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- 2026年01月01日
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北京诺禾致源科技股份有限公司
- 服务名称：
RNA IP-seq（RIP-seq）
RNA-蛋白质相互作用研究技术
RNA IP-seq是研究细胞内 RNA 与蛋白结合情况的技术，以 RNA 免疫共沉淀（RIP）实验为基础，采用针对目标蛋白的特异性抗体把相应的 RNA 与蛋白质复合物沉淀出来，分离纯化复合物中的 RNA，通过 Illumina 测序，在全转录组范围内研究被目标蛋白特异性结合的 RNA 区域或种类，并比较样品/组间差异。
抗体类型丰富：
具有多种商品化抗体，高效支持实验开展。
应用方向
（1） 验证目的蛋白与 RNA 之间的相互作用；
（2） 在全基因组范围内鉴定 RNA 与 RBP 的相互作用网络；
（3） 分析 RBP 与circRNA、lncRNA 等非编码 RNA 的相互作用。
诺禾优势
1. 物种经验丰富
诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、猪、水稻、拟南芥、玉米、烟草、棉花等物种进行RIP-seq分析。
2. 生信分析内容丰富
诺禾RIP-seq基于文章中高频出现的分析内容，搭建RIP-seq与RNA-seq关联分析。
3. 周期快、质量好、稳定性高
诺禾致源基于全面的物种实验库以及优质的测序平台，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
信息分析
诺禾致源RIP-seq测序项目，通过对IP下来的合格RNA样本，建库测序，获得高质量reads，进行peak calling，对peak相关基因进行功能富集分析。| 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|
| 测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据，保证数据质量 |
| 与参考基因组比对 | 唯一比对的 reads 分布统计 |
| peak calling | 分析蛋白结合位点 |
| 样品间相关性分析 | 判断实验分组设计是否合理 |
| motif分析 | 蛋白结合序列的偏好性 |
| peak峰相关基因注释 | 寻找蛋白潜在调控或者结合的基因 |
| 差异peak分析 | 分析不同样本间差异peak峰 |
| 相关基因功能分析 | 相关基因GO，KEGG富集分析 |
关联分析
基于文章高频出现的RIP-seq与RNA-seq关联分析内容，诺禾搭建了关联分析流程，助力高分文章发表。| RIP-seq与RNA-seq关联分析 | 1. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因维恩图 |
| 2. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析GO 富集分析 | |
| 3. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析KEGG 富集分析 |
常见问题
1. Input和IP样本之间的关系是什么？
Input和IP属于两个样本，在前期检测、建库、测序都是平行进行的，但是分析中需要将两个样本的测序数据进行整合分析，得出最终的Peak结果，并进行后续分析。
2.Input是什么？有什么作用？
RNA片段化后，在进行免疫沉淀前，需要取一部分做Input对照（不进行免疫沉淀过程）。Input是断裂后的RNA，需要与沉淀后的样品RNA一起经过逆转交联，RNA纯化， 以及最后的PCR或其他方法检测。通过后续数据分析，我们可以通过Input对照排除背景噪音（非特异性结合所造成的假阳性Peaks）， 验证RNA断裂的效果和整个实验中IP效果，所以Input 对照是IP-seq实验必不可少的步骤。
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文献和实验[1] Feng, Chanjing et al. “Unveiling the A-to-I mRNA editing machinery and its regulation and evolution in fungi.” Nature communications vol. 15,1 3934. 10 May. 2024, doi:10.1038/s41467-024-48336-8
SLAM-seq—RNA合成及降解代谢动力学分析，基因动态表达研究的首选 基因表达是一个动态的过程，取决于细胞内环境的稳态以及对环境的适应性，基因信息调控的转变可能会导致人类疾病的发生。这些基本生物学进程的背后是一个非常精密的分子调控事件，它们控制着RNA转录，加工和降解相关的动力学（图1）。了解基因调控的分子基础需要以转录特异性和系统的方式深入了解RNA合成和降解相关动力学。但是，对于常规的RNAseq，我们只能获得终点水平的RNAs丰度信息，无法区分及定量新合成的新生RNAs水平
干货 | CUT and Tag 让 ChIP-Seq更简单高效！
CUT&Tag 技术原理及应用 CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是替换传统的 ChIP-Seq 用以研究蛋白质-基因组互作的新技术，与后者相比，它具有信噪比高、可重复性好、实验周期短（1 天实现从细胞到文库构建）、细胞投入量低等显著优势，尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。 图 1. CUT&Tag 实验原理 CUT
多样性也是把“蛋糕”做大的关键。 首先 TCR/BCR 的本质是细胞膜表面蛋白受体，其生成过程都要走过 DNA 转录成 RNA 进而翻译生成蛋白质。 在组成结构上，两种抗原识别受体均由两条不同链连接而成，TCR（1 条 α 链+1 条 β链），BCR（2 条重链+2 条轻链）。其中 α 链和轻链受基因片段 VJC 区域编码，组合形式相对简单，β 链和重链受基因片段 V(D)JC 区域编码。 基因片段 V(D)J (Variable-可变区; Diversity-多样区; joining
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