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科研学霸天团，48小时有问必答

问蛋白质组结果一般需要哪些方面的生物信息学分析?

loveliufudan

蛋白组学实验结果获得原始数据后,通常需要进行以下生物信息学分析:1. 原始质谱数据的预处理,包括峰检测、去噪、滤波等,获得质谱图峰 intensitites。2. 数据库搜索,比对所检测肽段的质谱图,鉴定蛋白。3. 定量分析,提取定量信息,确定各蛋白的表达量。4. 差异性分析,寻找不同样本间表达差异蛋白。5. 生物信息注释,对差异蛋白进行GO、KEGG等pathway注释分析。6. 蛋白互作网络分

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问Elisa实验每次都需要做标准曲线吗

feixue7758527w

是的，Elisa实验每次都需要做标准曲线的，最好做三个复孔的。

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问要是某物种没有全基因组数据该如何进行蛋白的鉴定？

loveliufudan

当某物种没有全基因组数据时,进行蛋白质组学分析鉴定蛋白会面临一定困难,但可以通过以下策略提高鉴定成功率:1. 收集该物种所有已有的基因序列数据,如EST、mRNA序列等,自建一个局部蛋白数据库。2. 通过同源比对,利用该物种亲缘近的其他物种的基因组和蛋白质组数据,构建一个扩展的参考数据库。3. 利用de novo序列分析软件分析MS/MS谱图,以不依赖数据库的方式鉴定部分肽段序列。4. 与其他拥有

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问全谱分析能鉴定到多少蛋白?定量分析呢？

loveliufudan

全谱分析(Shotgun Proteomics)和定量分析(Quantitative Proteomics)在蛋白质组学研究中所能鉴定的蛋白数量存在差异:1. 全谱分析主要目的是扩大蛋白质组的覆盖范围,鉴定样品中存在的所有蛋白质。一般能够鉴定上千到上万个蛋白。2. 定量分析在一定覆盖范围内,精确比较不同样本中蛋白的相对丰度。通常每次能定量数百到上千个蛋白。3. 全谱分析中,通过肽段组合、多次分析等

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问IP类样品的鉴定，若质谱未鉴定到目标蛋白，是什么原因？该如何解决?

balalaLy

可能是蛋白丰度太低或者是ip没有做好，没有拉到目的蛋白。

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问蛋白质组学中检索时的数据库选择标准是什么？

loveliufudan

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问质谱的蛋白质组学和芯片哪个更好出结果？

loveliufudan

质谱和蛋白芯片都是蛋白质组学研究中常用的技术手段,各有优势:1. 质谱技术可以进行高通量检测,定性定量结果准确,是目前研究中使用最广泛的技术。但需要纯化蛋白,操作步骤较复杂。2. 蛋白芯片直接从复杂样本中探测蛋白,操作简便,可以进行高通量筛选。但定量不如质谱精确,需要优化试剂选择。3. 质谱技术可以进行无标记定量,兼具发现研究和验证分析的优势。但仪器价格昂贵。4. 蛋白芯片价格相对便宜,可以自定义

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问如何来判定哪些蛋白是和自己研究相关的蛋白,挑选什么样的蛋白来进行后期的验证实验?

feixue7758527w

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问为什么通过Elisa、WB能检测到的蛋白在itraq实验中没有检测到?

loveliufudan

ELISA、WB能检测到而iTRAQ实验中没有检测到的蛋白,可能原因如下:1. iTRAQ实验的样本量较少,提取的蛋白总量有限,低丰度的蛋白可能因此未被检测。ELISA和WB可以用更多样本。2. iTRAQ通常检测肽段,而ELISA和WB通过抗体直接检测蛋白。某些蛋白可能被酶切成难以检测的短肽段。3. iTRAQ存在一定的假阴性结果。操作过程中样品丢失也可能导致某些蛋白未被检测。4. iTRAQ可

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问蛋白组学可以应用于哪些问题的研究?

