RNA实验技术

简繁 小鼠有三个串联的骨钙素（BGP，或OC）基因OG1、OG2、ORG，其中OG1和OG2在骨中表达，其基因序列高度同源但不完全一致，产物mRNA及蛋白亦稍有序列差别。但是看文献中的骨钙素mRNA 的RT-PCR检测，均不提引物根据哪个基因设计；蛋白水平的检测亦不区分BGP1和BGP2，市面的小鼠骨钙素放免或酶免试剂盒亦笼统一用。请教：我要做小鼠源成骨细胞的BGP RNAi，该以哪个基因为靶基因？随便选其中一个还是两个都照 ...

haichao 从构建的表达文库中，通过DNA-protein互做调转录因子时，测序得到的片段如何进行分析确认是我想要的转录因子？因为我将得到的转录因子是未知的东西，所以对于拿回的测序结果很茫然不知如何去分析?请高手指点。小长 请问您是用酵母单杂交的方法拿到的蛋白吗？是否可以找到这个蛋白的基因序列？拿到蛋白测序结果后，当然是blast一下是否有同源蛋白？那些同源蛋白是否有转录因子？如果这样都没有结果，可以拿蛋白序列做 ...

dreamlj200 RT，因为初涉该领域，总是搞不清，有时编号不同的microRNA又来自一个家族，哪位大侠能够给提供一个地址查阅，谢谢zhujoker microRNA各家族具体组成还没有相应的数据库，但是microRNA家族目前的定义是种子序列相同的miRNA为一个家族，所以常常我们看到一个microRNA家族是来自于不同染色体的原因！jiachengyou2007 http://www.targetscan.org ...

zhanglei0620202 :?)线粒体中的RNA是否可以到细胞质中或细胞膜中发挥调控功能或编码蛋白，有哪位达人做这方面的，关心过这方面，请指点迷津。freecell 线粒体含有少量的DNA和RNA，具有半自主性(能合成一部分蛋白质和酶)。其RNA可能只有在非正常生理状态或者病理状态下发生线粒体膜通透的情况下，才有可能进入胞质。个人观点，没有任何理论依据，仅供参考。zhanglei0620202 谢谢楼上的，我现在想找这 ...

guyan217 A能上调B基因，针对A基因设计了两条shRNA（1 和 2，分别针对ORF 和3'UTR ），都能有效敲低A基因（qpcr结果，引物扩增的是orf区），那么B基因理应都下调, 但是结果却只发现shRNA1转染的细胞B基因下调，shRNA2转染的细胞中没有变化。有经验的战友帮忙分析一下吧！zhujoker 机体是一个有缓冲能力的机体，不是说这个变化就一定能够引起另外一个变化，就如我们的血液一样，喝点醋不会说血液就成酸性了。A ...

吴佰霖 版主说： 应该是“肉眼可辨”.实验室看到一个现象，合成miRNA是目的蛋白出现肉眼可辩的下降（WB），但是稳定转染pcDNA－miRNA，目的蛋白没下降了，是不是两者发挥功能的方式不一致呢？zhujoker 有一个问题不知道你事先real-time验证你的miRNA表达没有？如果验证了，那么你在做稳转时你应该多挑几个单克隆，看看那个miRNA表达高，而相应的目的蛋白WB下降又比较厉害，这样你的后续实验才有代表性。还有一 ...

biowind 找公司做real-time PCR验证miRNA，报告上两个RNA浓度差不多样品编号 OD260 OD280 OD260 / OD280 OD260 / OD230 浓度（ng / µl）1 41.511 20.442 2.03 2.29 1660.452 34.937 16.922 2.06 2.08 1397.47但U6内参Ct值相差4左右，1号为16左右，2号为11左右要说明的是，1号和2号都是取得小鼠脑组织，虽然一号小鼠是某基因敲除的，但基本上生理功能都不受什么影响的，总不能真的体内 ...

吴佰霖 判断miRNA靶基因的标准是否有文献报道不外乎为三种实验1.报告基因2. 瞬时转染miRNA mimics或inhibitor3. 稳定转染但是在蛋白水平上，靶基因该下降多少？miRNA mimics用量多少才出现下降，才好判断？zhujoker 主要遵循以下几个常用原则: (ⅰ) miRNA与其靶位点的互补性; (ⅱ) miRNA靶位点在不同物种之间的保守性; (ⅲ) miRNA-mRNA双链之间的热稳定性; (ⅳ) miRNA靶位点处不应有复杂二级结构; (ⅴ) miR ...

王12345 怎样找到调节基因的预测miRNA，那个网址王12345 比如要找调节ICAM-2的预测miRNA怎样找，那个网址？zhujoker http://www.targetscan.org/这个网址是可以的。你直接把你的ICAM-2输入进去即可。chentielin www.microRNA.org本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号：shixio ...

huiguijimo 请问采用脂质体转染siRNA干扰链时，为什么要用无血清的培养基因稀释干扰链？在用该干扰链处理细胞时，培养细胞用的培养基也要用无血清的培养基吗？这样长时间（48小时或者更长时间）会对细胞造成损害吧。。。请问各位，用脂质体转染细胞时具体应该怎样操作？bio_vector huiguijimo wrote:请问采用脂质体转染siRNA干扰链时，为什么要用无血清的培养基因稀释干扰链？在用该干扰链处理细胞时，培养 ...

