PCR引物设计

1 gttaaaaatc tatagagatg gacactatcg ccgcaagagc actcactgtg atgcgagcat61 gtgctacgct tcaagaggca agaattgtgt tggaagccaa tgtgatggaa attttgggga121 tagctatcaa taggtacaat ggactcactt tacgaggagt gacgatgcgc ccgacctcgt181 tagcacaaag aaatgagatg ttttttatgt gtt ...

我的课题涉及到CYP1A1的多态，从文献上（cancer res等级别的文章，而且重复的人挺多）查到它的一个MspI多态位点引物为5’-CAG TGA AGA GGT GTA GCC GCT-3＇和5’-TAG GAG TCT TGT CTC ATG CCT-3’，但我有扩增出了其他引物的条件都没有能扩增出这对引物的目标带，做梯度从48到65度都没有带出来。下面是所查的该引物的Blast的资料和该基因这个位点的基因序列资料，请高手帮忙分析一下到底这对引物可不可以扩 ...

tg tctgggtctt gcacaatgac119521 aatgggtccc tgtttttccc agaggctctt ttgttctgca gggattgaag acactccagt119581 cccacagtcc ccagctcccc tggggcaggg ttggcagaat ttcgacaaca catttttcca119641 ccctgactag gatgtgctcc tcatggcagc tgggaaccac tgtccaataa gggcctgggc ...

我的试验动物是猪，在网上查的HIF的基因不是全序列，对引物设计有影响吧，如果这样不能得到引物我该怎样办？我急用求高人指点LOCUS AY485675 569 bp mRNA linear MAM 23-DEC-2003DEFINITION Sus scrofa hypoxia-inducible factor 1 alpha mRNA, partial cds.ACCESSION AY485675VERSION AY485675.1 GI:40037189KEYWORDS .SOURCE ...

我设计的引物如下：上游引物加BamHI CGGGA TCCTGTCGCA CCAAATCGTA 73.3 62.6下游引物加 XbaIGCTCTA GACATATGCC ACCAGCAACT AACATG 70.4 65.6Two primers complementarity.Max complementarity in continuous: 4 bp, free energy= 0.20 Kcal/mol5'-GCTCTAGACATATGCCACCAGCAACTAACATG-3'||||3'-AT ...

请大家帮我评价我设计的引物，设计数次，总是感觉不满意，所以恳请大家顶力相助，我先谢谢大家了。我要克隆一个基因的一部分，sense DNA序列如下，383bp－638bp是我要扩增的目的基因，上下游多扩增15个bp关系不大，请指教。ccggcccgcg ccccgcaggc cgcccgccgc ccgcgccgcc atgggagtgg agggctgcac61 caagtgcatc aagtacctgc tcttcgtctt caatttcgtc ...

各位尊敬的大师兄:以下序列是人类某整段基因组DNA转录起始点上游2826BP长度片段,老板要我PCR出转录起始点上游1500BP片段,需要设计引物,我才开始做,希望各位高手赐教.小师妹不慎感激!!!1 tgacagaagg agaccctgtc tcaaaaataa taagaataat aattaataat aataggccaa61 accaaatacc catcaccttc tgctgtgcct cccctttccc caataaatcc agtg ...

cDNA sequence: unknownGenomic sequence: unknownBlat alignment:Length of cDNA: 5799Start in cDNA: 0End in cDNA: 5799Mismatches: 0Gaps in genomic Seq: 0 (introns included)Gaps in cDNA: 0Exon1_1: 966 bp,Product size 1081Exon1_2: 966 bp,NO PRIMERS FOUND. Trying new parameters!!!Exon1 ...

上游5-TCCGTAAAGACCTCTATGCC,下游引物5-GCTCAGTAACAGTCCGCCTA,大鼠b-actin内对照.原始基因如下:1: NM_012580. Reports Rattus norvegicus... LinksLOCUS NM_012580 1600 bp mRNA linear ROD 07-JUN-2005DEFINITION Rattus norvegicus heme oxygenase (decycling) 1 (Hmox1), mRNA.ACCESSI ...

LAMP引物设计的在线网站(http://primerexplorer.jp/e/)，只要导入靶基因就能自动生成成组引物。以某一微生物的鞭毛基因为例讲解一下LAMP相物设计的过程：首先单击浏览钮择靶基因序列文件，靶序列默认的是小于2 2 kbp。支持三个类型的文件，普通文本格式（仅含序列）, FASTA格式和GenBank 格式文件。第二，从下面个项中择定参数设定（引物设计条件条件。基于GC含量的自动判断, 起始的参数是特定的：如果GC含 ...

简并引物设计实际操作步骤 启因生物一、利用ncbi搜索不同物种中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系，不同的核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统，查找到一条相关序列即可。随后利用这一序列使用BLASTp(通过蛋白查蛋白)，在整个Nr数据库中中查找与之相似的氨基酸序列。二、对所找到的序列进行多序列比对 将搜索到的同一基因的不同 ...

