为什么通过Elisa、WB能检测到的蛋白在itraq实验中没有检测到?

ELISA、WB能检测到而iTRAQ实验中没有检测到的蛋白,可能原因如下:

1. iTRAQ实验的样本量较少,提取的蛋白总量有限,低丰度的蛋白可能因此未被检测。ELISA和WB可以用更多样本。

2. iTRAQ通常检测肽段,而ELISA和WB通过抗体直接检测蛋白。某些蛋白可能被酶切成难以检测的短肽段。

3. iTRAQ存在一定的假阴性结果。操作过程中样品丢失也可能导致某些蛋白未被检测。

4. iTRAQ可检测动态范围有限,超出量级极高或极低的蛋白不容易被精确检测。

5. iTRAQ需要蛋白酶解和肽段富集,这可能导致部分蛋白的提取、溶解或富集效率不高。

6. iTRAQ需要耗时的色谱分离,部分蛋白的保留时间不适宜。

7. 数据库搜索参数设置等过程中可能产生一些假阴性结果。

8. ELISA和WB 的抗体选择可针对性检测特定蛋白。

9. 可以增加iTRAQ重复和技术验证,以提高检测覆盖度。

可能是上样量太低或者蛋白存在降解导致itraq没有检测出来

蛋白是有上万种的，而一般质谱只能检测到五六百种，也就是说只占了其中的百分之几，这是普遍现象，说明方法是不存在问题的；ELISA/WB与质谱相对来说灵敏度不一样，前者具有放大效应，因为其间会用到相应的抗体，所以只要选对抗体，感兴趣的蛋白基本都会被检测到；因此， ELISA/WB检测到的蛋白在组学中没有被检测到也是正常的。