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在自己拥有一个或者更多基因组的情况下，如何在这些基因组中找到自己想要的功能基因，这对于基因组分析来说，比较重要。而利用测序公司给我的功能注释结果，由于所用的注释的数据库的老旧等原因，往往在注释结果是很不准确的, 在很多实验室中公司给的功能注释结果都是不会用的。本地比对对于基因组基因功能分析来说显得尤为重要。对于本地比对，首先是要在 NCBI 下载本队比对软件 blast，下载在这里就不多说，下载好就需要进行安装了，win 安装步 ...

琼脂糖凝胶电泳可以：（1）用于 DNA 切胶回收；（2）用于 DNA 分离；（3）用于佐证 DNA 是否重组、质粒等是否切开以及其他分子生物学研究。 实验原理琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。其分析原理与其他支持物电泳的最主要区别是：它兼有「分子筛」和「电泳」的双重作用。 琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小， ...

各位生物学的学霸们一定对中心法则都不陌生，最简化的中心法则是 DNA 经过转录成为 RNA，RNA 经过翻译成为蛋白质，由于蛋白质组学（简称蛋白组）关心的是翻译成为蛋白质后发生的事情，因此这里就不赘述诸如逆转录，转录后调控等过程了。 研究什么那么蛋白组究竟研究的是什么呢？简单的说呢，就是高通量或者说大规模地研究蛋白质的科学。具体来说主要是三大块：第一，蛋白质定性，或者说大规模检测某些蛋白质是否存在于样品当中；第二，蛋白质定量，也就是 ...

MTT 法是 Mosmann 1983 年报道的，以后此方法得到了迅速发展并广泛应用于临床与科研研究。其原理是活细胞中脱氢酶能将四唑盐还原成不溶于水的蓝紫色产物（formazan)，并沉淀在细胞中，而死细胞没有这种功能。二甲亚砜（DMSO）能溶解沉积在细胞中蓝紫色结晶物，溶液颜色深浅与所含的 formazan 量成正比。再用酶标仪测定 OD 值。实验原理MTT 法是 Mosmann 1983 年报道的，以后此方法得到了迅速发展并广泛应用于临床与科研研究。其原 ...

免疫荧光技术（Immunofluorescence technique）又称荧光抗体技术，是标记免疫技术中发展最早的一种。它是在免疫学、生物化学和显微镜技术的基础上建立起来的一项技术。很早以来就有一些学者试图将抗体分子与一些示踪物质结合，利用抗原抗体反应进行组织或细胞内抗原物质的定位。 实验材料1.　 细胞样品2. 试剂、试剂盒多聚甲醛 70% 甲醇 丙酮 PBS Triton BSA DAPI 染液 DABCO Tris 甘油3. 仪器、耗材玻片 实验步骤第一天1. 在培养板中将已 ...

蛋白质表达、分离、纯化可以：（1）探索和研究基因的功能以及基因表达调控的机理；（2）供作结构与功能的研究；（3）作为催化剂、营养剂等。 实验步骤一：材料准备1. 实验材料：大肠杆菌 BL21、LB 液体培养基、氨苄青霉素、Washing Buffer、Elution Buffer、IPTG、蒸馏水、胰蛋白胨、酵母粉、氯化钠2. 实验仪器：摇床、离心机、层析柱、离心管、移液枪、枪头盒、烧杯、玻璃棒二：实验操作1. 试剂准备：这一步详见阅读原文2. 获得目的基因① PCR 方法：以含 ...

曼哈顿图，学名 Manhattan plot，是全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）的标配，可以展示所有染色体上的不同位置的 SNP 的显著水平，因酷似曼哈顿的海边景色（高楼林立的）所以称为曼哈顿图。本质上，曼哈顿图是以 SNP 在基因组上的坐标 / 位置为 X 轴，以显著水平（通常是 - log(P)）为 Y 轴的散点图，所以理论上说所有能做散点图的工具都能画曼哈顿图。但是你想一想全基因组有多少 SNP，然后还要坐成能用来发表的酷炫 ...

蛋白质免疫印迹蛋白质免疫印迹（Western Blot，简称 WB）可以：1. 从蛋白质混合物中检出目标蛋白质；2. 定量或定性确定细胞或组织中蛋白质的表达情况；3. 用于蛋白质 - 蛋白质、蛋白质 - DNA、蛋白质 - RNA 相互作用后续分析。实验原理WB 是将蛋白质转移到膜上，然后利用抗体进行检测的方法。对已知表达蛋白，可用相应抗体作为一抗进行检测，对新基因的表达产物，可通过融合部分的抗体检测。与 Southern 或 Northern 杂交方法类似，但 WB 采用的是聚丙烯酰胺凝 ...

PCR 技术应用领域1. 检验感染性疾病是否处于隐性或亚临床状态；2. 有效检测癌基因的突变，准确检测癌基因的表达量；3. 临床应用于检测地中海贫血的基因突变。实验原理PCR 技术的基本原理类似于 DNA 的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR 由变性 -- 退火 -- 延伸三个基本反应步骤构成：模板 DNA 的变性：模板 DNA 经加热至 94 ℃ 左右一定时间后，使模板 DNA 双链或经 PCR 扩增形成的双链 DNA 解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应做准备；模板 D ...

Linux 系统是生物信息分析中必不可少的工具，它的作用就像 Windows 系统对于我们的日常工作那样：不需要深入到成为系统专家，但是基本操作必不可少。所以对于生物信息学的新手来说，没必要把《鸟叔的 Linux 私房菜》完全学完，那些用不着的部分完全可以跳过。以下就对生信分析中的 Linux 操作做一个简单的入门指导，告诉你这条路该如何走，入门技术需要掌握哪些内容。01生信的 Linux 之路要怎么走？生信的 Linux 之路大概分为三个阶段：1. 流畅使用 ...

