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    高通量测序服务—16S rDNA测序(Meta 16s seq)

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    高通量测序服务—16S rDNA测序(Meta 16s seq)

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      • 提供商:

        锐博生物

      • 服务名称:

        高通量测序

      技术简介

      16S rDNA测序(Meta 16s seq)是指对环境样本16S rDNA 高变区进行PCR扩增及高通量测序的一种技术,可对特定环境下细菌和古菌的微生物种类和丰度进行有效的鉴定。

      16S序列由9个高变区组成(如下图),中间穿插着保守区,是最常用的细菌分类标准,通过提取环境样品的DNA,并扩增其中16S rDNA基因;通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S序列可以用来鉴定绝大多数细菌。基于Illumina Miseq平台的16S rDNA测序可以一次性完成多个样本的平行测序,提供环境样本物种分类,物种丰度,种群结构,系统进化,群落比较等诸多信息。至于物种分类,对单个高变区测序已足够,不必测整个基因。在大部分微生物种类中,16S第三区(V3)及第四区(V4)共长约为459bp,长度仅差几个碱基对,锐博生物采用Miseq测序平台对16S V3-V4区进行扩增及测序。


      图1 16S rDNA结构


      技术特点

      高通量:一次测序得到百万级别以上条数的序列信息

      高准确性:从几个到几十万个拷贝的精确计数

      高分辨率:可以精确检测至单碱基差异

      重复性好:深度测序保证了检测的随机性,可不需技术重复

      成本低耗时短:相比于Sanger测序,价格及成本要低很多


      服务流程



      生物信息学分析内容

      标准信息分析

      1. Reads拼接,获取Unique tags

      2. OTU生成及统计分析

      3. 物种注释及丰度统计

      4. 样品OTU及物种丰度Heatmap图

      5. Alpha多样性分析

      6. Beta多样性分析
       

      定制化信息分析

      1. 样品差异主要因子分析

      2. 样品间主坐标分析(PCoA)

      3. 样品非加权配对平均法聚类分析(UPGMA)

      4. 组间显著性差异分析

      5. 系统进化树构建

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