高通量测序服务—16S rDNA测序(Meta 16s se

技术简介

16S rDNA测序(Meta 16s seq)是指对环境样本16S rDNA 高变区进行PCR扩增及高通量测序的一种技术，可对特定环境下细菌和古菌的微生物种类和丰度进行有效的鉴定。

16S序列由9个高变区组成(如下图)，中间穿插着保守区，是最常用的细菌分类标准，通过提取环境样品的DNA，并扩增其中16S rDNA基因;通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S序列可以用来鉴定绝大多数细菌。基于Illumina Miseq平台的16S rDNA测序可以一次性完成多个样本的平行测序，提供环境样本物种分类，物种丰度，种群结构，系统进化，群落比较等诸多信息。至于物种分类，对单个高变区测序已足够，不必测整个基因。在大部分微生物种类中，16S第三区(V3)及第四区(V4)共长约为459bp，长度仅差几个碱基对，锐博生物采用Miseq测序平台对16S V3-V4区进行扩增及测序。

图1 16S rDNA结构

技术特点

高通量：一次测序得到百万级别以上条数的序列信息

高准确性：从几个到几十万个拷贝的精确计数

高分辨率：可以精确检测至单碱基差异

重复性好：深度测序保证了检测的随机性，可不需技术重复

成本低耗时短：相比于Sanger测序，价格及成本要低很多

服务流程

生物信息学分析内容

标准信息分析

1. Reads拼接，获取Unique tags

2. OTU生成及统计分析

3. 物种注释及丰度统计

4. 样品OTU及物种丰度Heatmap图

5. Alpha多样性分析

6. Beta多样性分析

定制化信息分析

1. 样品差异主要因子分析

2. 样品间主坐标分析(PCoA)

3. 样品非加权配对平均法聚类分析(UPGMA)

4. 组间显著性差异分析

5. 系统进化树构建