蛋白质组学中检索时的数据库选择标准是什么？

蛋白组学研究相关的公共数据库主要包括:

1. UniProtKB:最权威的蛋白序列数据库,收集来自各物种的蛋白序列和功能注释。

2. PRIDE:最大的蛋白质组数据仓库,收集已发表实验的原始数据。

3. PeptideAtlas:整合多种物种的肽段组数据资源。

4. MassIVE:大规模公共MS原始数据仓库。

5. GPMDB:全球蛋白质组数据库,包含高通量数据。

6. PDB:蛋白质结构数据库,收集蛋白质三维结构。

7. OMIM:收录与人类蛋白相关的遗传学数据库。

8. Reactome:整合蛋白通路和相互作用数据的数据库。

常用的检索标准:

1. 蛋白名称或标识码,如基因名称或Uniprot ID。

2. 物种名称,如human或mouse。

3. 关键词,如组织名称、疾病相关词汇等。

4. 高级检索允许组合多种条件来限定结果。

根据研究目的选择合适的数据库并用恰当的关键词进行查询,可以获取需要的信息。

常用的数据库有

UniProt，InterPro，IUPHAR-DB，标准主要与检索的蛋白类型相关

1.UniProt(The Universal Protein Resource)

简介：提供详细的蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰等，同时提供其他数据库，包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接

2.PIR(Protein Information Resource)

简介：与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用，可提供及时的、高质量、最广泛的注释

3.BRENDA(Enzyme database)

简介：酶数据库，提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据

4.CORUM(Collection of experimentally verified mammalian protein complexes)

简介：哺乳动物蛋白复合物数据库，提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等

5.CyBase(Cyclic protein database)

简介：环状蛋白数据库，提供环状蛋白的序列、结构等数据，提供环化蛋白预测服务

6.OKCAM

简介：人体细胞粘附分子数据库

7.GELBANK

简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱，搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索

8.SWISS-2DPAGE

简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图

9.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)

简介：通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库

10.Sys-BodyFluid

简介：人体体液蛋白组研究数据库

11.DB-PABP

简介：聚阴离子结合蛋白数据库

12.IUPHAR-DB

简介：G蛋白偶联受体、离子通道数据库

13.GLIDA

简介：G蛋白偶联受体-配体数据库

14.LOCATE

简介：哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库

15.InterPro

简介：蛋白质综合数据库，从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库