RNA试验基础

月亮欣 miRNA 在同一个靶基因上有两个作用位点，两个位点相距100bp左右，想请问各位战友，这种情况下，做靶位点的缺失和突变的话是不是两个地方都要做呀，如果只做一个的话，是不是说明不了问题，但是如果两个位点全部做突变的话，有可推荐的好方法没，谢谢freecell Refer to this paper:http://www.plosbiology.org/article/info:doi/10.1371/journal.pbio.0020 ...

ouwenwang 问下：我知道罔崎片段上的引物是要切除的，那先导链复制时不是也需要RNA引物的么？复制完成后切除么？如果切除了岂不是新合成链的5端少了一小段？ouwenwang 为什么我看课本上画的示意图的意思好像是先导链复制完了根本就不短啊，只说随从链复制完成后5端要短一些，要用端粒酶补齐的？freecell 先导链的合成是从新链5'端连续聚合单核苷酸，模板的方向是3'到5'。哈佛大学网站有个动画，很形象。http://w ...

veer2 急问，怎样才能使前体miRNA 主要表达 star miRNA (miRNundefined)在下正在作star miRNA 的研究，想把前体miRNA 克隆到载体，然后表达成熟miRNA，但有一个问题，怎样才能使前体miRNA 主要产物为star miRNA (miRNundefined)呢，或者说怎样才能构建主要表达star miRNA (miRNundefined)的克隆呢，先谢谢了freecell My suggestion is using antisense inhibitor to block the domina ...

lantianshi 想找一些转录因子的归类方面的相关资料，比如各种转录因子的DNA结合区的特征，结合区的序列，不知道有没有什么数据库什么的？我在分子生物学上看过一点，但是数量比较少。我是因为找到一个基因启动序列上面的很多的转录因子的结合，我只能一个一个查找这些转录因子是什么吗？yaoliduli82 我也想请教这方面的问题lantianshi 顶一下，看是否有回答sunpingli ：转录因子结合位点(Transcrip ...

kexuely 各位：我在园里里溜达了一下，基本没发现做植物miRNA的。我是做植物的，拟南芥和大豆。我查到的文献中从没见过植物中miRNA的knockout和knockdown，我想请各位讨论一下原因。先说说我的观点,因为对动物几乎很无知，说的可能不靠谱，敬请批评指正：首先说动物里miRNA的knockout和knockdown的方法，基因组水平的可能还是07年那个基因敲除的小鼠，用的是基因重组的原理，其他的像L ...

gingerdaming 做miRNA的报告基因，用的是miRNA mimics 和miRNA inhibitor转染.结果与对照相比，荧光强度miRNA mimics 对照〉miRNA inhibitor。本人第一次做双报告，望指教！jiachengyou2007 　　结果与想要的正好相反。　　请问你的荧光强度相差多少？建议下次再提问时把问题说得清楚一点。别人更容易直接回答。　　gingerdaming 不好意思，mimics的荧光强度约是对照的1.5倍，对照 ...

zhujoker 2篇文章，美国人做的。1.The Oncogenic microRNA-27a Targets Genes That Regulate Specificity Protein Transcription Factors and the G2-M Checkpoint in MDA-MB-231 Breast Cancer Cells。2.Oncogenic microRNA-27a is a target for anticancer agent methyl 2-cyano-3,11-dioxo-18b-o ...

skmaple 本人最近正在做：一个蛋白A是否可以与一个基因B的启动子区域结合，并且上调B启动子的活性。现在的问题是A蛋白经验证是存在于细胞内（胞浆及胞核）的一种蛋白，那么我在研究A蛋白是否可以结合到B的启动子区域并且增强B启动子的活性的时候，是否需要外源性转染构建的携有A的真核表达载体？还是说选用一个天然不表达A蛋白的细胞，然后再外源性转染携有A的真核表达载体？还是说细胞本身就表达A蛋白，这个时候就不需要外源 ...

allshine 各位目前有没有工具能够针对某一特定片段（3'UTR）预测与其作用的microRNA？因为我最近在做3'UTR上的一个突变，想确认这个点突变是否会引入一个新的microRNA作用靶点，而常用的预测软件好像都是针对一个大的基因或者microRNA来进行预测的，所以如果有战友以往有过类似的经验的话请指教。谢谢zhujoker 这个软件倒是真的没有见过，不过你可以把你的序列用RNA22这个软件和一些你认为 ...

sunji 我想知道microRNA 前的序列应该怎么查望高人指点zhujoker 就在版块上有一个“如何查找pre-miRNA上下游的序列？”既然上下游都可以，你为什么还要来一个上游怎么查？学习不要只到达目的，而在于你的学习过程。请见下面帖子，可能会对你有帮助的。http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=154&id=15429796&sty=1&tpg=1&age=0vitrogene 找个找到pre-mi ...