PCR 引物设计及软件使用技巧摘要：本文旨在介绍使用软件设计PCR 引物的技巧。在PCR 引物设计原则的基础上，详细介绍了两种常用引物设计软件的基本使用方法，并对其各自的优缺点进行了比较。一般性引物自动搜索可采用“Premier Primer 5”软件，而引物的评价分析则可采用“Oligo 6”软件。关键词：PCR；引物设计中图分类号：Q524 文献标识码： 文章编号：1自从1985 年Karny Mullis 发明了聚合酶链式反应以来，PCR 技术已成为分子 ...

1 关于pcr 引物设计(王艳秋介绍)http://www.dxy.cn/bbs/user/download/649137/PCR引物设计.vip2 PCR引物设计的一些技巧http://www.dxy.cn/bbs/thread/10701443 PCR引物设计及软件使用技巧http://www.dxy.cn/bbs/thread/2446954因特网上免费在线PCR引物设计介绍http://www.dxy.cn/bbs/user/dow ...

寡核苷酸的优化设计郑仲承( 中国科学院上海生命科学院生物化学和细胞生物学研究所，上海 200031 )在核酸分子杂交、DNA序列测定和通过PCR放大DNA片段等实验中，都需要使用寡核苷酸作为探针或引物，而对这些反应的质量起最重要影响作用的，就是这些寡核苷酸探针或引物。用优化的寡核苷酸进行实验能够很快得到好的结果，而用不够合适的寡核苷酸时，常常得出似是而非的结果，不仅大大增加了后续实验的工作量，还可能一无所获。怎样优化设计 ...

PCR 引物设计及软件使用技巧自从1985 年Karny Mullis 发明了聚合酶链式反应以来，PCR 技术已成为分子生物学研究中使用最多、最广泛的手段之一，而引物设计是PCR 技术中至关重要的一环。使用不合适的PCR 引物容易导致实验失败：表现为扩增出目的带之外的多条带（如形成引物二聚体带），不出带或出带很弱，等等。现在PCR 引物设计大都通过计算机软件进行。可以直接提交模板序列到特定网页，得到设计好的引物，也可以在本地计算机上运行引物 ...

我的题目是鸡Mx基因的克隆，我的策略是先根据该基因家族(dynamin family)的氨基酸保守区设计简并引物克隆出该基因cDNA的部分片段，然后根据该片段序列设计基因特异性引物，利用RACE技术得到cDNA的3‘和5’末端，然后根据末端序列设计引物扩增出该基因全长cDNA.我用简并引物从鸡cDNA中扩增出一个片段，约250bp, 测序后拿来BLAST时却发现，与之同源性最高的并不是其它的Mx基因，而是人的某一个基因 ...

PCR 引物设计及软件使用技巧张新宇，朱有康，高燕宁（中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所，北京100021）摘要：本文旨在介绍使用软件设计PCR 引物的技巧。在PCR 引物设计原则的基础上，详细介绍了两种常用引物设计软件的基本使用方法，并对其各自的优缺点进行了比较。一般性引物自动搜索可采用“Premier Primer 5”软件，而引物的评价分析则可采用“Oligo 6”软件。关键词：PCR；引物设计中图分类号：Q524 文献标识码： 文章编 ...

Methods in Molecular Biology vol.687 Park D.J. (ed.) PCR Protocols Chapter 5PART II ：Cloning and SequencingCODEHOP PCR and CODEHOP PCR Primer DesignJeannette P. Staheli, Richard Boyce, Dina Kovarik,and Timothy M. RoseAbstractWhile PCR primer design for the amplification of known seq ...

引物序列的特异性是决定PCR特异性扩增的主要因素。现在我们常用引物设计软件来进行引物设计，但如注意到以下条件将会事半而功倍：1.引物长度在15～30 bp为佳，过长的引物与模板复性杂交速率减慢，降低扩增效率，过短则会降低特异性。2.引物内部不应形成二级结构，两引物之间不能互补。3.碱基应随机分布，（G+C）%最佳含量在45%～55%，应避免4个以上的相同碱基排列。4.引物3’端和模板的碱基最好完全配对，而引物3’端最后5～6个核 ...

不知不觉几年下来自己也快毕业了，感谢丁香园这些年来的帮助。没有什么可回报的东西，就发个帖教教新人如何设计引物吧，尽量做到手把手的教，图文并茂。引物设计的帖子不少，以前很多战友会推荐Oligo、PrimerPremier、DNA man等等软件。这些软件设计完最后还是要去BLAST比对下，所以我教大家一种易懂实用的在线设计方法，觉得好的话请投个票。就以人的PTEN基因为例，首先你要找到他的基因序列，如果你要用的是cD ...