手把手教你学会基因组本地比对

在自己拥有一个或者更多基因组的情况下，如何在这些基因组中找到自己想要的功能基因，这对于基因组分析来说，比较重要。而利用测序公司给我的功能注释结果，由于所用的注释的数据库的老旧等原因，往往在注释结果是很不准确的, 在很多实验室中公司给的功能注释结果都是不会用的。本地比对对于基因组基因功能分析来说显得尤为重要。

对于本地比对，首先是要在 NCBI 下载本队比对软件 blast，下载在这里就不多说，下载好就需要进行安装了，win 安装步骤如下：

安装流程：双击安装到 C:Blast，生成 bin 和 doc 两个子目录，其中 bin 是程序目录，doc 是文档目录，这样就安装完成，同时需要另建一个 db 文件。

用户环境变量设置：右键点击「我的电脑」- 属性，然后「高级系统设置」选项 -「环境变量」，在用户变量下方点击「新建」- 变量名：BLASTDB，变量值：C:Blastdb（即数据库路径）。在系统变量下方「Path」添加变量值：C:Blastin。

最后在你的电脑 C 盘就有一个 blast 的文件夹，里面包括 bin、db 以及 doc 三个子目录，如下：

安装好后就是对你的自己序列的处理了。自己序列可以是你在公司测的一段或者更多序列，也可以是自己在网上下载的功能基因序列，比如毒力基因、耐药基因序列等，在做本地比对过程中，公司给的序列一般都不需要做处理，而自己下载的需要将序列中的空格和回车键去掉，不然会影响比对，这个我一般是将序列复制到 word 上面，当然 wps 也好操作，然后点击替换，举例如下：

在查找内容处敲一个空格键，替换处不管，点全部替换，会显示有多少个空格键。

接下来是去回车键：

在查找内容出输入 ^p，就是按住 shift，然后按 6 键，最后在输入小写的 p，填好后点全部替换，所有的回车键就去掉了。

处理好自己的序列后，自己的序列需要保存为 txt 格式。切记多个基因可以放在一个文件里面，基因和基因之间是用回车键隔开的，如下：

最后需要将自己的序列文件放在 bin 文件里面，注意记住自己的命名，我举例命名为 zhongguo（中国）。

然后是建库，建库所用的序列往往是某些功能基因数据库下载的功能基因序列，比如细菌的耐药基因库，毒力基因库等，也可以是自己的基因组序列。这些都是直接把他们以 fasta 的格式放入 db 文件中就是了。也要记住名字，我举例的为 shijie（世界）。

最后就是比对了，首先是在电脑搜索处输入 cmd，然后打开 cmd 程序，如下：

输入命令，比对命令如下：

cd c:Blastdb

cd c:Blastdb>makeblastdb -in 建库名称. fasta -dbtype nucl -out 建库名称. fastadb

cd c:Blastin（将需要比对的序列复制粘贴进去）

cd c:Blastin>blastn -query 自己序列文件名称. txt -db 建库名称. fastadb –out 比对输出结果名称. txt

每一步复制上去后都要按回车键，命令输入号后，比对时间一般就是几秒钟，举例比对命令输入如下：

我举例中自己序列文件名称为 zhongguo，建库名称为 shijie，比对输出结果名称为 tuanjie。

最后在 bin 文件夹中去找自己命名的输出文件，我这里是 tuanjie，她是 txt 格式的，双击就可以打开了。我的比对结果如下：

详细的本地比对就这样了哦！