RNA m6A甲基化测序MeRIP-seq RNA m6A甲

N6 -甲基腺嘌呤(N6-Methyladenosine, m6A)是非常丰富的转录组修饰之一，在几乎所有生命的细胞RNA中都有发现，普遍分布在mRNA和lncRNA在3’UTR区域中。m6A功能非常丰富，包括调节RNA的剪接、核输出、稳定性和翻译来影响RNA的命运和表达，也因此成为近年来国内外的研究热点，国自然的研究数目屡屡攀高。为了满足广大科研工作者的需求，艾斯基因推出微量以及常量m6A甲基化免疫沉淀测序（m6A Methylation Immunoprecipitation Sequencing，m6A MeRIP-seq），在全基因组范围内鉴定具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体，对细胞内具有m6A修饰的RNA⽚段进⾏免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA⽚段进⾏⾼通量测序，结合⽣物信息学分析，对样本m6A修饰进⾏系统研究。MeRIP-seq是⽬前研究m6A修饰使⽤较普遍的技术之⼀。

重要技术质控，用心服务每一个项目

艾斯团队专注表观组学12年，提供表观多组学完整解决方案；

每年服务100+海外和国内企业及200+高校和医院等客户;

已经完成人、动植物等几十个物种, 5000+例样本项目;

严格m6A MeRIP建库质控和效率;

自动化样本处理、建库及分析流程，保障高效周期，40天极速交付;

团队已经发表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章；

专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案

样品类型和要求

数据信息分析

案例1 去甲基化酶ALKBH5通过PKMYT1 m6A修饰抑制胃癌的侵袭

Demethylase ALKBH5 suppresses invasion of gastric cancer via PKMYT1 m6A modification. Mol Cancer 21, 34 (2022) (IF=41.44)

研究方案：胃癌是严重危害人类健康的恶性肿瘤之一。胃癌转移是癌症治疗失败的主要原因之一，但N6 -甲基腺苷(m6A)与胃癌转移的相关性报道较少。本研究采用Merip-seq检测胃癌组织和正常组织（各三个重复）中的m6A修饰变化，qRT-PCR和IHC检测ALKBH5在胃癌组织和细胞系中的表达，联合RNA-seq和MeRIP-qRT-PCR技术筛选ALKBH5靶基因，后使用RNA Pull Down、质谱法和Merip-seq筛选靶基因的“reader调控蛋白”。

研究亮点：关联m6A和基因表达，鉴定ALKBH5靶基因及靶基因的调控蛋白

研究结果：1.胃癌组织中检测到ALKBH5表达降低，去甲基酶ALKBH5干扰促进胃癌细胞转移。2.鉴定PKMYT1作为ALKBH5的下游靶点，促进了GC的侵袭和迁移。3.由ALKBH5敲低或其去甲基化酶活性突变引起的PKMYT1表达上调表明ALKBH5以m6a依赖的方式调节PKMYT1的表达。4.IGF2BP3通过其m6A修饰位点帮助稳定PKMYT1的mRNA稳定性

图1 MeRIP-seq揭示m6A与细胞粘附相关，ALKBH5与胃癌预后相关

案例2 番茄果实膨胀过程中mRNA m6A甲基组的独特特征

Unique features of mRNA m6 A methylomes during expansion of tomato (Solanum lycopersicum) fruits

研究方案：尽管m6A在胚胎发育、花期控制、小孢子产生、果实成熟和逆境响应等许多生物学过程中发挥了重要作用，但其在植物发育其他方面的作用仍有待探索。该研究通过平行的m6A免疫沉淀测序(m6A-seq)和RNA-seq分析，揭示了m6 A沉积与番茄果实膨胀之间的潜在联系，鉴定番茄果实从未成熟绿期向成熟绿期扩展的过程中的m6A水平和基因表达之间的关系。

研究亮点：多组学联合分析，两种抑制剂处理，关联表型

研究结果：1.开花后12，20,28天的番茄果实中全RNA和mRNA的m6A甲基化程度的逐步提升，分别检测到15720、16547和16381个m6A Peak。2.大量参与生长素和赤霉素信号传导基因，以及一些与细胞扩增和果皮厚度相关的基因都含有m6A修饰。3.m6A甲基化转移酶抑制剂DA的注射降低m6A水平，加速果实成熟；去甲基化酶抑制剂MA的注射则延缓果实成熟。

图二 直接注射m6A转移酶抑制剂或去甲基化酶抑制剂对番茄果实发育的影响

常见问题

1. 为什么MeRIP-seq需要测两个样本（Input和IP）？

常规m6A MeRIP-seq中Input和IP构成一对组合。IP样品使用m6A抗体特异性富集具有甲基化修饰的RNA，而Input则是仅含有RNA的对照，通过消除背景噪音和峰值PEAK计算，将两个样本不同m6A区域计算出来。

2. MeRIP-seq后续的实验怎么安排？

在利用MeRIP-seq得到m6A甲基化差异基因后，下一步可以通过MeRIP-qPCR直接对该基因进行验证。也可以通过关联多组学（比如RNA-seq）分析基因表达和m6A修饰的变化，从多方面挖掘分析内容。