haichao 从构建的表达文库中，通过DNA-protein互做调转录因子时，测序得到的片段如何进行分析确认是我想要的转录因子？因为我将得到的转录因子是未知的东西，所以对于拿回的测序结果很茫然不知如何去分析?请高手指点。小长 请问您是用酵母单杂交的方法拿到的蛋白吗？是否可以找到这个蛋白的基因序列？拿到蛋白测序结果后，当然是blast一下是否有同源蛋白？那些同源蛋白是否有转录因子？如果这样都没有结果，可以拿蛋白序列做 ...

dreamlj200 RT，因为初涉该领域，总是搞不清，有时编号不同的microRNA又来自一个家族，哪位大侠能够给提供一个地址查阅，谢谢zhujoker microRNA各家族具体组成还没有相应的数据库，但是microRNA家族目前的定义是种子序列相同的miRNA为一个家族，所以常常我们看到一个microRNA家族是来自于不同染色体的原因！jiachengyou2007 http://www.targetscan.org ...

zhanglei0620202 :?)线粒体中的RNA是否可以到细胞质中或细胞膜中发挥调控功能或编码蛋白，有哪位达人做这方面的，关心过这方面，请指点迷津。freecell 线粒体含有少量的DNA和RNA，具有半自主性(能合成一部分蛋白质和酶)。其RNA可能只有在非正常生理状态或者病理状态下发生线粒体膜通透的情况下，才有可能进入胞质。个人观点，没有任何理论依据，仅供参考。zhanglei0620202 谢谢楼上的，我现在想找这 ...

guyan217 A能上调B基因，针对A基因设计了两条shRNA（1 和 2，分别针对ORF 和3'UTR ），都能有效敲低A基因（qpcr结果，引物扩增的是orf区），那么B基因理应都下调, 但是结果却只发现shRNA1转染的细胞B基因下调，shRNA2转染的细胞中没有变化。有经验的战友帮忙分析一下吧！zhujoker 机体是一个有缓冲能力的机体，不是说这个变化就一定能够引起另外一个变化，就如我们的血液一样，喝点醋不会说血液就成酸性了。A ...

吴佰霖 版主说： 应该是“肉眼可辨”.实验室看到一个现象，合成miRNA是目的蛋白出现肉眼可辩的下降（WB），但是稳定转染pcDNA－miRNA，目的蛋白没下降了，是不是两者发挥功能的方式不一致呢？zhujoker 有一个问题不知道你事先real-time验证你的miRNA表达没有？如果验证了，那么你在做稳转时你应该多挑几个单克隆，看看那个miRNA表达高，而相应的目的蛋白WB下降又比较厉害，这样你的后续实验才有代表性。还有一 ...

biowind 找公司做real-time PCR验证miRNA，报告上两个RNA浓度差不多样品编号 OD260 OD280 OD260 / OD280 OD260 / OD230 浓度（ng / µl）1 41.511 20.442 2.03 2.29 1660.452 34.937 16.922 2.06 2.08 1397.47但U6内参Ct值相差4左右，1号为16左右，2号为11左右要说明的是，1号和2号都是取得小鼠脑组织，虽然一号小鼠是某基因敲除的，但基本上生理功能都不受什么影响的，总不能真的体内 ...

吴佰霖 判断miRNA靶基因的标准是否有文献报道不外乎为三种实验1.报告基因2. 瞬时转染miRNA mimics或inhibitor3. 稳定转染但是在蛋白水平上，靶基因该下降多少？miRNA mimics用量多少才出现下降，才好判断？zhujoker 主要遵循以下几个常用原则: (ⅰ) miRNA与其靶位点的互补性; (ⅱ) miRNA靶位点在不同物种之间的保守性; (ⅲ) miRNA-mRNA双链之间的热稳定性; (ⅳ) miRNA靶位点处不应有复杂二级结构; (ⅴ) miR ...

王12345 怎样找到调节基因的预测miRNA，那个网址王12345 比如要找调节ICAM-2的预测miRNA怎样找，那个网址？zhujoker http://www.targetscan.org/这个网址是可以的。你直接把你的ICAM-2输入进去即可。chentielin www.microRNA.org本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号：shixio ...

505twd Taqman-based microRNA assays具体是什么实验方法？是什么时候出的？现在应该在哪里？要求什么实验条件啊？哪里可以做呢？拜托各位大侠了zhujoker 具体请参考下面这篇文章：Real-time quantification of microRNAs by stem–loop RT–PCR学习要自己慢慢看，什么都告诉你谁都可以做啊。freecell The basis of TaqMan® MicroRNA Assays is a target-sp ...

丁香果 请问miRNA表达载体与luciferase载体共转，分别用哪个载体比较好？之前用软件预测到多个可调控靶序列的miRNA，现在想要确定究竟是哪个真的有作用，构建miRNA表达载体又比较费时，有买过miRNA表达载体能否可以推荐一下?zhujoker miRNA表达载体文献上报道的是比较多，现在主要趋向于用慢病毒载体来表达miRNA。如果你需要直接买已经构建好的的miRNA表达质粒，这是很贵的，几乎都是慢病毒 ...