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        【求助】有没有工具能够针对某一特定片段(3'UTR)预测与其作用的microRNA

        丁香园论坛

        1377
        各位

        目前有没有工具能够针对某一特定片段(3'UTR)预测与其作用的microRNA?因为我最近在做3'UTR上的一个突变,想确认这个点突变是否会引入一个新的microRNA作用靶点,而常用的预测软件好像都是针对一个大的基因或者microRNA来进行预测的,所以如果有战友以往有过类似的经验的话请指教。

        谢谢
        这个软件倒是真的没有见过,不过你可以把你的序列用RNA22这个软件和一些你认为可能的miRNA预测一下,不过话又说回来,软件预测只是局限于预测,到底有没有你又怎么知道呢,说不定你的突变真的会引起很大的变化,但是在相同的情况下,你共转染你的突变以及3'UTR上的一个突变,到底这2个之间有没有功能还是比较清楚的,所以再预测也只是一种心理安慰。
        个人观点,仅供参考!
        你是说需要一个stand alone的工具,而不是pre-computed的结果吧?
        一般的miRNA target预测工具需要考虑保守性因素,这些信息很难集成到stand alone的工具里面,加上miRNA本身数量也是有限的,所以一般都是给你一个算好的dataset

        可以直接计算的,我知道有miRanda和PITA。miRanda是老牌的target预测工具了(miRBase那个组做的),标准的流程也是需要保守性信息的,不过你可以不用,直接对你的sequence做预测。PITA是07年出的,主要考虑的target区域的二级结构,不引入保守性信息。

        由你的工作背景,可以想到的可能性有:1、点突变产生了一个新的Seed match区域;2、点突变导致局部RNA二级结构的变化。因此我觉得PITA可能会比较适合你的需要,并且在我的工作里面,PITA确实比miRanda效果要好。

        当然,如楼上说的,最终还是用实验鉴定才是可靠的。
        mirbase就可以输入UTR序列预测
        试试这几个网站,应该都不错的!
        学习了
        学习了~
        miRanda
        请问现在进展如何?可以根据3'utr预测microRNA 吗?
        可以,我们提供免费的预测服务,有兴趣可加qq,278554639

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

        师兄微信号:shixiongcoming

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