢物做进一步的筛选?
sswei
常见的差异代谢物筛选方法主要有以下三种:1.倍数变化法(FC值)2.T检验法(P值、FDR值)3.(O)PLS-DA法(VIP值)
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样本一次准备不齐,能先做一批,后面将多次结果整合在一起分析吗?
juyue2010
可以,不过每批次都需要有对照,产物归一化处理
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wb细节问题求解?。?
balalaLy
可以两个一抗一起孵,或者先孵25的那个,再孵actin,最后孵两个二抗的混合液。不过,如果25那个蛋白表达低的话建议先孵这个,显影完之后再孵actin,以免actin条带太亮影响目的蛋白。上样量一般上20ug的蛋白量。
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问
从细菌内提取蛋白做wb实验,常用的内参是什么?
loveliufudan
在从细菌中提取蛋白进行Western blot实验时,常用的内参有两种:原核生物中的通用蛋白:在细菌中表达量较为稳定且广泛分布的蛋白,如GroEL、DnaK等,通常作为内参来校正不同实验条件下的蛋白质表达量变化。特定蛋白:如果实验中需要检测的蛋白与某个特定蛋白有相关性,例如同属于同一个代谢通路或同一功能模块,则可以选择该蛋白作为内参来校正不同样品之间的蛋白质表达量变化。
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问
细胞外通量和代谢组分析需要相对高的细胞数量,怎么完成从体外到体内的转化和从老鼠到人的验证?
土井挞克树
从体外到体内可以使用综合度高的模型,比如现在很火的综合度高的,体外环境模拟系统,可以较好实现体内到体外的转化。从细胞模型过度到动物模型,一般选择小鼠
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问
请问大鼠的主动脉平滑肌细胞和主动脉血管平滑肌细胞是一个细胞类型吗?
生物医药资讯
大鼠的主动脉平滑肌细胞和主动脉血管平滑肌细胞属于同一类型的细胞,都是主动脉中的平滑肌细胞。主动脉是人体主要动脉之一,它起源于心脏的心脏左心室,向身体各部位供血。主动脉壁由三层组织构成:内膜、中膜和外膜。中膜主要由平滑肌细胞和弹性纤维组成,其中平滑肌细胞约占75%。这些平滑肌细胞的收缩和舒张可以调节主动脉的血流量和血压。因此,大鼠主动脉平滑肌细胞和大鼠主动脉血管平滑肌细胞都是构成主动脉中膜的平滑肌细
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