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- RIC-seq是一种能在细胞原位水平上捕获RNA高级结构及分子之间相互作用位点的新技术。RIC-seq能够对细胞中mRNA和非编码RNA的构象和组织规律，绘制全基因组增强子-启动子调控网络图谱，并阐明增强子激活癌基因转录的新机制。
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- 2025年12月31日
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表观生物
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RIC-seq测序服务
●项目简介
RIC-seq（RNA In situ conformation sequencing）是一种能在细胞原位水平上捕获RNA高级结构及分子之间相互作用位点的新技术。RIC-seq能够对细胞中mRNA和非编码RNA的构象和组织规律，绘制全基因组增强子-启动子调控网络图谱，并阐明增强子激活癌基因转录的新机制。利用 RIC-seq 技术还可系统分析重大疾病相关突变对 RNA 高级结构和作用靶标的影响，这将有望揭示非编码区突变的致病机理，并为临床诊断和治疗奠定基础。
●技术原理
RIC-seq技术的基本流程是对细胞进行甲醛交联以固定蛋白质介导的RNA-RNA原位相互作用，之后在保持细胞完整性的情况下进行膜穿孔，并利用微球菌核酸酶处理以去除游离的RNA片段；然后在RNA的3'末端进行pCp-biotin标记并在原位进行近端连接；最后，裂解细胞，提取总RNA，纯化含有C-biotin标记的嵌合体RNA片段进行建库测序。
●技术应用
1.鉴定细胞核内rna-rna相互作用
2.系统分析核内非编码RNA的高级结构和作用靶标
3.绘制RNA分子高级结构
4.构建RNA三维作用图谱
5.揭示非编码区突变的致病机理
●分析内容
基础分析
1. 序列比对分析
2. RNA表达分析及互作频率排序
3. 构建互作组矩阵
4. 增强子-启动子调控网络构建
5. 差异互作关系分析
高级分析
1. 差异互作与差异表达基因关联分析
2. 差异互作区域或差异互作RNA与GWAS关联分析
3. 三维基因组调控网络图绘制
4. 特定RNA 分子高级结构绘制
●送样要求
样本类型：活细胞，≥1×107个细胞/样本
样本物种：仅限人、大小鼠，其他物种需评估
●应用案例：
Cai Z, et al. Nature, 2020. RIC-seq技术绘制细胞内RNA-RNA的原位三维作用图谱[1]
RIC-seq技术发现增强子和启动子非编码RNA之间的相互作用，可用于推断其调控网络，并详细解析超级增强子lncRNA CCAT1-5L与RNA结合蛋白hnRNPK、MYC启动子和增强子RNA结合以改变染色质构象，进而调控癌基因MYC转录的新机制。该技术不仅检测RNA的高级结构，而可鉴定各类非编码RNA的作用靶标，为后续深入研究非编码RNA及其功能性提供全新的新技术。此外，该技术可以应用于病毒RNA的结构与靶标的研究。
1. 捕获rRNA和lncRNA的3D结构
2.全局RNA互作图谱
3. 增强子-启动子RNA相互作用图谱
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- 作者
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文献和实验[1] Cai Z, Cao CC, Ji L. et al. RIC-seq for global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions. Nature,2020, 582, 432-437.
SLAM-seq—RNA合成及降解代谢动力学分析，基因动态表达研究的首选 基因表达是一个动态的过程，取决于细胞内环境的稳态以及对环境的适应性，基因信息调控的转变可能会导致人类疾病的发生。这些基本生物学进程的背后是一个非常精密的分子调控事件，它们控制着RNA转录，加工和降解相关的动力学（图1）。了解基因调控的分子基础需要以转录特异性和系统的方式深入了解RNA合成和降解相关动力学。但是，对于常规的RNAseq，我们只能获得终点水平的RNAs丰度信息，无法区分及定量新合成的新生RNAs水平
相关专题 miRNA RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比RNA我们早前设想的更为重要。 RNA干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识，更因为可以简化替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具，因此格外引人注意，在2002年度Science评选的10大科学成就中RNAi名列榜首。 随着对小分子RNA研究的不断深入，研究人员开始认识到：小分子RNA的世界一点都不小
表达分析）, discovery of novel genes and gene isoforms（新基因和基因亚型的发现）, expression quantification（基因表达定量）, host / pathogen interaction (dual RNA-seq)（宿主/病原体相互作用）, identification of genuine transcription start sites (and promoters)（真正转录起始位点(和启动子)的鉴定
