DNA 实验

由 Taq DNA 聚合酶 PCR 扩增产生的带 3' 突出端为 A 碱基的 DNA 片段能高效地克隆至 T 载体上，这种 T 载体有与 A 碱基互补的未配对 3' T 碱基（Holton and Graham 1991; Marchuk et al. 1991)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

靶基因经 PCR 扩增，样品进行必要的纯化回收后，接下来用平末端进行连接克隆也是分子生物学实验中常规采用的技术路线，实验一般利用噬菌体 T4 DNA 聚合酶等补平扩增 DNA 片段的末端（Weiner 1993; Chuang et al. 1995)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

PCR 反应结束后，从扩增 DNA 产物中去除扩增反应残余下来的寡核苷酸引物，引物二聚体及 dNTP 是非常必要的。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

从哺乳动物细胞、酵母或细菌分离的染色体 DNA 在琼脂糖栓中可用所需的内切酶消化。低熔点琼脂糖栓的孔足以使内切酶进入，与作为底物的基因组 DNA 相作用。消化后，经 PFGE 分离，然后回收或做 Southern 印迹分析。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

Southern 杂交获得的信号强度取决于若干因素，包括固定的 DNA 与探针互补的比例、探针的大小及特异活性以及转移到膜上的基因组 DNA 的数量。在最佳条件下，这种方法的敏感度足以检测到与 32P 标记的高度特异（>109 cpm/μg）的探针互补的<0.1 pg 的 DNA。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

这个方法将乙二醛变性和琼脂糖凝胶电泳结合了起来（从 McMaster 和 Carmichael (1977), Thomas(1983) 的方法修改而来）。RNA 的自动乙二醛化、溴化乙锭染色及电泳缓冲液的修改由 Burnett (1977）提供。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

三种不同的核酸酶——S1 核酸酶、RNA 酶、外切核酸酶Ⅶ被用来进行 RNA 定量，确定内含子位置，以及用来鉴定在克隆的 DNA 模板上的 mRNA 的 5' 端和 3' 端的位置。当检测 RNA 被杂交到 DNA 模板上时，用核酸酶 S1 进行保护试验的分析；当检测 RNA 被杂交到来自 DNA 模板的 RNA 上时用 RNA 酶。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

点杂交和狭线杂交技术（Kafatos et al. 1979) 用于在同一固相支持物（通常为带电荷的尼龙膜）上固定几种核酸样品，然后用合适的探针与已固定的样品杂交，并由此判断靶序列的浓度。通过估计样品点发射出的信号的强度，与已知浓度的标准品信号强度 进行比较，确定待测样品中靶序列的量。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

转移并固定到膜上的 RNA 样品可以与特异的探针杂交，从而用来对所感兴趣的 RNA 进行定位。视实验人员和条件的差异，可以从多种方法中选择任意一种来标记和检测探针。用抑制非特异吸收探针的封闭试剂处理膜之后，在适于探针和固定的靶 RNA 杂交的条件下将膜同探针孵育，而后广泛洗膜以去除非特异结合的探针，最终在膜上产生 一个紧密结合探针的影像分布。分析了杂交结果之后，探针可以从膜上洗去，膜可重复使用于下

多数情况下，为检测特定的靶 mRNA，需先将 RNA 通过琼脂糖电泳分离后，再从胶上转移到二维支持物上，（通常用尼龙膜)，再与持异的标记探针杂交。正如在 Nonhem 杂交中讨论的情况，实验者可采用多种试剂和膜用于 RNA 的转移以达到 RNA 和膜紧密结合的效果。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

与琼脂糖凝胶不同，聚丙烯酰胺凝胶灌制时不能加入溴化乙锭，因为此染料会影响丙烯酰胺的聚合。然而，电泳后可用溴化乙锭进行聚丙烯酰胺凝胶的染色。由于聚丙烯酰胺会猝灭溴化乙锭的荧光，所以检测 DNA 的灵敏度降低。电泳后也可用核酸染料SYBR Gold ( Molecular Probes) 进行聚丙烯酰胺凝胶的染色。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

同 Chomczynski 和 Sacchi 两人于 1987 年报道的 RNA 快速提取法一样，这种方法包括用含异硫氰酸胍和酚的一种单相液来裂解细胞。加入氯仿产生了第二相（有机相），DNA 和蛋白质在有机相中被抽提，RNA 则被留在上层水相中。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

低熔点琼脂糖切片中的 DNA 首先通过电泳浓缩进入高百分比琼脂糖凝胶中，然后用琼脂糖酶处理而分离。最终 DNA 制备通过微透析纯化。这种方法在把分离的 DNA 注入小鼠受精卵（Schedl et al. 1993) 或转染鼠胚胎干细胞（Choi et al. 1993) 时是非常有效的。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

这一程序改自最先由 Daryl Stafford 及其同事描述的方法（Blin and Stanfford 1976)。 当需要大量哺乳动物 DNA，如用于 Somhern 杂交或者用噬菌体 λ 载体构建基因组文库时，应选用这一方法。从 5X107 培养的非整倍体细胞 ( 如 HeLa 细胞）中可获得大约 200 μg，长度为 100~150 kb 的哺乳动物DNA。本实验来源「分子克隆实验指南第

本方案是 Kupiec 等所述方法（1987) 的改良版本，包括用蛋白酶 K 消化细胞和组织，用高浓度甲酰胺分离 DNA-蛋白质复合物（染色质用火棉胶袋充分透析去除蛋白酶和有机溶剂等过程。甲酰胺是一种离子化溶剂，能分离蛋白质-DNA 复合物并使蛋白变性和释放，但他并不明显影响蛋白酶 K 的活性。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

本方法由 Bowtell 法（1987) 改进而成，可同时从许多不同细胞或者组织样品中制备 DNA。本方案中的主要步骤包括将 DNA 沉淀在细胞裂解液和乙醇的交界面上，接着将沉淀的 DNA 缠绕到一个 Shepherd 氏钩上。缠在钩上的 DNA 从乙醇溶液中转出溶于所选择的液体缓冲液。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

根据该方案制备的酵母 DNA 可以用作 PCR 反应的模板。在 E. coli 和 Saccharomyces cerevisiae 中均能复制的穿梭质粒也可以从酵母中提取，并且可以用于转化 E. coli。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

制备基因组 DNA 样品首先要经过一种或多种限制性内切核酸酶的消化，消化后的片段在标准的琼脂糖凝胶上经电泳按照大小进行分离。DNA 经过原位变性后，从凝胶上转移到固相支持物上（通常为尼龙膜或者硝酸纤维素膜）。DNA 片段在向膜转移的过 程中被保留于相应的位置。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

本方案由 Ramirez-solis 等的方法 1992，1993 改进而成，是一种从微培养板的每个孔生长的真核细胞抽提基因组 DNA 的简便有效的方法。每个孔产生的基因组 DNA 足以做数次聚合酶链反应（PCR) 或者一次 Southern 杂交。对于制备用于 PCR 反应的基因组 DNA 的最佳方法。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

这一简单的实验方案在成百上千的实验室被广泛应用于转基因或基因剔除小鼠的基因型鉴定以及从小量培养的细胞或组织块中提取 DNA。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。