案例:Cai Z, et al. Nature, 2020. RIC-seq技术绘制细胞内RNA-RNA的原位三维作用图谱[1] RIC-seq技术发现增强子和启动子非编码RNA之间的相互作用,可用于推断其调控网络,并详细解析超级增强子lncRNA CCAT1-5L与RNA结合蛋白hnRNPK、MYC启动子和增强子RNA结合以改变染色质构象,进而调控癌基因MYC转录的新机制。该技术不仅检测RNA的高级结构,而可鉴定各类非编码RNA的作用靶标,为后续深入研究非编码RNA及其功能性提供全新的新技术。此外,该技术可以应用于病毒RNA的结构与靶标的研究。
1. 捕获rRNA和lncRNA的3D结构
图2. H. 将基于RIC-seq的3D互作图谱与28S rRNA12的冷冻电镜(cryo-EM)模型进行对比。深灰色标记的区域为冷冻电镜中未检测到的互作区域。Box1、2和3分别对应右图不同类型的RNA-RNA相互作用。I图:ROC分析显示RIC-seq检测28S rRNA结构的性能,正确率为89%。
2.全局RNA互作图谱
图3. A. 从HeLa细胞的RNA 3D图谱中,作者鉴定出2307个RNA拓扑结构域,进而鉴定出642个“hub RNA”,包括lncRNA NEAT1 和MALAT1,表现出广泛的反式互作。D. RIC-seq鉴定出3种RNA前体的拓扑结构域。