要是某物种没有全基因组数据该如何进行蛋白的鉴定？

当某物种没有全基因组数据时,进行蛋白质组学分析鉴定蛋白会面临一定困难,但可以通过以下策略提高鉴定成功率:

1. 收集该物种所有已有的基因序列数据,如EST、mRNA序列等,自建一个局部蛋白数据库。

2. 通过同源比对,利用该物种亲缘近的其他物种的基因组和蛋白质组数据,构建一个扩展的参考数据库。

3. 利用de novo序列分析软件分析MS/MS谱图,以不依赖数据库的方式鉴定部分肽段序列。

4. 与其他拥有基因组信息的模式生物的蛋白质组数据进行比较分析,以减少假阳性鉴定。

5. 针对目标蛋白质组,可以进行mRNA测序实验获得基因信息,辅助蛋白鉴定。

6. 考虑进行全蛋白质组的退化性启动子延伸肽段组学分析,可以明确蛋白N端序列。

7. 尽可能收集已发表的该物种蛋白质组研究文献,获取已知信息。

8. 尝试同步质谱与生物学功能验证相结合,提高结果可靠性。

综合多种策略可以提高无基因组信息情况下蛋白质组学实验的结果。

只要物种在蛋白质组数据库中存在足够多的数据、基因组已知或 EST（或转录组）数据足够丰富，均可进行蛋白质组全谱分析。对以上条件均不满足的物种，可在进行蛋白质组全谱分析的同时，做一个基因组或转录组测序，以便为蛋白质组全谱分析提供支持。因此，理论上，所有的物种均可进行蛋白质组全谱分析。

没有参考基因组的物种也可以做蛋白质组学分析，一般先看其近缘物种有没有参考基因组，如果有的话，可以考虑使用。或者对所测样品做一个转录组测序，使用转录组构建一个简易的蛋白库作为数据库使用。如果二者都没有的话，那就不建议做了，结果会非常不准确的。