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- 2025年12月23日
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上海达为科生物科技有限公司
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lncRNA测序
| 品牌 | 其他品牌 | 产地类别 | 国产 |
|---|---|---|---|
| 应用领域 | 医疗卫生,生物产业,综合 |
lncRNA测序：长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）一般是指长度大于200 nt的RNA，位于细胞核内或胞浆中，不参与蛋白质编码功能，以RNA形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平，在生命活动中具有重要作用。
lncRNA测序
长链非编码RNA测序（long non-coding RNA sequencing，lncRNA-Seq）是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度，对富集到的 RNA进行文库构建，再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中大部分的lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行深入分析，从而快速准确地获得与特定生物学过程（例如发育、**等）相关 lncRNA信息。
数据分析内容
标准分析项目
1) 去除接头序列、低质量序列，得到高质量数据；
2) 与核糖体数据库比对，去除核糖体RNA（rRNA）数据
3) 转录本组装；
4) 鉴定已知转录本（包括已知lncRNA）和新转录本；
5) 预测新的lncRNA；
6) lncRNA定量及差异分析（需至少2个样品）；
7) lncRNA差异表达模式聚类；
分析项目
基于互补序列的lncRNA-mRNA互作分析；
构建重要的lncRNA-mRNA网络图；
网络拓补学分析及网络模块分析；
功能富集分析；
ceRNA预测分析；
lncRNA测序样品要求
1.样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2.样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3.样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。
4.样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5.样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
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文献和实验质的修饰水平 5. 与mRNA配对结合，影响翻译，剪切，mRNA的稳定性(类似miRNA功能) 作用 1. Co-location，也称cis作用 2. Co-expression, 也称trans作用 • LncRNA研究基本技术 1. 芯片或测序寻找新的lncRNA 2. 生物信息学分析 3. lncRNA定位 4. 过表达或敲减功能验证 5. lncRNA互作机制研究 • LncRNA的生物信息学分析 1. 基本处理 Ø
研究背景： 长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA分子，长度在200 bp以上，起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能；近期的研究表明lncRNA具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控，尤其在肿瘤当中发挥了重要的调控角色，如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以及作为miRNA的诱导分子干扰基因的表达等。随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncRNA被注释
了作为一条 RNA 的使命，我这颗静如止水的心也按捺不住了，我也渴望被发掘，我也渴望被研究，我也渴望完成我的使命，让大家深入的了解我。终于，机会来了，一位年轻的科研工作者从众多的 RNA-SEQ 的数据中发现了我们，进行不同时期的实时荧光量 PCR 的检测之后，他决定对我这条期特异性表达的非编码 RNA 进行研究。我终于守得云开见月明，有了被研究的价值。由于我的长度大于 200bp，所以我的主人称我为长链非编码 RNA，简写为 lncRNA。我很喜欢我的名字。然而研究的过程并非一帆风顺。我的主人首先需要