505twd Taqman-based microRNA assays具体是什么实验方法？是什么时候出的？现在应该在哪里？要求什么实验条件啊？哪里可以做呢？拜托各位大侠了zhujoker 具体请参考下面这篇文章：Real-time quantification of microRNAs by stem–loop RT–PCR学习要自己慢慢看，什么都告诉你谁都可以做啊。freecell The basis of TaqMan® MicroRNA Assays is a target-sp ...

丁香果 请问miRNA表达载体与luciferase载体共转，分别用哪个载体比较好？之前用软件预测到多个可调控靶序列的miRNA，现在想要确定究竟是哪个真的有作用，构建miRNA表达载体又比较费时，有买过miRNA表达载体能否可以推荐一下?zhujoker miRNA表达载体文献上报道的是比较多，现在主要趋向于用慢病毒载体来表达miRNA。如果你需要直接买已经构建好的的miRNA表达质粒，这是很贵的，几乎都是慢病毒 ...

gingerdaming 自己看的文章基本上都是miRNA调控靶基因，那么miRNA的表达在特定组织特定时间的增高或降低，应该也受表观遗传的调控，本人看这方面的东西比较少，我现在想专注一个miR的变化，其上游和下游都想关注。下游的在准备做了，上游调控miR的方法有哪位大虾有相关经验或者文献的？能不能分享一下，谢谢！freecell http://www.sciencedirect.com/science?_ob=Artic ...

gingerdaming 想做个关于miRNA的报告基因，打算请公司和成mimic miRNA转入细胞！请问各位高手，有哪个公司和成的这个比较好？需要自己做什么？新手上路，谢谢！zhujoker 这种问题你问一下公司就行了啊。需要你做什么啊？什么都不需要。如果说哪儿的好呢？到是可以问问大家合成过的。我推荐一个吧，就是dharmacon公司的，比较全面，也比较专业化。效果不错。gingerdaming 谢谢啦！clion007 我们有一 ...

xiaonongchang 最近MiRNA芯片检测已经结束，公司根据“The threshold value we used to screen Up and Down regulated miRNAs is Fold Change=1.3 and Fold Change2.0或1-fold in human ovarian cancer versus normal ovary”，是不是说达到1倍以上都可以定义为芯片意义上的差异？请高手指点。freecell This presentation may give you some ...

youxiaohan99 　你好，我想请教一个问题。我是做大鼠物种的，选择了在文献报道与这种疾病状态相关的几十种miRNA做real timePCR,可是看别人都是先用芯片筛选，然后用real timePCR验证，我这样会不会丢失很多数据，对后面要做的功能研究会不会有影响？我是否有必要做芯片？还有芯片的重复性好不好，一般要做几次重复？哪家公司的芯片做得比较好又实惠？因为real timePCR已经花了很多钱。谢谢！bob0408 变 ...

王12345 怎样预测microRNA的目标基因（目标蛋白），用什么方法？freecell http://scholar.google.com/scholar?q=microrna+target+prediction&hl=en&btnG=Searchtracy22 http://www.targetscan.org/vert_40/ ，非常经典的预测microRNA靶基因的网站hokman 现在的预测技术还不成熟，不同软件出来的结果相差很大 ...

wanglinling 近年来的研究表明，将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(PTGS)被称为RNA干扰（RNAi）。通过构建RNAi表达载体制备shRNA(发卡结构小干扰RNA)，已成为进行RNA干扰实验的常用手段之一。 而目前为了感染原代细胞和难感染的细胞系或者在动物水平进行RNAi，研究科学家更 ...

allwish 请问有人去过这个miRNA的第一期培训班吗？不知道质量如何http://tong.dxy.cn/upload/2009/LAND/index.html坏才不遇 我也想知道 啊wshuangwei2005 这里有个他们上期举办的培训班，里边好像有些人报过名。或许可以询问下，吼吼。祝好运http://www.dxy.cn/bbs/thread/13837221kiki2009 贼贵的，期待所有资料！本文由丁香园论坛提供，想了解更多 ...

alterego 查阅了很多文献，结果把自己越搞越糊涂了因为是做阳离子的复合载体，主要是用PEI进行siRNA的静电吸附，PEI经过修饰之后，氨基有所变化，已经通过化学的比色法进行残余氨基测定，可以确定氨基残基（N）的mol数但是每个mol的21nt的双链siRNA（19对RNA，undefined2个嵌合DNA，很经典的搭配）中磷酸集团（P）应该算成几个mol呢？查阅了许多类似的siRNA文献，都没有正面说这个问题。DNA的东西貌 ...