土井挞克树

可以应用于肿瘤靶向药物相关的研究，是目前比较火的研究方向

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问关于“样品重复”，技术重复和上机重复有什么区别？做蛋白组学的话，发表的文章一般要求几次重复呢？

feixue7758527w

蛋白组学实验跟平时实验一样，三次重复就可以了。技术重复就是重新实验的，上机重复就是已有的样本再次在实验机器中再次验证的。

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问iTRAQ、SILAC和SWATH等相比，应该选择哪一种定量的方法呢？

loveliufudan

TMT、SILAC和SWATH都是蛋白组学研究中常用的定量技术,各有优势,选择时需要根据实验目的权衡:1. TMT:化学标签方法,操作简便,多个样本混合检测,批内误差小,适合大批量样本。但标记可能影响碎裂模式。2. SILAC:稳定同位素标记生物学方法,可以进行动态标记,适合检测细胞内过程变化。但需要构建标记细胞株,费时。3. SWATH:数据独立采集技术, Repeat性好,可以重分析数据。但需

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问请问什么样的样本可以做蛋白定性分析?

loveliufudan

适合进行蛋白质组定性分析的样本主要有以下特点:1. 样本来源广泛,可使用细胞、组织、体液等不同类型样品。2. 样本量需要达到一定丰度,至少百万分之一微克量级蛋白,才能进行鉴定。3. 蛋白组成相对复杂,富含需要分析的蛋白类型。4. 样本处理方法需要适当,能有效裂解组织,提取完好的蛋白。5. 尽量选择新鲜或者快速冷冻样本,避免降解。6. 可以去除高丰度蛋白或富集低丰度蛋白,减少蛋白表达量级跨度。7.

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问Elisa试剂盒过期还能用吗

土井挞克树

过期一般来说一个月内是没问题的，时间太长容易失效

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问最近纯化了一个病毒的3个不同蛋白A,B,C，分别去免疫小鼠，elisa检测血清时发现，包被A蛋白后和A，B，C血清都能反应

晓雨知春来

有很大的可能是纯化的时候污染了。

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问WB中单克隆抗体和多克隆抗体应该如何选择？有何区别？

loveliufudan

选择使用单克隆抗体或多克隆抗体需要根据实验目的来决定:1. 单克隆抗体- 具有更高的特异性,只识别抗原上的单一表位。- 识别性更强,背景较清晰。- 更适合识别蛋白的不同修饰形式。- 批次间效果一致性较好。2. 多克隆抗体- 识别抗原上的多个表位,不容易失活。- 灵敏度高,通常可以检测到更低丰度的蛋白。- 更适合检测总蛋白表达水平。- 批次间效果差异大。综合考虑目标蛋白的丰度、所需识别的特异性区域等

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问ELISA实验阴性对照组OD值过高是什么原因导致的

huarenqiang5

考虑以下原因及建议:1. 试剂盒组分被污染建议使用新的试剂盒，按照说明书要求保存试剂盒。2. 试剂配制不正确建议按照试剂盒说明书步骤，配制相应的试剂溶液。3. 吸液或加液不正确建议检测移液器和吸头，使用校准好的移液器和正确的移液方法。4. 混用其他试剂盒试剂建议保证使用试剂盒内完整的一套试剂进行实验，不同品牌及不同批次间的试剂可能存在不匹配

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问蛋白在14-17KDa,wb一直曝光不出来，请问是为什么

balalaLy

14-17分子量不大，转膜一般没问题，可以从抗体的质量、抗体浓度低、蛋白量低、抗体稀释液、tbst这几个方面找。

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问中药石见穿中的迷迭香酸适合醇提还是适合水提？

晓雨知春来

中药石见穿中的迷迭香酸适合用乙醇提取。

4 回答419 围观

问用HPLC发检测时中药石见穿时，对照标准品可以选取迷迭香酸嘛？

晓雨知春来

用HPLC检测时中药石见穿时，对照标准品可以选用米迭香酸。

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