meRIP-seq测序（还提供ac4C，m1A，m7G等RN

项目简介：

RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象，常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N⁶-methyladenosine，m⁶A) 和5-甲基胞嘧啶(C⁵-methylcytidine，m⁵C)等。

研究发现，m⁶A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化，生物发育、疾病发生发展，热休克反应等生物学问题。

表观生物率先开发微量meRIP-seq技术，通过技术优化，大幅降低meRIP的样本要求量，500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用创新的去rRNA技术，可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱，帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究，是表观转录组学研究的关键技术。

技术优势

1. 样本要求低，500 ng~20 μg总RNA即可

2. 分析内容再次升级，囊括高分文章热门图

3. 实验技术与生信分析技术过硬，motif 分析结果保证有显著RRACH 特征，如无可申请全额退款或者免费重测！

技术应用

1. 绘制全转录组的m6A修饰图谱

2. 研究肿瘤等疾病的m6A修饰异常表达

3. 研究各种生理/ 病理过程决定细胞命运的调控机制

 

送样要求

样本类型：

1. 总RNA，≥ 5 μg/ 样本，RIN 值≥ 6

2. 细胞，数量为5x10⁶~10⁷

3. 组织，≥ 10 mg/ 样本

样本物种：
仅限人、大小鼠物种，其他物种需评估

 

送样要求

基本分析
1.测序原始reads去接头，质量控制（QC）
2.参考基因组比对（Mapping）
3.富集区域鉴定（PeakCalling）
4.富集区域注释（PeakAnno）
5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析
6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny图
7.Motif分析
8.Peak基因GO和KEGG分析
9.差异Peak分析（即差异RNA修饰mRNA、lncRNA）
10.差异Peak基因GO和KEGG分析
高级分析
1.单位点修饰预测分析（SingleSite）
2.差异RNA修饰热图（Heatmap）
3.累计分布曲线分析（Cumulative Distribution Fraction Analysis）
4.关联分析（与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析）
5.关联分析四象限图
6.关联分析热图（Heatmap）
7.IGV峰图（附5个基因）

 

表观生物实测数据

图1. Peak在RNA结构上的分布pie图


图2. Peak在RNA结构上的分布metageneplot图


图3. motif分析结果


图4. RNA修饰位点交集韦恩图


图5. 差异RNA修饰水平聚类热图


图6. 多组学关联分析四象限图（RNA-seq与meRIP-seq）



图7. 多组学关联分析累计分布图（RNA-seq与meRIP-seq）


图8. UCSC导出peak序列（与单位点修饰预测分析一致）


图9. IGV基因峰图

案例
Cell Stem Cell: m6A阅读器YTHDF2下调可抑制白血病 meRIP联合SLAM-seq、Ribo-seq，深入RNA修饰调控机制

本研究发现m6A阅读蛋白YTHDF2在AML患者身上广泛过表达，在小鼠和人类AML发生和发展过程中起着关键的作用。研究者敲除白血病前期细胞的YTHDF2，再进行meRIP-seq，发现敲除组中表达水平显著上调的mRNA具有丰富的m6A修饰。为了研究带有m6A修饰的mRNA的上调机制，研究者利用SLAM-seq检测mRNA的半衰期，证实m6A修饰使这些基因的半衰期延长了。

利用meRIP-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的转录组m6A甲基化修饰图谱。B, Ythdf2敲除后mRNA表达减少、不变和增加的3个分组的m6A峰的错误发现率FDR。C, Violin图显示敲除组和对照组的表达变化，分了无m6A修饰、有m6A修饰和丰富m6A修饰的3个组做对比。D, 敲除组和对照组mRNA表达变化的累积分布曲线，敲除组有m6A修饰的mRNA表达上升。

利用SLAM-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的转录组半衰期。E，衰减曲线显示敲降组的mRNA半衰期稍微增长。G，YTHDF2的缺失，使含m6A修饰mRNA半衰期进一步增长。

随后，研究者利用RIBO-seq检测两个组的蛋白翻译效率，发现YTHDF2的缺失后，无论是有m6A修饰的还是没有m6A的mRNA，翻译效率都没有显著改变。这些结果表明YTHDF2在白血病中促进m6A mRNA的降解，而这个降解受m6A的指导。

利用RIBO-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的翻译效率。H, 火山图显示两组的翻译效率变化。I, 两组mRNA，m6A高水平、m6A低水平和无m6A修饰的mRNA分别的累计分布曲线。

原文：Paris J, Morgan M, Campos J, et al. Targeting the RNA m6A Reader YTHDF2 Selectively Compromises Cancer Stem Cells in AcuteMyeloid Leukemia. Cell Stem Cell. 2019 Jul 3;25(1):137-148.e6.

客户文章

Nat Commun：Mettl3 介导的 mRNA m6A 修饰通过转录因子 Hnf4a 调控肝脏发育^[1]

此研究利用 Alb-Cre（Mettl3-cKO）在围产期敲除 Mettl3，发现会诱导肝细胞凋亡和脂肪变性，导致严重的肝损伤， 并最终导致出生后 7 周内死亡。meRIP-seq（表观生物提供）和 RNA-seq 显示，一系列肝脏富集的重要转录因子 mRNA 被 m6A 修饰，包括肝实质形成的主要调节因子 Hnf4a。Mettl3 缺失，可减少 Hnf4a 上的 m6A 修饰，以 Igf2bp1 依赖的方 式降低其转录稳定性，并下调 Hnf4a 的表达，而用 AAV8 过表达 Hnf4a 可减轻肝损伤并延长 Mettl3 cKO 小鼠的寿命。然而， 在成年鼠中使用 Alb-CreERT2 敲除 Mettl3 不会影响肝脏稳态。此研究鉴定了 Mettl3 介导的 RNA m6A 修饰在肝脏发育中 的动态作用。

图10.周龄小鼠肝脏 mRNA m6A 修饰 metagene 图

图11. 出生后 4 个不同时间点样本在 Hnf4a 位点的 m6A 修饰峰图

图12. m6A 修饰 Motif 分析

质量承诺：meRIP-seq motif分析结果须有显著的RRACH特征，如无可以申请全额退款或者免费重测！