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- 详细信息
- 文献和实验
- 技术资料
- 提供商：
表观生物
- 服务名称：
靶向DNA甲基化测序
TBS即DNA靶向甲基化测序（Targeted Bisulfite Sequencing），基于亚硫酸盐多重PCR捕获核心技术和NGS高深度测序，可以对目标基因/CpG位点进行有针对性的靶向甲基化测序，适用于广泛用于血液、组织、灌洗液等多种临床样本。
技术优势
- 成本低，周期短，性价比高
- 检测灵敏，检测通量高，达到单碱基分辨率
- 适用范围广，覆盖多种cfDNA来源样本
技术应用
- 绘制目标基因/CpG位点的甲基化图谱
- 筛选甲基化疾病标志物
- 验证下游目标基因的甲基化修饰
送样要求
样本类型：
- DNA，≥ 200ng/样本，浓度≥ 10ng/ul
- 细胞、血液、组织等请详询
样本物种：仅限人、大小鼠，其他物种需评估
分析内容
- 原始数据过滤以及质控
- 比对目标区域序列
- CpG位点甲基化水平统计
- 不同样本间甲基化水平比较
- 高级分析：临床病理信息分析
结果示例
图1. 目标区域各CG位点甲基化水平分布示意图
图2. 多样本甲基化水平聚类热图
图3. 目标区域CG甲基化水平组间比较
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文献和实验一种经典的甲基化研究方法，其优点是：相对简单,成本低廉，甲基化位点明确,实验结果易解释；缺点是：1.由于CG不仅仅限于CCGG序列中，因此非该序列中的CG将被忽略；2.只有检测与转录相关的关键性位点的甲基化状态时,该检测方法的结果才有意义；3.相对而言，Southern方法较复杂，且需要样本的量大；4.存在着酶不完全消化引起的假阳性的问题；5.不适用于混合样本。 2.2.2 直接测序法 直接测序是由Frommer等[25]提出的研究DNA甲基化方法。过程是：重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶
适用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。但是相应的费用也是相当高的。为了能用较低的成本得到全面的基因组甲基化状况，有两种性价比非常高的测序方法不得不提，那就是MeDIP-seq(甲基化DNA免疫共沉淀测序)和RRBS(简化的表观亚硫酸氢盐测序技术(Reduced Representation Bisulfite Sequencing))。 MeDIP-seq是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集
2.2.10 DNA微阵列法 Yan等2001年[40]将以分子杂交为基础的微阵列技术应用于DNA甲基化检测中，这种方法是基于杂交的寡核苷酸微阵列，是一种在基因组中寻找新位点的方法。包括用于整个基因组范围内扫描的差异甲基化（DMH）杂交（Huang等1999年[41]）和用于检测某个位点的甲基化特异性微阵列MSO（Gitan等2002年[42]）。前者类似于mRNA表达谱或cDNA微阵列，是CpG岛微阵列，后者类似于寡核苷酸微阵列，是针对CpG二核苷酸位点的甲基化特异性寡核苷酸微阵列[26
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