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xiangyu_16888：关于稳定转染的若干问题 1 转染后24小时以1：10的稀释比例加入新鲜的含G418的培养基中，其目的是什么? 2 此时换液是否将DNA-脂肢体复合物去处? 3 加入G418的量是按体积加还是按细胞数加? 4 转染后培养基除了G418是否也加入双抗? 谢谢各位大虾了！ 丁香园网友bigbang_0_0认为： 1.利于两周后挑取单克隆. 2.是. 3.按体积加. 4.是. ...

shilei5794749：透明菌落OR 乳白色菌落？ 重组质粒做完转化后，板上长出来的菌落有透明的，有乳白色的．听说重组质粒长出来的菌应该是乳白色的，而透明的菌落很有可能是杂菌？？请问各位战友，这种说法有根据吗？？ 丁香园网友applepie118认为： 这种说法，至少在我作转化来看没有什么根据。 为什么会是乳白色得，难道是插入得片断引起了表型得变化，但是并不是每个插入片断都正好插入到质粒中影响 ...

Emmanuelle：用于转染的培养基有何要求? 为什么用于转染的培养基不能含有血清? 丁香园网友rissa999认为： 这个能不能含血清是要看你用什么转染载体的，其实有些阳离子脂质体和高分子聚合物类的转染载体可在有血清的培养基中进行转染。 一般情况下，用无血清的培养基主要是因为转染载体带正电荷，而血清中含有大量负电性的成分会竞争结合正电性的载体，导致载体与DNA复合物的稳定性降低，从而使转染效率 ...

问：Tris饱和酚和重蒸酚的区别和配制方法 答：Tris饱和苯酚（Tris saturated phenol）也称Tris平衡酚(Tris balanced phenol)，是添加了抗氧化剂8-羟基喹啉，tris pH8.0充分平衡的苯酚，呈黄色。常用于DNA抽提和纯化等。 重蒸酚是苯酚在182度蒸馏的组分。 tris配制方法：1、取出重蒸酚，室温放置68度水浴溶化，切勿立即放入68度的水浴中，以 ...

一、如何选购无尘洁净室专用真空包装机（选型购机注意事项） 根据真空包装机的主要结构和配置元件，一台优质的真空包装机必须具备以下基本条件： 1、选用优质的真空泵配套，该真空泵必须能保证有良好的品牌，业内老字号企业所生产的产品，如德国“LEYBOLD”、“BUSCH”、“BACKER”牌都是值 ...

1、任何进入无尘洁净室的人，必须先进入无尘更衣室，穿上无尘帽、无尘口罩、无尘衣、静电防尘手套、无尘裤、无尘靴（如图①所示）。经过这套外形很“酷”的防尘装备可将人们身上已有的灰尘隔离在无尘洁净室之外，但这才是第一步。 2、接着就要进入风淋室。所谓风淋室是指一条“吹风的长廊”，不过在这条长廊中吹出来的强风是没有任何静电存在的离子风。这种离子风所具有的中和 ...

由于用X光晶体衍射和NMR核磁共振技术测定蛋白质的三维结构，以及用生化方法研究蛋白质的功能效率不高，无法适应蛋白质序列数量飞速增长的需要，因此近几十年来许多科学家致力于研究用理论计算的方法预测蛋白质的三维结构和功能，经过多年努力取得了一定的成果。 蛋白质三维结构的预测方法通常包括：同源性建模和从头开始的预测方法。对数据库中已知结构的序列的比对是预测未知序列三级结构的主要方法，也即同源建模的方法。 ...

蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步，二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和 ...

ExPASy工具包包涵的程序 ComputepI/MW：是ExPASy工具包中的程序，计算输入序列等电点和分子量的工具。对pI的确定基于早期研究中将蛋白质从由中性到酸性变性条件下迁移过程中所获得的pK值（Bjellqvist等，1993）。分子量的计算是把序列中每个氨基酸的同位素平均分子量加在一起，再加上一个水分子的分子量。 用户可以把序列整理为FASTA格式，或提供SWISS-PROT标识，或者 ...

根据组成蛋白质的20种氨基酸的物理和化学性质可以辨析电泳等实验中的未知蛋白质，也可以分析已知蛋白质的物化性质。 ExPASy工具包包涵的程序：http://www.expasy.ch/tools/ AACompIdent：与把氨基酸序列在SWISS-PROT库中搜索不同，AACompIdent工具利用未知蛋白的氨基酸组成去确认具有相同组成的已知蛋白。该程序分析时需提交的相关信息包括：蛋白质的氨基酸 ...

对各种方法所得到的蛋白质结构预测结果需要进行验证，以确定预测方法是否可行，确定其适应面。验证的一种方法是取已知结构的蛋白质，对这些蛋白质进行模拟结构预测，并将预测结构与真实结构进行比较，分析两者之间的差距。为了客观地评价各种预测方法，需要建立权威的评判机构，建立公共认可的蛋白质结构测试数据集。设立在马里兰生物技术研究中心的CASP就是这样一个系统（http://predictioncenter.l ...

