ChIRP-seq整体服务

项目简介：

ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification ^[1]是一种同时分析lncRNA/circRN^[2]、蛋白及DNA三者互作关系的实验方法。利用ChIRP-seq技术可用于在全基因范围内定位lncRNA/circRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子,是揭示位于细胞核内 lncRNA/circRNA 生物学机制的关键实验手段。

表观生物结合自身团队技术优势，为生物医学研究提供整体的ChIRP-seq技术服务，推动lncRNA/circRNA研究领域的发展。

 

项目流程：

ChIRP-seq流程包括ChIRP探针设计合成、lncRNA复合物交联、超声打断、探针杂交、DNA回收纯化、DNA-seq测序分析。

 

实验分组：

1、 IP组：目标lncRNA/circRNA Odd组和Even组（即实验组，用于鉴定lncRNA/circRNA作用基因组位置）

2、 lacZ组：外参对照组，证明ChIRP探针的特异性；

3、 Input组：捕获前分离提取的基因组DNA，作为内参对照组，证明探针特异性；

4、 Positive组：阳性对照组，通过已知验证有效的探针，通过WB检测已知结合蛋白质，证明整个ChIRP实验体系的有效性；

5、 目标lncRNA/circRNA qPCR：证明ChIRP探针对目标lncRNA的正确结合及有效捕获。

 

样本要求：

细胞数量：细胞数量需要达到10⁸个；提供活细胞或者提前做好交联处理的细胞样本。

 

生物信息分析：

1. 去接头污染，去低质量Reads和测序质量评估

2. ChIRPseq 序列与参考基因组序列的比对

3. ChIRP-seq 唯一 Reads 在全基因组的分布

4. Odd 探针组与 Even 探针组 Common Peaks 合并分析

5. Common Peaks 鉴定及基因原件分析

6. Common Peaks 相关基因筛选与 GO 功能聚类分析、Pathway 分析

7. Common Peaks 可视化

8. Common Peaks Motif分析

 

实验周期：

60个工作日。

 

公司提供：

实验报告（材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果）。

 

其他注意事项：

1、 目标lncRNA/circRNA的表达丰度：CT值最好在23以内（ACTB 16-17/GAPDH 18 ）；

2、 如果目标lncRNA/circRNA表达丰度较低，需要进行过表达以确保ChIRP成功；

3、 实验前需要确定目标lncRNA/circRNA定位于细胞核内发挥功能。

 

参考文献：

[1] Chu C, Qu K, Zhong F L, et al. Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions[J]. Molecular cell, 2011, 44(4): 667-678.

[2] Li Z, Huang C, Bao C, et al. Exon-intron circular RNAs regulate transcription in the nucleus[J]. Nature structural & molecular biology, 2015, 22(3): 256-264.