免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。它可以：测定两种目标蛋白质是否在体内结合；确定一种特定蛋白质的新的作用搭档；分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。 实验原理当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质 X 的抗体免疫沉淀 X，那么与 X 在体内结合的蛋白质 Y 也能沉淀下来。目前多用精制的 ...

① Nature挑战长期观点：死去了还可以恢复大脑功能；② Nature发布“癌中之王”重要研究成果——发现关键蛋白；③Nature子刊：多个平台全面鉴定结构变异；④单基因突变与人类肥胖有关

质粒构建是分子生物学研究中最常用的实验技术。原理依赖于限制性核酸内切酶，DNA 连接酶和其他修饰酶的作用，分别对目的基因和载体 DNA 进行适当切割和修饰后，将二者连接在一起，再导入宿主细胞，实现目的基因在宿主细胞内的正确表达。质粒构建方式多样，常规的 T4 连接酶，以及最近更受欢迎的重组酶方式。下面小编就总结一下 T4 连接酶与重组酶构建质粒方法，通过比较，其最大的不同点可能在于目的基因的设计以及连接体系。 壹 一. T4 DNA Ligase 即 T4 DNA 连接酶， ...

免疫组化是门很复杂的学问，同时也是一场浩大的工程。在常规的生化实验当中，说它是最复杂的小实验也不为过，真正诠释了细节决定成败。当然，免疫组化的概念其实很大，本文所提及的只是免疫组化中的免疫荧光化学。 1 冰冻切片 or 石蜡切片免疫组织荧光，一定首选冰冻切片而非石蜡切片。两者的区别主要在于冰冻切片能较完整地保存抗原免疫活性，但组织结构会受到冰晶等的影响而变形，石蜡切片则相反。虽然石蜡切片可以做抗原修复，但是，它不是麻烦嘛！所以想 ...

还在为设计 PCR or qPCR 引物耗损脑细胞吗？还在为 P 不出条带而不断摸索条件费时费力吗？还在为 P 出了条带，but，有 N 条条带而纠结痛苦吗？下面，笔者将介绍一个神奇的网站，只有输入你想研究的基因名，就能找到合适的引物。PrimerBankPrimerBank 是一个 PCR 引物的公共数据库。 其引物可以用于 PCR 或 qPCR，共包含超过 306 800 个引物，涵盖大多数已知的人和小鼠基因。有几种方法可以搜索 PrimerBank 上的引物：GenBank 登录号，NCBI 蛋白质 ...

「亚细胞定位」已是高水平期刊对 lncRNA 研究的基本要求。一提到 lncRNA 定位，马上想到 FISH 的小伙伴肯定是学霸。今天推荐一个检索 LncRNA 亚细胞定位信息的专门网站。不卖关子，直接上链接，lncATLAS：http://lncatlas.crg.eu/。目前该网站已收集了经 GENCODE 注释的 6 700 余种 lncRNA，涵盖在人体 15 种细胞系中的定位信息。网站搜索很简单，刚一接触这个网站时，发现返回的图形化结果不好懂。我就 email 网站开发者，表达 ...

细胞划痕实验是一种简单易行的检测细胞运动的方法，实验成本低，可以用来检测贴壁生长肿瘤细胞的侵袭转移能力。 1 实验步骤实验材料：细胞样品实验仪器与耗材：6 孔板、marker 笔、直尺、枪头实验试剂：无血清培养基、PBS 2 实验操作准备：所有能灭菌的器械都要灭菌，直尺和 marker 笔在操作前紫外照射 30 min（超净台内）。先用 marker 笔在 6 孔板背后，用直尺比着，均匀得划横线，大约每隔 0.5～1 cm 一道，横穿过孔。每孔至少穿过 5 条线。在空中加入约 5X105 个细胞，具体数 ...

①Cell杂志最受关注的五篇文章（4月）；②解开中枢神经系统自身免疫性炎症谜团 Nature子刊发现关键的表观遗传机制；③对于不明原因的肝病，外显子组测序显神威；④PNAS发现一种阻止肿瘤细胞免疫逃避的新生物标志物

酶联免疫吸附（ELISA）可以：免疫酶染色各种细胞内成份的定位研究抗酶抗体的合成显现微量的免疫沉淀反应定量检测体液中抗原或抗体成份 01实验方法原理双抗体夹心法（常用于测定抗原）双抗体夹心法测抗原示意图用特异性抗体包被于固相载体，经洗涤后加入含有抗原之待测样品，如待检样品中有相应抗原存在，即可与包被于固相载体上的特异性抗体结合，经保温孵育洗涤后，即可加入酶标记特异性抗体，再经孵育洗涤后，加底物显色进行测定，底物降 ...

所谓实时荧光定量 PCR 技术，是指在 PCR 反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个 PCR 进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。 样品 RNA 的抽提步骤取冻存已裂解的细胞，室温放置 5 分钟使其完全溶解。两相分离 每 1 ml 的 TRIZOL 试剂裂解的样品中加入 0.2 ml 的氯仿，盖紧管盖。手动剧烈振荡管体 15 秒后，15 到 30 ℃ 孵育 2 到 3 分钟。4 ℃ 下 12 000 rpm 离心 15 分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相，中间层以及无色水相上层。RNA 全部被分配于水相中。水相上层的体积大 ...