一、隔离的设备 1）需设置生物安全操作装置（第一级、第二级或第三级），且要做定期检查。 2）为了处理重组体，而使用容易产生气雾的磨碎机、冷冻干燥器、超音波细胞打碎机及离心机等仪器时，需把这些仪器放置在安全操作装置中。但若机器已经有防止气雾外泄的装置，则不在此限。 3）必须是有规划有管理的独立实验空间，并设有适当UV灯，以达灭菌效果。 4）实验区域之入口应有缓冲室，其前后二扇门不能同时开启，而且应有 ...

从头预测模型的基本思想 在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，上述两种蛋白质结构预测的方法都不能用，这时只能采用从头预测方法（Abinitio），即（直接）仅仅根据序列本身来预测其结构。在1994年之前，还没有一个从头算方法能够预测蛋白质的空间结构。从那以后，人们陆续提出一些方法，表明了今后进一步研究可能的方向。有些研究小组运用距离几何方法得到了非常有希望的结果。将 ...

线索化模型产生的背景及发展 上面已经提到，两个自然进化的蛋白质如果具有30%的等同序列，则它们是同源的蛋白质，具有基本相同的三维结构。那么，其余的是否就不是同源的呢？实际并非如此。在最新的蛋白质数据库PDB中，有上千对蛋白质具有同源的空间结构，但它们的序列等同部分小于25%，即远程同源。许多结构相似的蛋白质都是远程同源的。对于这类蛋白质，很难通过序列比对找出它们之间的关系，必须设计新的分析方法。 ...

蛋白质结构预测的生物学意义 生物信息学研究的一个主要目标是了解蛋白质序列与三维结构的关系，但是序列与结构之间的关系是非常复杂的。人们已经掌握了一些蛋白质序列与二级结构之间的关系，但是对于蛋白质序列与空间结构之间的关系了解得比较少。预测蛋白质的二级结构只是预测折叠蛋白的三维形状的第一步。一些结构不是很规则的环状区域与蛋白的二级结构单元共同堆砌成一个紧密的球状天然结构。在蛋白质折叠过程中一系列不同的力 ...

综合各种分析方法预测 在实际进行蛋白质二级结构预测时，往往会综合应用各种分析方法和相关数据。综合方法不仅包括各种预测方法的综合，而且也包括结构实验结果、序列对比结果、蛋白质结构分类预测结果等信息的综合。实际应用中最常见的综合方法是同时使用多个软件进行预测，通过分析各个软件的特点以及各个软件预测结果，最终形成二级结构一致性的预测结果。将序列比对与二级结构预测相结合也是一种常见的综合方法。双重预测是另 ...

人工神经网络是一种复杂的信息处理模型。随着神经网络研究的兴起，科学家们也将神经网络用于生物信息学，其中包括二级结构的预测、蛋白质结构的分类、折叠方式的预测以及基因序列的分析等等。将神经网络用于二级结构预测的最早是由Qian和Sejnowskit提出的，他们受到神经网络在文字语言处理方面应用的启发，将蛋白质序列看作是由各种氨基酸字符组成的字符序列，将氨基酸残基片段作为输入的一串语言字符，二级结构即为 ...

早期，由于数据的缺乏，预测方法多基于单条序列。随着序列和结构数据的增加，人们的研究转向同源序列分析，充分利用隐藏在同源序列中的结构信息，使得结构预测的准确率得到了较大的提高。同源分析的基础是序列比较，通过序列比较发现相似的序列，根据相似序列具有相似结构的原理，将相似序列（或者序列片段）所对应的二级结构作为预测的结果。在Levitt等人建立的相似片段方法中，将待预测的片段与数据库中已知二级结构的片段 ...

●负压密闭 实验室处于一个完全密闭环境中，环境气压要保持在40Pa～60Pa的负压状态，进入的空气不可能倒流。 ●空气过滤 进入实验室的空气都是经过完全过滤的；排出的空气也必须经过消毒、过滤处理以保证洁净。 ●严格消毒 进入P3实验室的人员必须遵守严格消毒程序规定：工作人员在进入实验室前必须消毒，必须穿着隔离服和戴眼罩、口罩、手套等防护用具。人员必须进行消毒处理、换装后才能离开。实验室产生的废物及 ...

这种方法是一种用物理化学方法进行二级结构预测的方法，或称为立体化学方法。在蛋白质中，氨基酸的理化性质对蛋白质的二级结构影响较大，因此在进行结构预测时考虑氨基酸残基的物理化学性质，如疏水性、极性、侧链基团的大小等，根据氨基酸残基各方面的性质及残基之间的组合预测可能形成的二级结构。“疏水性”是氨基酸的一种重要性质，疏水性的氨基酸倾向于远离周围水分子，将自己包埋进蛋白质的内部。这 ...